方法比较该插件可帮助您根据 CLSI 指南比较测量方法。它在后台调用各种 JMP 平台来拟合数据并创建各种图形和表格结果。
该插件由四个主要例程组成：准确度、精度、线性度和性能。它们每个的输入数据表必须采用堆叠格式，即每个单独的响应占一行。一列必须标识与所使用的不同方法相对应的不同数据行（方法标识符列）。其他所需的数据列取决于您使用的例程。
要安装该插件，请下载“Method Comparison.jmpaddin”，将其拖到打开的 JMP 窗口中，然后单击“安装”。
对于示例分析，请在安装插件后单击插件 > 方法比较 > 帮助。 该加载项还包括四个示例数据集：“化合物比较”、“峰值呼气流速”、“模拟示例”和“收缩压”。单击加载项 > 方法比较 > 示例数据将其打开。
下面是一些屏幕截图示例。
数据可视化探索性数据分析生命科学品质工程可靠性统计数据回复：方法比较@jzawadzka @奎里达我刚刚上传了加载项的更新，可以更好地处理 Passing-Bablok 例程中丢失的数据，并且可能会解决您提到的问题。
@TCGM尚不确定是什么原因导致此问题 - JMP 日志中是否有任何消息（按 Ctrl-Shift-L 即可查看）？在初始“性能”对话框中，默认情况下应选择值 1 作为左下框中的“正值”——如果您在运行前手动选择它会有帮助吗？您是否有任何非英语语言设置？
回复：方法比较你好@russ_wolfinger ,
首先，感谢您创建此插件！ 我刚刚发现它，但我可以说它将在我的日常工作中非常有用。
我遇到了“性能”分析选项的问题。 我按照示例文档中的说明进行操作，但没有得到任何结果。 这是我输入的内容：
这是输出：
如果我在 Logistic Fits 选项下进行任何选择，我会收到以下错误消息：
您能建议如何解决这个问题吗？ 我尝试过重新启动 JMP。 我有 JMP 版本 16.0.0（如果相关的话）。
谢谢！
回复：方法比较你好@奎里达由于值太大，这里可能会出现数值不稳定。请尝试将 V1 和 V2 除以 10000 看看是否有帮助，并检查 JMP 日志 (Ctrl+Shift+L) 中是否有任何消息。如果不好请将数据发送至russ.wolfinger@jmp.com我可以进一步调查。
回复：方法比较你好@russ_wolfinger
我一直将 pass-bablok 与 JMP Pro 16 插件结合使用。 然而，该程序只对我的一半数据执行回归，而不对另一半数据执行回归，尽管没有弹出错误。 请参阅下面缺失的斜率、截距和置信限。 它对我的所有数据执行匹配对/温和 altman 良好。 为了检查我的数据是否存在传递 bablok 的错误，我使用了 MethComp R 软件包，发现它能够执行回归，而 JMP 则无法执行此操作。 感谢您在 JMP 中解决此问题的任何建议，因为 R 包似乎以不同的方式计算置信区间（我通过测试在 JMP 中有效的数据了解到这一点）谢谢！
回复：方法比较非常感谢@russ_wolfinger让我知道。 事实上，我已经在使用早期采用者版本，所以会看看:)
非常好
卡米拉
回复：方法比较你好@卡米拉利西奥感谢您的询问。不幸的是，CUSUM 线性测试在插件中不可用，但可以在运行 Passing-Bablok 后使用 JSL 进行计算。更好的是，我很高兴地报告这一点@jianfeng_ding正在致力于将 Passing-Bablok 回归和 CUSUM 测试正式添加到 JMP 17 中。它可能会首先在即将推出的早期采用者版本（7 或 8）中提供，您可以在以下位置请求： jmp.com/earlyadopter
回复：方法比较你好@russ_wolfinger ,
首先，感谢您将这个出色的插件组合在一起，我发现它对于我正在从事的项目非常有用。
我希望在相关问题上征求你的意见。
根据我的阅读/客户的建议/Roche Diagnostics GmbH Anja Wörner 在最近的 JMP 峰会上的信息丰富的演示，这些方法比较回归方法依赖于通过 Cusum 检验成功进行线性检验（作为使用条件）。 我相信 JMP CUSUM 的实现实际上是 Anja 演示文稿的一部分，但我似乎无法检索该信息。
您能帮助指导我如何在 JMP 中实现这一点吗？
优步感谢您的帮助
非常好
卡米拉
回复：方法比较非常感谢@russ_wolfinger ,我会尝试这个解决方案来修复它。
回复：方法比较@jzawadzka对于长时间的延误表示歉意。您愿意将完整的 JMP 表发送至russ.wolfinger@jmp.com ？我可以尝试重现该错误并实施修复。根据您发送的内容，我不确定发生了什么。
@艾蒂安-88这几乎肯定与语言设置有关。请注意，错误消息正在搜索“Min”列，而在您的计算机上，该列将显示为法语。该插件仅针对英语开发，我还没有机会实现与语言无关的修复。解决方法之一是按编号而不是名称引用列。同时，您可以通过单击“查看”>“加载项”来访问 JSL，并且可能会修改代码以使其正常工作。
回复：方法比较你好， @russ_wolfinger ,
看来我也有同样的问题艾尼霍阿。
事实上，当我用我的数据进行方法比较和准确性测试时，我收到以下错误消息：
你能帮助我吗？
谢谢
回复：方法比较抱歉，数据格式如下：
回复：方法比较你好， @russ_wolfinger ,
我正在尝试执行布兰德-奥尔特曼图和戴明回归。
我的数据格式如下：
我收到错误：
你能帮我解决这个问题吗？
问候，
乔安娜
回复：方法比较谢谢 Helge，是的，按钮完成了这项额外的工作，应该使用它而不是拖放。拉斯
回复：方法比较大家好，
我发现了为什么在选择方法标识符时“参考方法”未正确填充的原因：
如果将“化合物”拖放到字段中，则不会填充参考方法，但如果选择“化合物”并单击“方法标识符”按钮，则会正确填充参考方法。
@ainhoa @汉兹
此致，
黑尔格
回复：方法比较多谢@russ_wolfinger 。 我将通过电子邮件将表格发送给您，并尝试按照您的建议进行操作。
回复：方法比较你好@ainhoa ，这可能与西班牙语设置有关。您能否发送您的 JMP 数据表以便我们进一步调查？请将其发送至russ.wolfinger@jmp.com 。同时，如果您还愿意，请检查是否可以使用提供的化合物比较数据运行帮助文档中的第一个示例。此外，如果您碰巧可以访问具有英语设置的机器，请在那里尝试一下。抱歉打扰了——我们将努力为您找到解决方案。
回复：方法比较我有 JMP 15 的试用版，但我在精度测试方面遇到问题（我从此页面下载了插件）。 运行测试时出现 JMP 警报：
警报显示：在加入或评估“Column”时未找到该列。
可以帮助我吗？
谢谢
回复：方法比较你好@A_Tomczyk ，您愿意将 JMP 表发送给我吗？我可以进一步调查吗？请附在此处或发送电子邮件至russ.wolfinger@jmp.com 。请您好，拉斯
回复：方法比较你好， @russ_wolfinger ,
我正在尝试执行布兰德-奥尔特曼图和戴明回归。
我的数据格式如下：
我收到如下错误：
知道发生了什么事吗...？
问候，
阿格涅斯卡
回复：方法比较@vtkm ，抱歉这么长时间才回复。我刚刚有机会回顾一下您从 Bland 和 Altman (1986) 引用的标准偏差调整公式。当转向重复测量时，可以选择观察值之间协方差结构的假设形式。Bland 和 Altman 似乎沿着这些思路做出了某种假设，涉及两种方法之间的某种形式的异质性，正如他们对 s_1 和 s_2 的使用所证明的那样（顺便说一句，我无法准确地重现他们为 s_1 和 s_1 指示的 21.6 和 28.2 值） s_2 在其 PEFR 示例中，其数据包含在此插件的示例数据下）。他们的调整公式也仅适用于两次重复测量和完全平衡的数据。一种更好、更通用的方法是混合模型分析，它考虑一些合理的协方差结构，并根据精心选择的协方差结构计算适当的标准差。参考最近发布的适用于混合模型的 SAS斯特鲁普等人。完整的理论和应用 + JMP Pro 具有良好的混合模型功能，可以在此处使用。该插件直接分析重复测量的均值，我认为这在许多情况下仍然是合理的，并且是自然的默认值。
@大卫_阿尔塔，没有直接的方法来获取这些。一件简单的尝试是使用 Passing-Bablok 截距和斜率估计来创建您自己的公式列。更雄心勃勃的是使用 JSL 从适当的表框中解析出这些值。最终的结果是按照您的指示添加红色三角形。我不打算很快解决这个问题，所以如果有人愿意尝试一下，我很乐意将更新合并到加载项中。或者，现在可能是投票赞成将 Passing-Bablok 正式添加到 JMP Bivariate 平台的好时机。
@汉兹，您需要将数据转置为列 Donor、Method、Analyte1、Analyte2，然后将 Analyte1 和 Analyte2 分别作为 Y 变量进行分析。
回复：方法比较你好@russ_wolfinger ,
感谢您的快速回复。 重新启动 JMP 成功了！
我现在注意到操作按钮“删除”起到了一种刷新的作用。 换句话说，添加方法标识符后，我必须点击“删除”才能更新并填充左下角的对话框。 之后我就可以按照帮助文档中的描述进行分析了。
供您参考，我在 Windows 10 Enterprise 64 位系统上运行 JMP 12.1.0（64 位），没有区域设置（据我所知），默认语言为英语。
现在，我继续处理我自己的数据，但显然在研究示例数据后我仍然不太明白如何正确格式化输入表。 由于皮埃尔之前问过相似的问题，我认为再次提出这个问题是值得的。
在我的实验中，我反复（不同的供体）使用方法 1 和 2 测量两种分子/分析物。 方法 1 是已建立的参考，我想将其与方法 2 的结果进行比较。 目前，我的桌子是格式化的像这样：
第 1 栏：捐赠者
Col2：分析物
Col3：结果方法1
Col4：结果方法2
例子：
| 捐赠者 | 分析物 | 方法1 | 方法2 |
| 1 | 1 | 142 | 143 |
| 2 | 1 | 143 | 141 |
| 3 | 1 | 142 | 142 |
| ....n = 40 | 1 | 118 | 120 |
| 1 | 2 | 3.04 | 3.05 |
| 2 | 2 | 4.49 | 4.39 |
| ... n = 40 | 2 | 6.05 | 5.8 |
现在我想比较每种分析物的方法 1 和方法 2，并获得每种分析物的单独回归和 Bland-Altman 图。
您对如何正确设置表格格式有任何提示吗？
回复：方法比较嗨，拉斯！
我正在使用方法比较插件来拟合 Passing-Bablok 回归。 该插件效果很好，因为它还添加了许多监管机构要求的回归估计 CI。 它还计算额外的正交拟合以进行比较。
现在我尝试计算给定 X 点的预测值，并使用 PB 拟合的置信区间。 有没有办法做到这一点？因为PB拟合没有带有选项的红色三角形。
谢谢！
戴夫
回复：方法比较你好@汉兹，在对话框中，“参考方法”下方的左下框应该填充值，因此看起来从一开始就出了问题。 在新启动的 JMP 会话中，请重新打开化合物比较数据，然后单击插件 > 方法比较 > 准确性。选择化合物并单击“方法标识符”。 左下框应填充值“079”、“080”、“081”... 请检查您的 JMP 日志 (Ctrl-Shift-L) 并发送任何消息。（根据您当前在进一步操作后收到的错误消息，opValList[1] 的计算结果应为“079”并在“平均值”表中找到该列。）您正在运行什么版本的 JMP？ 您是否使用任何区域设置或语言首选项？什么版本的 Windows？
回复：方法比较你好@russ_wolfinger ,
我最近下载了方法 comaprison 插件，但不幸的是，我无法让它工作。 我安装了该加载项并使用提供的数据表按照第一个示例进行操作。 点击“确定”后，我收到以下错误消息：
无法在 'Column' 的访问或评估中找到列，Column/*###*/(splitTbl, Eval( opValList[1] ))
任何帮助将非常感激。
谢谢，
汉斯
回复：方法比较拉斯，
查看一些数据并与在 Excel 和 Matlab 中完成的手动计算进行比较，JMP 似乎将 LOA 计算为差异的标准偏差 * 1.96。然而，1986 年的 Bland-Atlman 论文要求在使用重复测量时使用修正的标准差，即sc = [S D^ 2 + .25 ( s1)^ 2 + .25 ( s 2)^2]^5
有没有办法运行允许重复测量的精度插件？
回复：方法比较@海蒂_V ，哎呀，抱歉让您久等了！研发部门请求获取 JMP 正交回归平台中打印的截距的置信区间。感谢您的请求，请随时继续骚扰我们，或者如果您感觉大胆，考虑到加载项已经生成的内容，我认为计算并不算太糟糕。有关Matched Pairs平台中的钻石，请参阅第248页https://www.jmp.com/support/downloads/pdf/jmp9/basic_analysis_and_graphing.pdf
@Pierre，您在堆叠数据方面走在正确的轨道上。第一个新列是方法标识符，第二个是 Y。您将需要以某种方式添加 X 列；理想情况下，从实验本身来看，或者如果你没有它，我认为使用顺序整数（在每个方法中重新开始）应该可行。加载项中的示例非常适合研究。
回复：方法比较嗨，拉斯，
可能是愚蠢的问题，但我还是会问......
我使用您在所附 Word 文档中提供的示例完成了教程，它工作得非常完美，就像您的示例一样，但是当我尝试使用我的数据时，我完全感到困惑。
我只是想完成 Passing-Bablok 回归分析。 我只需要得到我的曲线的方程和相关系数。 我的数据如下表所示。
| 标本 | 方法1 | 方法2 | 方法3 |
| S1 | 0.322613947 | 0.283500366 | 0.394930806 |
| S2 | 1.836453685 | 1.666623257 | 1.081888255 |
| S3 | 3.276624674 | 3.338295056 | 1.384727721 |
| S4 | 4.718858377 | 4.697249324 | 1.58673576 |
| S5 | 0.318644745 | 0.311580094 | 0.272826006 |
| S6 | 1.880639096 | 1.957200801 | 0.929268173 |
| S7 | 3.390383424 | 3.417362369 | 1.28341812 |
| S8 | 4.564628617 | 4.394208312 | 1.527136804 |
| S9 | 0.343720425 | 0.424129692 | 0.912531427 |
| S10 | 2.187688239 | 2.413766417 | 0.20302838 |
| S11 | 3.402107778 | 3.153607989 | 1.277589378 |
| S12 | 5.273795942 | 5.300136478 | 1.838240998 |
| S13 | 0.67104692 | 0.414658177 | 0.432221887 |
| S14 | 2.085992847 | 1.965456038 | 0.940358883 |
| S15 | 3.712645639 | 4.047605658 | 1.189165635 |
| S16 | 4.987225862 | 4.857789074 | 1.424112418 |
| S17 | 0.298670082 | -0.114521527 | 0.449896278 |
| S18 | 1.875760383 | 1.8653793 | 0.918795834 |
| S19 | 3.703566214 | 3.642433157 | 1.112434596 |
我想也许我需要一个像下面这样的表格，并将第一列作为“方法标识符”，第二列作为“X，浓度”或“Y，响应”，但是，我应该在 X 或 Y 中输入什么？
| | 措施 |
| 方法1 | 0.322614 |
| 方法1 | 1.836454 |
| 方法1 | 3.276625 |
| 方法1 | 4.718858 |
| 方法1 | 0.318645 |
| 方法1 | 1.880639 |
| 方法2 | 3.390383 |
| 方法2 | 4.564629 |
| 方法2 | 0.34372 |
| 方法2 | 2.187688 |
| 方法2 | 3.402108 |
| 方法2 | 5.273796 |
在复合比较教程中，我不明白什么是“方法标识符”以及我应该放在这里的内容。 我猜“X，浓度”对应于参考方法测量，“Y，响应”对应于新方法测量，但我什至不确定。 有什么办法可以帮忙吗？ 多谢
——皮埃尔
回复：方法比较我正在使用 Russ Wolfinger 开发的“方法比较”插件来比较使用 2D 和 3D 超声分析卵巢的不同方法。 我有两个问题：
- 戴明回归提供了斜率的置信区间以评估比例偏差，但截距的输出中未提供置信区间。 据我所知，我们可以根据 Bland Altman 图下方提供的均值差输出来评估系统偏差，但为了我们结果的完整性，拥有戴明回归截距的 CI 也会很有帮助。 这可以包含在输入中和/或您建议我如何确定截距周围的置信区间？
- 我不确定 Bland Altman 图表外围的黑色菱形/线条是什么 - “帮助”部分没有澄清，Bland Altman 的原始出版物也没有描述。 是否可以澄清这些线代表什么？
非常感谢。
回复：方法比较@sstinca对于这么长时间的延误，我们深表歉意。当我们切换到新的 JMP 社区网站时，不知何故，我从未收到您的消息通知。感谢您的精彩收获，我刚刚上传了一个更新，其中包括使用标准差的 Bland-Altman 限制以及匹配对图上的阴影显示。还添加了他们 1999 年论文中的收缩压数据示例，并且数字一致。
@dstokar这些限制基于德国彭茨贝格 Roche 的原始 SAS 宏代码，该代码实现了 Passing 和 Bablok (1983) 的方法，并且不使用引导程序。如果您有充分的证据表明引导程序在此处运行良好，请分享，并且 JSL 代码也是开放的，以便您可以准确地看到正在发生的情况并根据需要进行修改。
@胡安帕恩建议完成帮助文档中的示例，确保您理解所有内容，然后在您自己的数据上尝试。
回复：方法比较我一直在尝试进行布兰德-奥特曼分析，但我不明白方法比较是什么。 我正在尝试在两种不同的 PCR 方法（一个基因的两个扩增子）之间进行 Bland-Altman，以了解它们如何相互偏离。 谢谢！回复：方法比较你好，
您使用什么方法来计算 Passing Bablock 截距和斜率的置信区间？ 如果是 bootstrap，请指定什么类型（例如，所有 bootstrap 估计的预测 Y 分布的 2.5% 和 97%）或其他类型。
谢谢，
大卫
回复：方法比较你好，
感谢您提供方法比较的插件。 我对 Bland Altman 图有一个问题/评论：为什么使用标准误差而不是标准偏差 (SD) 来计算 95% 的一致性限制？ 标准误差的使用是错误的最后给出了错误的协议限制。
有关 Bland Altman 图和标准差 (SD) 使用的文献：
1.布兰德·JM，奥特曼·DG。 测量方法比较研究中的一致性。 统计方法医学研究 1999；8:135-60
2.布兰德·JM，奥特曼·DG。 用于评估两种临床测量方法之间一致性的统计方法。 国际护理学杂志 2010；47:931-6
3.Giavarina D. 理解 Bland Altman 分析。 生物化学。 2015;25(2):141-151
