Comparaison des méthodesCe complément vous aide à comparer les méthodes de mesure conformément aux directives du CLSI.Il appelle diverses plates-formes JMP en arrière-plan pour ajuster les données et créer une variété de résultats graphiques et tabulaires.
Le complément se compose de quatre routines principales : exactitude, précision, linéarité et performances.Le tableau des données d'entrée de chacun d'eux doit être au format empilé, c'est-à-dire avec une ligne par réponse individuelle.Une colonne doit identifier les différentes lignes de données correspondant aux différentes méthodes utilisées (la colonne Method Identifier).Les autres colonnes de données requises dépendent de la routine que vous utilisez.
Pour installer le complément, téléchargez « Method Comparison.jmpaddin », faites-le glisser sur une fenêtre JMP ouverte, puis cliquez sur « Installer ».
Pour des exemples d'analyses, cliquez sur Compléments > Comparaison de méthodes > Aide après avoir installé le complément. Le complément comprend également quatre exemples d'ensembles de données : « Comparaison des composés », « Débit expiratoire maximal », « Exemple simulé » et « Pression artérielle systolique ».Cliquez sur Compléments > Comparaison de méthodes > Exemples de données pour les ouvrir.
Quelques exemples de captures d'écran sont ci-dessous.
Visualisation de donnéesL'analyse exploratoire des donnéesSciences de la vieIngénierie QualitéFiabilitéStatistiquesRe : Comparaison des méthodes@jzawadzka @Quérida Je viens de télécharger une mise à jour du complément qui gère mieux les données manquantes dans la routine Passing-Bablok et résoudra probablement les problèmes que vous mentionnez.
@TCGM Vous ne savez pas encore quelle pourrait être la cause de ce problème : y a-t-il des messages dans le journal JMP (appuyez sur Ctrl-Maj-L pour le voir) ?Dans la boîte de dialogue Performances initiale, la valeur 1 doit être sélectionnée par défaut comme niveau positif dans la zone inférieure gauche. Est-il utile de la sélectionner manuellement avant d'exécuter ?Avez-vous par hasard des paramètres de langue autres que l'anglais ?
Re : Comparaison des méthodesSalut @russ_wolfinger ,
Tout d’abord, merci d’avoir créé ce complément ! Je viens de le découvrir mais je peux dire qu'il sera extrêmement utile dans mon travail quotidien.
J'ai rencontré un problème avec l'option d'analyse "Performances". J'ai suivi les instructions du document exemple, mais je n'ai obtenu aucun résultat. Voici ce que j'ai saisi :
Et voici le résultat :
Si j'effectue une sélection sous l'option Logistic Fits, j'obtiens le message d'erreur suivant :
Pouvez-vous nous indiquer comment résoudre ce problème ? J'ai essayé de redémarrer JMP. J'ai la version 16.0.0 de JMP, si cela est pertinent.
Merci!
Re : Comparaison des méthodesSalut @Quérida Il existe ici un risque d'instabilité numérique en raison de la grande taille des valeurs.Veuillez essayer de diviser V1 et V2 par 10 000 pour voir si cela aide et vérifiez le journal JMP (Ctrl+Shift+L) pour tout message.Si ce n'est pas bon, veuillez envoyer les données à russ.wolfinger@jmp.com et je peux enquêter davantage.
Re : Comparaison des méthodesSalut @russ_wolfinger
J'utilise pass-bablok avec le complément JMP Pro 16. Cependant, le programme n'effectue la régression que pour la moitié de mes données, mais pas pour l'autre moitié malgré l'absence d'erreur. Voir la pente manquante, l'interception et les limites de confiance ci-dessous. Il exécute les paires correspondantes/bland-altman pour toutes mes données. Pour vérifier si mes données étaient en cause pour le passage-bablok, j'ai utilisé le package MethComp R et j'ai découvert qu'il était capable d'effectuer la régression alors que JMP n'était pas en mesure de le faire. J'apprécierais toute suggestion pour résoudre ce problème dans JMP, car le package R semble calculer les intervalles de confiance différemment (j'ai appris cela en testant les données qui fonctionnaient dans JMP) Merci !
Re : Comparaison des méthodesMerci beaucoup @russ_wolfinger pour me l'avoir fait savoir. En fait, j'utilise déjà la version Early Adopter, je vais donc y jeter un œil 
Le meilleur
Camille
Re : Comparaison des méthodesSalut @CamillaLiscio Merci pour votre demande.Malheureusement, le test de linéarité CUSUM n'est pas disponible dans le complément, mais il est possible de le calculer en utilisant JSL après avoir exécuté Passing-Bablok.Mieux encore, je suis heureux de vous annoncer que @jianfeng_ding travaille à l'ajout officiel de la régression Passing-Bablok et du test CUSUM au JMP 17.Il sera probablement d'abord disponible dans l'une des prochaines versions Early Adopter (7 ou 8), que vous pouvez demander à jmp.com/earlyadopter
Re : Comparaison des méthodesSalut @russ_wolfinger ,
tout d'abord, merci d'avoir mis en place cet excellent complément, je le trouve extrêmement utile pour un projet sur lequel je travaille.
J'espérais vous interroger sur un sujet connexe.
Sur la base de mes lectures/conseils du client/présentation très informative d'Anja Wörner, Roche Diagnostics GmbH lors d'un récent sommet JMP, ces approches de régression par comparaison de méthodes s'appuient - comme condition d'utilisation - sur un test de linéarité réussi par le test Cusum. Je pense que la mise en œuvre du JMP CUSUM faisait en fait partie de la présentation d'Anja, mais je ne semble pas être en mesure de récupérer cette information.
Pourriez-vous m'aider à implémenter cela dans JMP ?
Uber vous remercie pour votre aide
Le meilleur
Camille
Re : Comparaison des méthodesMerci beaucoup @russ_wolfinger , je vais essayer cette solution pour résoudre ce problème.
Re : Comparaison des méthodes@jzawadzka Toutes mes excuses pour le long retard.Seriez-vous prêt à envoyer le tableau JMP complet à russ.wolfinger@jmp.com ?Je peux essayer de reproduire l'erreur et d'implémenter un correctif.D'après ce que vous avez envoyé, je ne suis pas sûr de ce qui se passe.
@Etienne-88 cela a presque sûrement à voir avec les paramètres de langue.Notez que le message d'erreur recherche la colonne "Min" alors que sur votre machine, ce serait en français.Le complément n'a été développé que pour l'anglais et je n'ai pas encore eu l'occasion d'implémenter un correctif indépendant de la langue.Une idée de correctif consiste à référencer la colonne par numéro plutôt que par nom.En attendant, vous avez accès au JSL en cliquant sur Affichage > Compléments et vous pouvez potentiellement modifier le code pour qu'il fonctionne.
Re : Comparaison des méthodesSalut, @russ_wolfinger ,
Il semble que j'ai le même problème que ainhoa .
En effet, lorsque j'effectue une comparaison de méthodes et un test d'exactitude avec mes données, j'ai le message d'erreur suivant :
Pouvez-vous m'aider?
Merci
Re : Comparaison des méthodesDésolé, voici le format des données :
Re : Comparaison des méthodesSalut, @russ_wolfinger ,
J'essaie d'effectuer un complot de Bland-Altman et une régression de Deming.
J'ai des données au format comme ci-dessous :
Je reçois une erreur :
Pourriez-vous s'il vous plaît m'aider avec ce problème ?
Salutations,
Jeanne
Re : Comparaison des méthodesMerci Helge, oui, le bouton fait ce travail supplémentaire et il doit être utilisé à la place du glisser-déposer.Russe
Re : Comparaison des méthodesBonjour à tous,
J'ai trouvé un déclencheur expliquant pourquoi la "Méthode de référence" n'est pas correctement renseignée lors de la sélection de l'identifiant de méthode :
Si vous faites glisser et déposez Composé dans le champ, la méthode de référence n'est pas renseignée, mais si vous sélectionnez Composé et cliquez sur le bouton Identificateur de méthode, la méthode de référence est correctement renseignée.
@ainhoa @Hanz
Cordialement,
Helge
Re : Comparaison des méthodesMerci beaucoup @russ_wolfinger . Je vous enverrai le tableau par e-mail et j'essaierai de faire ce que vous avez proposé.
Re : Comparaison des méthodesBonjour @ainhoa , Cela a probablement quelque chose à voir avec les paramètres de langue espagnole.Seriez-vous en mesure d'envoyer votre tableau de données JMP afin que nous puissions approfondir nos recherches ?Veuillez l'envoyer par e-mail à russ.wolfinger@jmp.com .En attendant, veuillez également vérifier si vous pouvez exécuter le premier exemple du document d'aide en utilisant les données de comparaison de composés fournies.De plus, si vous avez accès à une machine avec des paramètres en anglais, essayez-la ici.Désolé pour le dérangement, nous trouverons une solution pour vous.
Re : Comparaison des méthodesJ'ai une version d'essai de JMP 15 et j'ai des problèmes avec le test de précision (j'ai téléchargé les compléments depuis cette page). J'ai une alerte JMP lorsque j'exécute le test :
L'alerte indique : La colonne n'a pas été trouvée lors de l'adhésion ou de l'évaluation de « Colonne ».
Pourrait-il m'aider ?
Merci
Re : Comparaison des méthodesSalut @A_Tomczyk , Seriez-vous prêt à m'envoyer la table JMP et je pourrai approfondir mes recherches ?Veuillez le joindre ici ou m'envoyer un e-mail à russ.wolfinger@jmp.com . Cordialement, Russ
Re : Comparaison des méthodesSalut, @russ_wolfinger ,
J'essaie d'effectuer un complot de Bland-Altman et une régression de Deming.
J'ai des données au format comme ci-dessous :
Je reçois une erreur du type :
Une idée de ce qui se passe... ?
Salutations,
Agnieszka
Re : Comparaison des méthodes@vtkm , désolé pour le long délai de réponse.Je viens d'avoir la chance de revenir sur la formule d'ajustement de l'écart type à laquelle vous faites référence dans Bland et Altman (1986).Lorsqu'on passe à des mesures répétées, il existe des choix concernant la forme supposée de structure de covariance parmi les observations.Bland et Altman semblent faire une certaine hypothèse dans ce sens qui implique une forme d'hétérogénéité entre les deux méthodes, comme en témoigne leur utilisation de s_1 et s_2 (d'ailleurs, je n'ai pas pu reproduire exactement les valeurs 21,6 et 28,2 qu'ils indiquent pour s_1 et s_2 dans leur exemple PEFR, dont les données sont incluses avec ce complément sous Exemple de données).Leur formule d’ajustement ne s’applique également qu’à deux mesures répétées et à des données parfaitement équilibrées.Une approche meilleure et plus générale serait une analyse de modèle mixte qui prend en compte quelques structures de covariance raisonnables et calcule les écarts types appropriés sur la base d'un écart bien choisi.Référez-vous à récemment publié SAS pour modèles mixtes par Stroup et coll. pour une théorie et des applications complètes + JMP Pro possède de bonnes capacités de modèles mixtes qui pourraient être utilisées ici.Ce complément analyse directement les moyennes des mesures répétées, ce qui, à mon avis, reste raisonnable dans de nombreux cas et constitue un défaut naturel.
@david_arteta , aucun moyen direct d'y accéder.Une chose simple à essayer serait de créer votre propre colonne de formules en utilisant l'ordonnée à l'origine de Passing-Bablok et les estimations de pente.Plus ambitieux serait d'analyser ces valeurs à partir de la zone de tableau appropriée à l'aide de JSL.Le nec plus ultra serait d'ajouter le triangle rouge comme vous l'indiquez.Je n'ai pas l'intention de m'attaquer à ce problème de si tôt, donc si quelqu'un est prêt à essayer, je serais heureux d'incorporer des mises à jour dans le complément.Alternativement, c'est peut-être le bon moment pour voter pour l'ajout formel de Passing-Bablok à la plateforme JMP Bivariate.
@Hanz , vous devez transposer vos données pour avoir les colonnes Donor, Method, Analyte1, Analyte2, puis analyser Analyte1 et Analyte2 séparément en tant que variable Y.
Re : Comparaison des méthodesSalut @russ_wolfinger ,
Merci pour votre réponse rapide. La relance de JMP a fonctionné !
J'ai remarqué maintenant que le bouton d'action "Supprimer" agit comme une sorte de rafraîchissement. En d'autres termes, après avoir ajouté l'identifiant de la méthode, je dois cliquer sur "Supprimer" pour mettre à jour et remplir la boîte de dialogue dans le coin inférieur gauche. Ensuite, je peux procéder à l'analyse comme décrit dans le document d'aide.
Pour votre information, j'utilise JMP 12.1.0 (64 bits) sur un système Windows 10 Entreprise 64 bits sans paramètres régionaux (à ma connaissance) et l'anglais comme langue par défaut.
Maintenant, je suis passé à mes propres données, mais apparemment je ne comprends toujours pas comment formater correctement le tableau d'entrée après avoir étudié les exemples de données. Puisque Pierre avait déjà demandé à un similaire question, je pense que cela vaudrait la peine d'en revenir.
Dans mon expérience, je suis à plusieurs reprises (donneurs différents) mesurant deux molécules/analytes avec les méthodes 1 et 2. La méthode 1 est la référence établie et je souhaite la comparer aux résultats de la méthode 2. Actuellement, ma table est formaté comme ça:
Col1 : Donateur
Col2 : Analyte
Col3 : résultats méthode1
Col4 : résultats méthode2
Exemple:
| Donneur | Analyte | Méthode 1 | Méthode 2 |
| 1 | 1 | 142 | 143 |
| 2 | 1 | 143 | 141 |
| 3 | 1 | 142 | 142 |
| .... n = 40 | 1 | 118 | 120 |
| 1 | 2 | 3.04 | 3.05 |
| 2 | 2 | 4.49 | 4.39 |
| ...n =40 | 2 | 6.05 | 5.8 |
Maintenant, je voudrais comparer la méthode 1 et la méthode 2 pour chaque analyte, et obtenir une régression distincte et un tracé de Bland-Altman pour chaque analyte.
Avez-vous des astuces pour formater correctement le tableau ?
Re : Comparaison des méthodesSalut Russ!
J'utilise le complément de comparaison de méthodes pour adapter une régression Passing-Bablok. Le complément fonctionne très bien car il ajoute également des CI pour les estimations de régression demandées par de nombreux organismes de réglementation. Il calcule également un ajustement orthogonal supplémentaire à des fins de comparaison.
J'essaie maintenant de calculer la valeur prédite à un point X donné, avec des intervalles de confiance en utilisant l'ajustement PB. Y a-t-il un moyen de faire cela? car l'ajustement PB n'a pas de triangle rouge avec des options.
Merci!
Dave
Re : Comparaison des méthodesSalut @Hanz , Dans la boîte de dialogue, la case inférieure gauche sous « Méthode de référence » doit être renseignée avec des valeurs, il semble donc que quelque chose ne va pas depuis le début. À partir d'une session JMP fraîchement lancée, veuillez rouvrir les données de comparaison de composés, puis cliquez sur Compléments > Comparaison de méthodes > Précision.Sélectionnez Composé et cliquez sur « Identifiant de méthode ». La case inférieure gauche doit contenir les valeurs "079", "080", "081", ... Veuillez vérifier votre journal JMP (Ctrl-Shift-L) et envoyer des messages.(D'après le message d'erreur que vous recevez actuellement après être allé plus loin, opValList[1] devrait évaluer "079" et trouver cette colonne dans la table Means.) Quelle version de JMP utilisez-vous ? Utilisez-vous des paramètres régionaux ou des préférences linguistiques ?Quelle version de Windows ?
Re : Comparaison des méthodesSalut @russ_wolfinger ,
J'ai récemment téléchargé le complément de méthode de comparaison, mais malheureusement, je n'arrive pas à le faire fonctionner. J'ai installé le complément et suivi le premier exemple en utilisant le tableau de données fourni. Après avoir cliqué sur OK, j'obtiens le message d'erreur suivant :
Impossible de trouver la colonne lors de l'accès ou de l'évaluation de 'Column' , Column/*###*/(splitTbl, Eval( opValList[1] ))
Toute aide serait très appréciée.
Merci,
Hans
Re : Comparaison des méthodesRusse,
En regardant certaines données et en les comparant aux calculs manuels effectués dans Excel et Matlab, il semble que JMP calcule la LOA comme l'écart type des différences * 1,96.Cependant, l'article de Bland-Atlman de 1986 préconise l'utilisation d'un écart type corrigé lorsque des mesures répétées sont utilisées, ce qui est sc = [S ré^ 2 + 0,25 ( s1)^ 2 + 0,25 ( s 2)^2]^5
Existe-t-il un moyen d'exécuter le complément de précision qui permet des mesures répétées ?
Re : Comparaison des méthodes@Heidi_V , ouais, désolé pour le long retard !Il y a une demande au R&D pour obtenir cet intervalle de confiance sur l'interception imprimée dans la plateforme de régression orthogonale de JMP.Merci pour la demande et n'hésitez pas à continuer à nous déranger à ce sujet, ou si vous vous sentez audacieux, je ne pense pas que les calculs soient trop mauvais étant donné ce que le complément produit déjà.Pour les diamants de la plateforme Matched Pairs, voir page 248 de https://www.jmp.com/support/downloads/pdf/jmp9/basic_analysis_and_graphing.pdf
@pierre, vous êtes sur la bonne voie pour empiler vos données.Votre première nouvelle colonne est l'identifiant de la méthode et la seconde est Y.Vous devrez d'une manière ou d'une autre ajouter une colonne X ; idéalement à partir de l'expérience elle-même ou si vous ne l'avez tout simplement pas, je pense que l'utilisation d'entiers séquentiels (en recommençant dans chaque méthode) devrait fonctionner.Les exemples du complément sont bons à étudier.
Re : Comparaison des méthodesSalut Russ,
Question stupide probablement, mais je la poserai quand même...
J'ai parcouru le didacticiel avec l'exemple que vous donnez dans le document Word ci-joint et cela a parfaitement fonctionné, tout comme dans votre exemple, mais lorsque j'ai essayé avec mes données, je suis devenu totalement confus.
J'aimerais juste faire une analyse de régression Passing-Bablok. J'ai juste besoin d'avoir une équation à ma courbe et un coefficient de corrélation. Mes données ressemblent au tableau ci-dessous.
| spécimen | méthode1 | méthode2 | méthode3 |
| S1 | 0,322613947 | 0,283500366 | 0,394930806 |
| S2 | 1.836453685 | 1.666623257 | 1.081888255 |
| S3 | 3.276624674 | 3.338295056 | 1.384727721 |
| S4 | 4.718858377 | 4.697249324 | 1.58673576 |
| S5 | 0,318644745 | 0.311580094 | 0,272826006 |
| S6 | 1.880639096 | 1.957200801 | 0.929268173 |
| S7 | 3.390383424 | 3.417362369 | 1.28341812 |
| S8 | 4.564628617 | 4.394208312 | 1.527136804 |
| S9 | 0,343720425 | 0.424129692 | 0.912531427 |
| S10 | 2.187688239 | 2.413766417 | 0,20302838 |
| S11 | 3.402107778 | 3.153607989 | 1.277589378 |
| S12 | 5.273795942 | 5.300136478 | 1.838240998 |
| S13 | 0.67104692 | 0.414658177 | 0.432221887 |
| S14 | 2.085992847 | 1.965456038 | 0.940358883 |
| S15 | 3.712645639 | 4.047605658 | 1.189165635 |
| S16 | 4.987225862 | 4.857789074 | 1.424112418 |
| S17 | 0,298670082 | -0,114521527 | 0.449896278 |
| S18 | 1.875760383 | 1.8653793 | 0.918795834 |
| S19 | 3.703566214 | 3.642433157 | 1.112434596 |
Je pensais que j'avais peut-être besoin d'un tableau comme celui ci-dessous et mettre la première colonne comme "identifiant de méthode" et la deuxième colonne dans "X, concentration" ou "Y, réponse" mais alors, que dois-je mettre en X ou Y ?
| | mesure |
| méthode1 | 0,322614 |
| méthode1 | 1.836454 |
| méthode1 | 3.276625 |
| méthode1 | 4.718858 |
| méthode1 | 0,318645 |
| méthode1 | 1.880639 |
| méthode2 | 3.390383 |
| méthode2 | 4.564629 |
| méthode2 | 0,34372 |
| méthode2 | 2.187688 |
| méthode2 | 3.402108 |
| méthode2 | 5.273796 |
Dans le tutoriel de comparaison de composés, je ne comprends pas ce qu'est « l'identifiant de méthode » et ce que je suis censé mettre ici. Je suppose que "X, concentration" correspond aux mesures de la méthode de référence et "Y, réponse" correspond aux mesures de la nouvelle méthode mais je n'en suis même pas sûr. Un moyen d'aider ? Merci beaucoup
--Pierre
Re : Comparaison des méthodesJ'utilise le complément « Comparaison de méthodes » développé par Russ Wolfinger pour comparer différentes méthodes d'analyse des ovaires à l'aide d'ultrasons 2D et 3D. J'ai deux questions:
- La régression de Deming fournit l'intervalle de confiance pour la pente afin d'évaluer le biais proportionnel, mais aucun intervalle de confiance n'est fourni dans le résultat de l'ordonnée à l'origine. Je comprends que nous pouvons évaluer le biais systématique à partir de la différence moyenne fournie sous les graphiques de Bland Altman, mais pour que nos résultats soient complets, il serait également utile d'avoir l'IC pour l'interception de la régression de Deming. Cela peut-il être inclus dans l'entrée et/ou comment me recommandez-vous de vérifier l'intervalle de confiance autour de l'interception ?
- Je ne suis pas sûr de ce que sont les losanges/lignes noirs autour de la périphérie des graphiques de Bland Altman – cela n'est pas clarifié dans la section « Aide » et n'est pas décrit dans la publication originale de Bland Altman. Est-il possible de clarifier ce que représentent ces lignes ?
Merci beaucoup.
Re : Comparaison des méthodes@sstinca Toutes mes excuses pour le très long retard.Lorsque nous sommes passés au nouveau site Web de la communauté JMP, je n'ai jamais été informé de votre message.Merci pour cette belle prise et je viens de télécharger une mise à jour qui inclut les limites de Bland-Altman utilisant l'écart type et un affichage ombré sur le graphique des paires assorties.J'ai également ajouté l'exemple de données sur la pression artérielle systolique tiré de leur article de 1999 et les chiffres concordent.
@dstokar Les limites sont basées sur le code SAS Macro original de Roche à Penzberg, en Allemagne, qui implémente la méthode de Passing et Bablok (1983) et n'utilise pas le bootstrap.Si vous avez de bonnes preuves que le bootstrap fonctionne bien ici, partagez-le, et le code JSL est également ouvert afin que vous puissiez voir exactement ce qui se passe et le modifier comme vous le souhaitez.
@juanpahn Suggérez de travailler sur l'exemple du document d'aide, en vous assurant de tout comprendre, puis de l'essayer sur vos propres données.
Re : Comparaison des méthodesJ'ai essayé de lancer une analyse Bland-Altman mais je ne comprends pas quelle est la comparaison des méthodes. J'essaie de faire du Bland-Altman entre deux méthodes PCR différentes (deux amplicons d'un gène) afin de voir en quoi elles s'écartent l'une de l'autre. Merci!Re : Comparaison des méthodesSalut,
Quelle méthode utilisez-vous pour les intervalles de confiance pour l'interception et la pente de Passing Bablock ? S'il s'agit d'un bootstrap, veuillez préciser de quel type (par exemple, 2,5e et 97e percentiles de la distribution du Y prédit à partir de toutes les estimations bootstrap) ou autre chose.
Merci,
David
Re : Comparaison des méthodesSalut,
merci pour le complément pour la comparaison des méthodes. J'ai une question/remarque concernant le tracé de Bland Altman : pourquoi utilise-t-on l'erreur standard et non l'écart type (SD) pour calculer les limites d'accord à 95 % ? L'utilisation de Std Error est erronée et par conséquent donne de mauvaises limites d'accord.
Littérature sur l'intrigue de Bland Altman et l'utilisation de l'écart type (SD) :
1. Bland JM, Altman DG. Mesure de l’accord dans les études comparatives de méthodes. Méthodes statistiques Med Res 1999;8:135-60
2. Bland JM, Altman DG. Méthodes statistiques pour évaluer l'accord entre deux méthodes de mesure clinique. Int J Infirmières Stud 2010;47:931-6
3.Giavarina D. Comprendre l'analyse de Bland Altman. Biochimie Médicale . 2015;25(2):141-151
