Salut tout le monde,
J'ai été un peu frustré par le fait que JMP ne dispose toujours pas d'une plate-forme de modélisation GAM (même si elle existe dans SAS depuis de nombreuses années), j'ai donc décidé de créer un complément basé sur le package mgcv dans R. Donc, pour exécuter ce complément, vous aurez besoin de R v. 3.3.3 en cours d'exécution sur votre ordinateur. Il crée essentiellement une fenêtre de dialogue JMP avec de nombreuses options disponibles dans le package R et récupère les résultats essentiels de R et ajoute des graphiques et des options. Si vous avez besoin de fonctionnalités supplémentaires, veuillez me le faire savoir. Voici quelques captures d'écran de l'interface et de la fenêtre de résultats.
Cordialement, Yves
Salut Yves !
Merci pour cette réponse si rapide !!
En effet, cela fonctionne avec le script (peut-être que la raison est que je n'avais pas installé R 3.3 auparavant, maintenant je l'ai). Je me demande si vous pouvez me recommander quelque chose pour mes prédicteurs ordinaires qui correspondent bien à un SASH ou à un Poisson gonflé à zéro). J'ai lu que l'utilisation d'une spline pénalisée peut être utilisée en utilisant une quantité spécifique de nœuds (liée au nombre de niveaux ordinaires).
Bonjour Yves Prairie !
Addin vraiment intéressant, je me demande s'il est compatible avec JMP Pro 16.1 ?
Je me donne une erreur lorsque j'ai essayé de l'installer.
Bonjour Ingrid,
Désolé je n'avais pas vu ton message. Si mccv le produit, alors oui, il serait facile de l'ajouter. Je vais me renseigner.
Merci pour votre intérêt Yves
Salut Yves @yvesprairie ,
Merci d'avoir publié ce script, j'exécute mes GAM à travers cela.
Est-il possible d'ajouter au script une méthode de calcul AIC ?
Bien à vous,
Ingrid Rognes
Salut Raewdy,
Voici le script pour cela. Cordialement, Yves
Names Default To Here( 1 );
Clear Globals();
//
// Check host and R connection
//
macsys = Host is( "Mac" );
winsys = Host is( "Windows" );
connected = R Is Connected();
R Term();
If( connected == 0,
If( macsys == 1,
Set Environment Variable( "R_HOME", "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/Current/Resources" )
);
If( winsys == 1,
ppath = Pick Directory( "Locate the directory of your R program version 3.3.3" );
ppath=substr(ppath,2,length(ppath)-1);
part = Parse( Eval Insert( "
Set Environment Variable( \!"R_HOME\!",\!"^ppath^\!" );" ) );
Eval( part );
);
);
R Init();
connected = R Is Connected();
R Term();
If( connected == 0,
ww2 = New Window( "Warning",
Spacer Box(),
Text Box( " CANNOT ESTABLISH CONNECTION WITH R " ),
Spacer Box(),
H Center Box(
Button Box( "OK",
ww2 << close window;
)
)
);
Stop();
);
//
// CHECK R VERSION
//
R Init();
connected = R Is Connected();
If( connected == 1,
Rver = Char( R Get Version() );
If( Rver == "[3 3 3]",
,
ww1 = New Window( "Warning",
<<MODAL> 1, TAV ||= TLV );
If( Nxvar >= 1,
TAV ||= TSV,
Print( "Please select variables" )
);
nm = Loc Nonmissing( TAV );
nnm=n row(nm);
SV=TSV[nm];
LV=TLV[nm];
YV=TYV[nm];
LY = Min( YV ) * .95;
HY = Max( YV ) * 1.05;
if(nnm<NPTERMS>= HR,
HR = Abs( LR ),
LR = -HR
);
R Term();
genfit = rsq || dev || nobs;
pest = J( npterms, 1, . );
pstderr = J( npterms, 1, . );
pt = J( npterms, 1, . );
pprob = J( npterms, 1, . );
For( i = 1, i <= npterms, i++,
pest[i] = ptable[i];
pstderr[i] = ptable[i + 1 * npterms];
pt[i] = ptable[i + 2 * npterms];
pprob[i] = If( ptable[i + 3 * npterms] <= 0.0001,
0.0001,
ptable[i + 3 * npterms]
);
);
sedf = J( nxvar, 1, . );
srdf = J( nxvar, 1, . );
sf = J( nxvar, 1, . );
sprob = J( nxvar, 1, . );
For( i = 1, i <= nxvar, i++,
sedf[i] = stable[i];
srdf[i] = stable[i + nxvar * 1];
sf[i] = stable[i + 2 * nxvar];
sprob[i] = If( stable[i + 3 * nxvar] <= 0.0001,
0.0001,
stable[i + 3 * nxvar]
);
);
New Window( "GAM Model Fit",
Outline Box( Eval Insert( "Family: ^selfam^" ) ),
Outline Box( Eval Insert( "Link function: ^sellnk^" ) ),
Outline Box( "Whole Model",
{"Save predicted", New Column( "Predicted values", values( fitvalues ) ),
"Save residuals", New Column( "Residuals", values( YV - fitvalues ) )},
H List Box(
V List Box(
Outline Box( "Obs vs Pred.",
Graph Box(
X Scale( LYH, HYH ),
Y Scale( LY, HY ),
Yname( "Obs Y" ),
Xname( "Pred Y" ),
Frame Size( 250, 250 ),
Line( {LY, LY}, {HY, HY} ),
Marker( Marker State( 0 ), fitvalues, YV )
)
),
Outline Box( "Residuals vs Pred.",
Graph Box(
Y Scale( LR, HR ),
X Scale( LYH, HYH ),
Yname( "Residuals" ),
Xname( "Pred Y" ),
Frame Size( 250, 120 ),
Line( {LYH, 0}, {HYH, 0} ),
Marker( Marker State( 0 ), fitvalues, Resids )
)
)
),
Outline Box( "Smoother and Linear leverage plots", Picture Box( SmPl ) )
)
),
Outline Box( "Summary of Fit",
Table Box(
String Col Box( , {"adj. R-square", "Deviance", "Number of Obs."} ),
Number Col Box( , genfit )
)
),
Outline Box( "Parametric terms estimates",
Table Box(
String Col Box( "Term", pterms ),
Number Col Box( "Estimate", pest ),
Number Col Box( "Std Error", pstderr ),
Number Col Box( "Prob.", pprob ),
)
),
Outline Box( "Smoothed terms estimates",
Table Box(
String Col Box( "Term", sterms ),
Number Col Box( "Est. df", sedf ),
Number Col Box( "Ref df", srdf ),
Number Col Box( "F", sf ),
Number Col Box( "Prob.", sprob ),
)
)
);
If( cw == 0,
nw << close window
);
)
)
)
)
);</NPTERMS></MODAL>Cher Raewdy,
Malheureusement, cela n'a rien à voir avec le script, c'est une limitation des fonctions d'intégration de JMP R. Seul JMP peut résoudre ce problème. Vraisemblablement, ils le corrigeront dans la prochaine version de JMP... Cela étant dit, vous pouvez avoir plusieurs versions de R sur votre ordinateur, y compris R 3.3.3.
Cordialement, Yves
