方法比較該外掛程式可協助您根據 CLSI 指南比較測量方法。它在後台調用各種 JMP 平台來擬合資料並創建各種圖形和表格結果。
該插件由四個主要例程組成：準確度、精度、線性度和效能。它們每個的輸入資料表必須採用堆疊格式，即每個單獨的回應佔一行。一列必須標識與所使用的不同方法相對應的不同資料行（方法標識符列）。其他所需的資料列取決於您使用的例程。
要安裝該插件，請下載“Method Comparison.jmpaddin”，將其拖曳到開啟的 JMP 視窗中，然後按一下“安裝”。
對於範例分析，請在安裝插件後點擊插件 > 方法比較 > 幫助。 此加載項還包括四個範例資料集：「化合物比較」、「峰值呼氣流速」、「模擬範例」和「收縮壓」。按一下加載項 > 方法比較 > 範例資料將其開啟。
下面是一些螢幕截圖範例。
數據視覺化探索性資料分析生命科學品質工程可靠性統計數據回覆：方法比較@jzawadzka @奎裡達我剛剛上傳了加載項的更新，可以更好地處理 Passing-Bablok 例程中丟失的數據，並可能解決您提到的問題。
@TCGM目前尚不確定是什麼原因導致此問題 - JMP 日誌中是否有任何訊息（按 Ctrl-Shift-L 即可查看）？在初始「效能」對話方塊中，預設應選擇值 1 作為左下方方塊中的「正值」—如果您在運行前手動選擇它會有幫助嗎？您是否有任何非英語語言設定？
回覆：方法比較你好@russ_wolfinger ,
首先，感謝您創建此插件！ 我剛剛發現它，但我可以說它將在我的日常工作中非常有用。
我遇到了“性能”分析選項的問題。 我按照範例文件中的說明進行操作，但沒有得到任何結果。 這是我輸入的內容：
這是輸出：
如果我在 Logistic Fits 選項下進行任何選擇，我會收到以下錯誤訊息：
您能建議如何解決這個問題嗎？ 我嘗試過重新啟動 JMP。 我有 JMP 版本 16.0.0（如果相關的話）。
謝謝！
回覆：方法比較你好@奎裡達由於值太大，這裡可能會出現數值不穩定。請嘗試將 V1 和 V2 除以 10000 看看是否有幫助，並檢查 JMP 日誌 (Ctrl+Shift+L) 中是否有任何訊息。如果不好請將資料寄至russ.wolfinger@jmp.com我可以進一步調查。
回覆：方法比較你好@russ_wolfinger
我一直將 pass-bablok 與 JMP Pro 16 插件結合使用。 然而，該程式只對我的一半數據執行回歸，而不對另一半數據執行回歸，儘管沒有彈出錯誤。 請參閱下面缺少的斜率、截距和置信限。 它對我的所有數據執行匹配對/溫和 altman 良好。 為了檢查我的資料是否有傳遞 bablok 的錯誤，我使用了 MethComp R 軟體包，發現它能夠執行回歸，而 JMP 則無法執行此操作。 感謝您在 JMP 中解決此問題的任何建議，因為 R 套件似乎以不同的方式計算置信區間（我通過測試在 JMP 中有效的數據了解到這一點）謝謝！
回覆：方法比較非常感謝@russ_wolfinger讓我知道。 事實上，我已經在使用早期採用者版本，所以會看看:)
非常好
卡蜜拉
回覆：方法比較你好@卡米拉利西奧感謝您的詢問。不幸的是，CUSUM 線性測試在插件中不可用，但可以在運行 Passing-Bablok 後使用 JSL 進行計算。更好的是，我很高興地報告這一點@jianfeng_ding正在致力於將 Passing-Bablok 回歸和 CUSUM 測試正式添加到 JMP 17 中。它可能會首先在即將推出的早期採用者版本（7 或 8）中提供，您可以在以下位置請求： jmp.com/earlyadopter
回覆：方法比較你好@russ_wolfinger ,
首先，感謝您將這個出色的插件組合在一起，我發現它對於我正在從事的專案非常有用。
我希望在相關問題上徵求你的意見。
根據我的閱讀/客戶的建議/Roche Diagnostics GmbH Anja Wörner 在最近的 JMP 高峰會上的內容豐富的演示，這些方法比較回歸方法依賴於透過 Cusum 檢定成功進行線性檢驗（作為使用條件）。 我相信 JMP CUSUM 的實作實際上是 Anja 簡報的一部分，但我似乎無法檢索該資訊。
您能幫助指導我如何在 JMP 中實現這一點嗎？
優步感謝您的幫助
非常好
卡蜜拉
回覆：方法比較非常感謝@russ_wolfinger ,我會嘗試這個解決方案來修復它。
回覆：方法比較@jzawadzka對於長時間的延誤表示歉意。您願意將完整的 JMP 表發送至russ.wolfinger@jmp.com ？我可以嘗試重現該錯誤並實施修復。根據您發送的內容，我不確定發生了什麼。
@艾蒂安-88這幾乎肯定與語言設定有關。請注意，錯誤訊息正在搜尋「Min」列，而在您的電腦上，該列將顯示為法語。該插件僅針對英語開發，我還沒有機會實現與語言無關的修復。解決方法之一是按編號而不是名稱引用列。同時，您可以透過點擊「檢視」>「加載項」來存取 JSL，並且可能會修改程式碼以使其正常運作。
回覆：方法比較你好， @russ_wolfinger ,
看來我也有同樣的問題艾尼霍阿。
事實上，當我用我的數據進行方法比較和準確性測試時，我收到以下錯誤訊息：
你能幫助我嗎？
謝謝
回覆：方法比較抱歉，資料格式如下：
回覆：方法比較你好， @russ_wolfinger ,
我正在嘗試執行布蘭德-奧爾特曼圖和戴明回歸。
我的資料格式如下：
我收到錯誤：
你能幫我解決這個問題嗎？
問候，
喬安娜
回覆：方法比較謝謝 Helge，是的，按鈕完成了這項額外的工作，應該使用它而不是拖放。拉斯
回覆：方法比較大家好，
我發現了為什麼在選擇方法標識符時“參考方法”未正確填充的原因：
如果將「化合物」拖曳到欄位中，則不會填入參考方法，但如果選擇「化合物」並按一下「方法識別碼」按鈕，則會正確填入參考方法。
@ainhoa @漢茲
此致，
黑爾格
回覆：方法比較多謝@russ_wolfinger 。 我將透過電子郵件將表格發送給您，並嘗試按照您的建議進行操作。
回覆：方法比較你好@ainhoa ，這可能與西班牙語的語言設定有關。您能否發送您的 JMP 資料表以便我們進一步調查？請將其發送至russ.wolfinger@jmp.com 。同時，如果您也願意，請檢查是否可以使用提供的化合物比較資料運行幫助文件中的第一個範例。此外，如果您碰巧可以訪問具有英語設定的機器，請在那裡嘗試一下。抱歉打擾了——我們將努力為您找到解決方案。
回覆：方法比較我有 JMP 15 的試用版，但我在精度測試方面遇到問題（我從此頁面下載了插件）。 執行測試時出現 JMP 警報：
警報顯示：在加入或評估「Column」時未找到該欄位。
可以幫助我嗎？
謝謝
回覆：方法比較你好@A_Tomczyk ，您願意將 JMP 表發送給我嗎？我可以進一步調查嗎？請附在此處或發送電子郵件至russ.wolfinger@jmp.com 。請您好，拉斯
回覆：方法比較你好， @russ_wolfinger ,
我正在嘗試執行布蘭德-奧爾特曼圖和戴明回歸。
我的資料格式如下：
我收到以下錯誤：
知道發生了什麼事嗎...？
問候，
阿格涅斯卡
回覆：方法比較@vtkm ，抱歉這麼長時間才回覆。我剛剛有機會回顧一下您從 Bland 和 Altman (1986) 引用的標準差調整公式。當轉向重複測量時，可以選擇觀察值之間協方差結構的假設形式。Bland 和Altman 似乎沿著這些思路做出了某種假設，涉及兩種方法之間的某種形式的異質性，正如他們對s_1 和s_2 的使用所證明的那樣（順便說一句，我無法準確地重現他們為s_1 和s_1 指示的21.6 和28.2 值） s_2 在其 PEFR 範例中，其資料包含在此插件的範例資料下）。他們的調整公式也僅適用於兩次重複測量和完全平衡的數據。更好、更通用的方法是混合模型分析，它考慮一些合理的協方差結構，並根據精心選擇的協方差結構計算適當的標準差。參考最近發布的適用於混合模型的 SAS斯特魯普等人。完整的理論和應用 + JMP Pro 具有良好的混合模型功能，可以在此處使用。該插件直接分析重複測量的平均值，我認為這在許多情況下仍然是合理的，並且是自然的預設。
@大衛_阿爾塔，沒有直接的方法來獲取這些。一個簡單的嘗試是使用 Passing-Bablok 截距和斜率估計來建立您自己的公式列。更雄心勃勃的是使用 JSL 從適當的錶框中解析出這些值。最終的結果是按照您的指示添加紅色三角形。我不打算很快解決這個問題，所以如果有人願意嘗試一下，我很樂意將更新合併到加載項中。或者，現在可能是投票贊成將 Passing-Bablok 正式添加到 JMP Bivariate 平台的好時機。
@漢茲，您需要將資料轉置為列 Donor、Method、Analyte1、Analyte2，然後將 Analyte1 和 Analyte2 分別作為 Y 變數進行分析。
回覆：方法比較你好@russ_wolfinger ,
感謝您的快速回覆。 重新啟動 JMP 成功了！
我現在註意到操作按鈕「刪除」起到了一種刷新的作用。 換句話說，添加方法標識符後，我必須點擊“刪除”才能更新並填充左下角的對話框。 之後我就可以按照幫助文件中的描述進行分析了。
供您參考，我在 Windows 10 Enterprise 64 位元系統上執行 JMP 12.1.0（64 位元），沒有區域設定（據我所知），預設語言為英文。
現在，我繼續處理我自己的數據，但顯然在研究範例數據後我仍然不太明白如何正確格式化輸入表。 由於皮埃爾之前問過相似的問題，我認為再次提出這個問題是值得的。
在我的實驗中，我反覆（不同的供體）使用方法 1 和 2 測量兩種分子/分析物。 方法 1 是已建立的參考，我想將其與方法 2 的結果進行比較。 目前，我的桌子是格式化的像這樣：
第 1 欄：捐贈者
Col2：分析物
Col3：結果方法1
Col4：結果方法2
例子：
| 捐贈者 | 分析物 | 方法1 | 方法2 |
| 1 | 1 | 142 | 143 |
| 2 | 1 | 143 | 141 |
| 3 | 1 | 142 | 142 |
| ....n = 40 | 1 | 118 | 120 |
| 1 | 2 | 3.04 | 3.05 |
| 2 | 2 | 4.49 | 4.39 |
| ... n = 40 | 2 | 6.05 | 5.8 |
現在我想比較每種分析物的方法 1 和方法 2，並獲得每種分析物的單獨回歸和 Bland-Altman 圖。
您對如何正確設定表格格式有任何提示嗎？
回覆：方法比較嗨，拉斯！
我正在使用方法比較插件來擬合 Passing-Bablok 回歸。 該插件效果很好，因為它還添加了許多監管機構要求的回歸估計 CI。 它還計算額外的正交擬合以進行比較。
現在我嘗試計算給定 X 點的預測值，並使用 PB 擬合的置信區間。 有沒有辦法做到這一點？因為PB擬合沒有選項的紅色三角形。
謝謝！
戴夫
回覆：方法比較你好@漢茲，在對話框中，“參考方法”下方的左下框應該填充值，因此看起來從一開始就出了問題。 在新啟動的 JMP 會話中，請重新開啟化合物比較數據，然後按一下插件 > 方法比較 > 準確性。選擇化合物並點擊“方法標識符”。 左下框應填入數值「079」、「080」、「081」... 請檢查您的 JMP 日誌 (Ctrl-Shift-L) 並發送任何訊息。（根據您目前在進一步操作後收到的錯誤訊息，opValList[1] 的計算結果應為「079」並在「平均值」表中找到該列。）您正在運行什麼版本的 JMP？ 您是否使用任何區域設定或語言首選項？什麼版本的 Windows？
回覆：方法比較你好@russ_wolfinger ,
我最近下載了方法 comaprison 插件，但不幸的是，我無法讓它工作。 我安裝了該加載項並使用提供的資料表按照第一個範例進行操作。 點擊“確定”後，我收到以下錯誤訊息：
無法在 'Column' 的存取或評估中找到列，Column/*###*/(splitTbl, Eval( opValList[1] ))
任何幫助將非常感激。
謝謝，
漢斯
回覆：方法比較拉斯，
查看一些數據並與在 Excel 和 Matlab 中進行的手動計算進行比較，JMP 似乎將 LOA 計算為差異的標準偏差 * 1.96。然而，1986 年的 Bland-Atlman 論文要求在使用重複測量時使用修正的標準差，即sc = [S D^ 2 + .25 ( s1)^ 2 + .25 ( s 2)^2]^5
有沒有辦法運行允許重複測量的精度插件？
回覆：方法比較@海蒂_V ，哎呀，抱歉讓您久等了！研發部門請求取得 JMP 正交回歸平台中列印的截距的置信區間。感謝您的請求，請隨時繼續騷擾我們，或者如果您感覺大膽，考慮到加載項已經生成的內容，我認為計算並不算太糟糕。有關Matched Pairs平台中的鑽石，請參閱第248頁https://www.jmp.com/support/downloads/pdf/jmp9/basic_analysis_and_graphing.pdf
@Pierre，您在堆疊資料方面走在正確的軌道上。第一個新列是方法標識符，第二個是 Y。您將需要以某種方式添加 X 列；理想情況下，從實驗本身來看，或者如果你沒有它，我認為使用順序整數（在每個方法中重新開始）應該可行。加載項中的範例非常適合研究。
回覆：方法比較嗨，拉斯，
可能是愚蠢的問題，但我還是會問......
我使用您在所附 Word 文件中提供的範例完成了教程，它工作得非常完美，就像您的範例一樣，但是當我嘗試使用我的資料時，我完全感到困惑。
我只是想完成 Passing-Bablok 迴歸分析。 我只需要得到我的曲線的方程式和相關係數。 我的資料如下表所示。
| 標本 | 方法1 | 方法2 | 方法3 |
| S1 | 0.322613947 | 0.283500366 | 0.394930806 |
| S2 | 1.836453685 | 1.666623257 | 1.081888255 |
| S3 | 3.276624674 | 3.338295056 | 1.384727721 |
| S4 | 4.718858377 | 4.697249324 | 1.58673576 |
| S5 | 0.318644745 | 0.311580094 | 0.272826006 |
| S6 | 1.880639096 | 1.957200801 | 0.929268173 |
| S7 | 3.390383424 | 3.417362369 | 1.28341812 |
| S8 | 4.564628617 | 4.394208312 | 1.527136804 |
| S9 | 0.343720425 | 0.424129692 | 0.912531427 |
| S10 | 2.187688239 | 2.413766417 | 0.20302838 |
| S11 | 3.402107778 | 3.153607989 | 1.277589378 |
| S12 | 5.273795942 | 5.300136478 | 1.838240998 |
| S13 | 0.67104692 | 0.414658177 | 0.432221887 |
| S14 | 2.085992847 | 1.965456038 | 0.940358883 |
| S15 | 3.712645639 | 4.047605658 | 1.189165635 |
| S16 | 4.987225862 | 4.857789074 | 1.424112418 |
| S17 | 0.298670082 | -0.114521527 | 0.449896278 |
| S18 | 1.875760383 | 1.8653793 | 0.918795834 |
| S19 | 3.703566214 | 3.642433157 | 1.112434596 |
我想也許我需要像下面這樣的表格，並將第一列作為“方法標識符”，第二列作為“X，濃度”或“Y，響應”，但是，我應該在X 或Y 中輸入什麼？
| | 措施 |
| 方法1 | 0.322614 |
| 方法1 | 1.836454 |
| 方法1 | 3.276625 |
| 方法1 | 4.718858 |
| 方法1 | 0.318645 |
| 方法1 | 1.880639 |
| 方法2 | 3.390383 |
| 方法2 | 4.564629 |
| 方法2 | 0.34372 |
| 方法2 | 2.187688 |
| 方法2 | 3.402108 |
| 方法2 | 5.273796 |
在複合比較教程中，我不明白什麼是“方法標識符”以及我應該放在這裡的內容。 我猜“X，濃度”對應於參考方法測量，“Y，響應”對應於新方法測量，但我什至不確定。 有什麼辦法可以幫忙嗎？ 多謝
——皮埃爾
回覆：方法比較我正在使用 Russ Wolfinger 開發的“方法比較”插件來比較使用 2D 和 3D 超音波分析卵巢的不同方法。 我有兩個問題：
- 戴明迴歸提供了斜率的置信區間以評估比例偏差，但截距的輸出中未提供信賴區間。 據我所知，我們可以根據 Bland Altman 圖表下方提供的均值差輸出來評估系統偏差，但為了我們結果的完整性，擁有戴明回歸截距的 CI 也會很有幫助。 這可以包含在輸入中和/或您建議我如何確定截距周圍的置信區間？
- 我不確定 Bland Altman 圖表外圍的黑色菱形/線條是什麼 - “幫助”部分沒有澄清，Bland Altman 的原始出版物也沒有描述。 是否可以澄清這些線代表什麼？
非常感謝。
回覆：方法比較@sstinca對於這麼長時間的延遲，我們深表歉意。當我們切換到新的 JMP 社群網站時，不知何故，我從未收到您的訊息通知。感謝您的精彩收穫，我剛剛上傳了一個更新，其中包括使用標準差的 Bland-Altman 限制以及匹配對圖上的陰影顯示。還添加了他們 1999 年論文中的收縮壓數據範例，並且數字一致。
@dstokar這些限制是基於德國彭茨貝格 Roche 的原始 SAS 巨集程式碼，該程式碼實現了 Passing 和 Bablok (1983) 的方法，並且不使用引導程式。如果您有充分的證據表明引導程式在此處運作良好，請分享，並且 JSL 程式碼也是開放的，以便您可以準確地看到正在發生的情況並根據需要進行修改。
@胡安帕恩建議完成幫助文件中的範例，確保您理解所有內容，然後在您自己的資料上嘗試。
回覆：方法比較我一直在嘗試進行布蘭德-奧特曼分析，但我不明白方法比較是什麼。 我正在嘗試在兩種不同的 PCR 方法（一個基因的兩個擴增子）之間進行 Bland-Altman，以了解它們如何相互偏離。 謝謝！回覆：方法比較你好，
您使用什麼方法來計算 Passing Bablock 截距和斜率的置信區間？ 如果是 bootstrap，請指定哪種類型（例如，所有 bootstrap 估計的預測 Y 分佈的 2.5% 和 97%）或其他類型。
謝謝，
大衛
回覆：方法比較你好，
感謝您提供方法比較的插件。 我對 Bland Altman 圖有一個問題/評論：為什麼要使用標準誤差而不是標準差 (SD) 來計算 95% 的一致性限制？ 標準誤差的運用是錯誤的最後給出了錯誤的協議限制。
有關 Bland Altman 圖和標準差 (SD) 使用的文獻：
1.布蘭德·JM，奧特曼·DG。 測量方法比較研究中的一致性。 統計方法醫學研究 1999；8:135-60
2.布蘭德·JM，奧特曼·DG。 用於評估兩種臨床測量方法之間一致性的統計方法。 國際護理學雜誌 2010；47:931-6
3.Giavarina D. 理解 Bland Altman 分析。 生物化學。 2015;25(2):141-151
