Confronto di metodiQuesto componente aggiuntivo ti aiuta a confrontare i metodi di misurazione secondo le linee guida CLSI.Chiama diverse piattaforme JMP dietro le quinte per adattare i dati e creare una varietà di risultati grafici e tabulari.
Il componente aggiuntivo è costituito da quattro routine principali: Accuratezza, Precisione, Linearità e Prestazioni.La tabella dei dati di input per ciascuno di essi deve essere in formato impilato, ovvero con una riga per singola risposta.Una colonna deve identificare le diverse righe di dati corrispondenti ai diversi metodi utilizzati (colonna Method Identifer).Altre colonne di dati richieste dipendono dalla routine utilizzata.
Per installare il componente aggiuntivo, scaricare "Method Comparison.jmpaddin", trascinarlo su una finestra JMP aperta, quindi fare clic su "Installa".
Ad esempio per le analisi, fare clic su Componenti aggiuntivi > Confronto metodi > Guida dopo aver installato il componente aggiuntivo. Il componente aggiuntivo include anche quattro set di dati di esempio: "Confronto composti", "Tasso di flusso espiratorio di picco", "Esempio simulato" e "Pressione sanguigna sistolica".Fare clic su Componenti aggiuntivi > Confronto metodi > Dati di esempio per aprirli.
Di seguito sono riportate alcune schermate di esempio.
Visualizzazione datiAnalisi esplorativa dei datiScienze di vitaIngegneria della qualitàAffidabilitàStatisticheRi: Confronto di metodi@jzawadzka @Querida Ho appena caricato un aggiornamento nel componente aggiuntivo che gestisce meglio i dati mancanti nella routine Passing-Bablok e probabilmente risolverà i problemi menzionati.
@TCGM Non sei ancora sicuro di cosa potrebbe causare questo problema: ci sono messaggi nel registro JMP (premi Ctrl-Maiusc-L per vederlo)?Nella finestra di dialogo Prestazioni iniziale, il valore 1 dovrebbe essere selezionato per impostazione predefinita come Livello positivo nella casella in basso a sinistra: è utile selezionarlo manualmente prima dell'esecuzione?Hai per caso impostazioni per una lingua diversa dall'inglese?
Ri: Confronto di metodiCIAO @russ_wolfinger ,
Prima di tutto, grazie per aver creato questo componente aggiuntivo! L'ho appena scoperto ma posso dire che sarà estremamente utile nel mio lavoro quotidiano.
Ho riscontrato un problema con l'opzione di analisi "Prestazioni". Ho seguito le istruzioni sul documento di esempio, ma non ho ottenuto alcun risultato. Ecco cosa ho inserito:
Ed ecco l'output:
Se effettuo una selezione nell'opzione Adattamenti logistici, viene visualizzato il seguente messaggio di errore:
Potete consigliarmi come affrontare questo problema? Ho provato a riavviare JMP. Ho la versione 16.0.0 di JMP, se è rilevante.
Grazie!
Ri: Confronto di metodiCIAO @Querida C'è una possibilità di instabilità numerica a causa delle grandi dimensioni dei valori.Prova a dividere V1 e V2 per 10000 per vedere se questo aiuta e controlla il registro JMP (Ctrl+Shift+L) per eventuali messaggi.Se non va bene, invia i dati a russ.wolfinger@jmp.com e posso indagare ulteriormente.
Ri: Confronto di metodiCIAO @russ_wolfinger
Utilizzo passing-bablok con il componente aggiuntivo JMP Pro 16. Tuttavia, il programma esegue la regressione solo per metà dei miei dati, ma non per l'altra metà, nonostante non siano comparsi errori. Vedere la pendenza mancante, l'intercetta e i limiti di confidenza di seguito. Esegue correttamente le coppie abbinate/bland-altman per tutti i miei dati. Per verificare se i miei dati erano difettosi per il passaggio di bablok, ho utilizzato il pacchetto MethComp R e ho scoperto che era in grado di eseguire la regressione mentre JMP non era in grado di farlo. Apprezzerei qualsiasi suggerimento per risolvere questo problema in JMP poiché il pacchetto R sembra calcolare gli intervalli di confidenza in modo diverso (l'ho imparato testando i dati che funzionavano in JMP) Grazie!
Ri: Confronto di metodiGrazie mille @russ_wolfinger per avermelo fatto sapere. Infatti sto già utilizzando la versione Early adopter, quindi darò un'occhiata 
Molto meglio
Camilla
Ri: Confronto di metodiCIAO @CamillaLiscio Grazie per la vostra richiesta.Sfortunatamente il test di linearità CUSUM non è disponibile nel componente aggiuntivo, ma è possibile calcolarlo utilizzando JSL dopo aver eseguito Passing-Bablok.Ancora meglio, sono felice di segnalarlo @jianfeng_ding sta lavorando per aggiungere ufficialmente la regressione Passing-Bablok e il test CUSUM a JMP 17.Probabilmente sarà inizialmente disponibile in una delle prossime versioni Early Adopter (7 o 8), che potrete richiedere a jmp.com/earlyadopter
Ri: Confronto di metodiCIAO @russ_wolfinger ,
innanzitutto, grazie per aver messo insieme questo fantastico componente aggiuntivo, lo trovo estremamente utile per un progetto su cui sto lavorando.
Speravo di stuzzicare la tua mente su una questione correlata.
Sulla base delle mie letture/consigli dei clienti/presentazione molto istruttiva di Anja Wörner, Roche Diagnostics GmbH da un recente vertice JMP, questi approcci di regressione comparativa dei metodi si basano, come condizione per l'uso, sul successo del test di linearità mediante Cusum Test. Credo che l'implementazione di JMP CUSUM fosse in effetti parte della presentazione di Anja, ma non mi sembra di essere in grado di recuperare tali informazioni.
Saresti in grado di aiutarmi a guidarmi su come implementarlo in JMP?
Uber grato per il tuo aiuto
Molto meglio
Camilla
Ri: Confronto di metodiGrazie mille @russ_wolfinger , proverò questa soluzione per risolverlo.
Ri: Confronto di metodi@jzawadzka Ci scusiamo per il lungo ritardo.Saresti disposto a inviare la tabella JMP completa a russ.wolfinger@jmp.com ?Posso provare a riprodurre l'errore e implementare una correzione.In base a ciò che hai inviato non sono sicuro di cosa stia succedendo.
@Etienne-88 questo quasi sicuramente ha a che fare con le impostazioni della lingua.Tieni presente che il messaggio di errore sta cercando la colonna "Min" dove sul tuo computer sarebbe in francese.Il componente aggiuntivo è stato sviluppato solo per l'inglese e non ho ancora avuto la possibilità di implementare una correzione indipendente dalla lingua.Un'idea per una correzione è fare riferimento alla colonna tramite numero anziché nome.Nel frattempo, puoi accedere a JSL facendo clic su Visualizza > Componenti aggiuntivi e potresti potenzialmente modificare il codice affinché funzioni.
Ri: Confronto di metodiCIAO, @russ_wolfinger ,
Sembra che io abbia lo stesso problema di ainhoa .
Infatti, quando eseguo il confronto dei metodi e il test di accuratezza con i miei dati, ricevo il seguente messaggio di errore:
Mi potete aiutare?
Grazie
Ri: Confronto di metodiSiamo spiacenti, ecco il formato dei dati:
Ri: Confronto di metodiCIAO, @russ_wolfinger ,
Sto cercando di eseguire il grafico di Bland-Altman e la regressione di Deming.
Ho i dati nel formato come di seguito:
Ricevo un errore:
Potresti per favore aiutarmi con questo problema?
Saluti,
Giovanna
Ri: Confronto di metodiGrazie Helge, sì, il pulsante svolge questo lavoro extra e dovrebbe essere utilizzato al posto del trascinamento della selezione.Russo
Ri: Confronto di metodiCiao a tutti,
Ho trovato un trigger per cui il "Metodo di riferimento" non viene popolato correttamente quando si seleziona Identificatore del metodo:
Se si trascina e rilascia il composto nel campo, il metodo di riferimento non viene popolato, ma se si seleziona Composto e si fa clic sul pulsante Identificatore metodo, il metodo di riferimento viene popolato correttamente.
@ainhoa @Hanz
Distinti saluti,
Helge
Ri: Confronto di metodiMolte grazie @russ_wolfinger . Ti manderò la tabella via e-mail e proverò a fare quello che mi hai proposto.
Ri: Confronto di metodiCiao @ainhoa , Questo probabilmente ha qualcosa a che fare con le impostazioni della lingua spagnola.Saresti in grado di inviare la tabella dei dati JMP in modo da poter effettuare ulteriori accertamenti?Per favore invialo via email a russ.wolfinger@jmp.com .Nel frattempo, se vuoi, controlla anche se puoi eseguire il primo esempio nel documento di aiuto utilizzando i dati di confronto composti forniti.Inoltre, se ti capita di avere accesso a una macchina con impostazioni inglesi, provala lì.Ci scusiamo per il disturbo: lavoreremo per trovare una soluzione per te.
Ri: Confronto di metodiHo una versione di prova di JMP 15 e ho problemi con il test di precisione (ho scaricato i componenti aggiuntivi da questa pagina). Ricevo un avviso JMP quando eseguo il test:
L'avviso dice: La colonna non è stata trovata durante l'accesso o la valutazione di "Colonna".
Potrebbe aiutarmi?
Grazie
Ri: Confronto di metodiCIAO @A_Tomczyk , Saresti disposto a inviarmi la tabella JMP per consentirmi di effettuare ulteriori indagini?Allegalo qui o inviami un'e-mail a russ.wolfinger@jmp.com . Per favore, Rus
Ri: Confronto di metodiCIAO, @russ_wolfinger ,
Sto cercando di eseguire il grafico di Bland-Altman e la regressione di Deming.
Ho i dati nel formato come di seguito:
Ricevo un errore del tipo:
Hai idea di cosa sta succedendo...?
Saluti,
Agnieszka
Ri: Confronto di metodi@vtkm , ci scusiamo per il lungo ritardo nella risposta.Ho appena avuto la possibilità di guardare indietro alla formula di aggiustamento della deviazione standard a cui fai riferimento da Bland e Altman (1986).Quando si passa a misure ripetute, è possibile scegliere la forma assunta della struttura di covarianza tra le osservazioni.Bland e Altman sembrano fare una certa ipotesi in questo senso che implica una forma di eterogeneità tra i due metodi, come evidenziato dal loro uso di s_1 e s_2 (a proposito, non sono riuscito a riprodurre esattamente i valori 21,6 e 28,2 che indicano per s_1 e s_2 nel loro esempio PEFR, i cui dati sono inclusi con questo componente aggiuntivo in Dati di esempio).Anche la loro formula di aggiustamento si applica solo a due misure ripetute e dati perfettamente bilanciati.Un approccio migliore e più generale sarebbe un'analisi di modelli misti che consideri alcune strutture di covarianza ragionevoli e calcoli le deviazioni standard appropriate sulla base di una struttura ben scelta.Fare riferimento a rilasciato di recente SAS per modelli misti di Stroup et al. per teoria e applicazioni complete + JMP Pro dispone di buone funzionalità di modelli misti che potrebbero essere utilizzate qui.Questo componente aggiuntivo analizza direttamente le medie attraverso misure ripetute, il che ritengo sia ancora ragionevole in molti casi e un valore predefinito naturale.
@david_arteta , nessun modo diretto per arrivarci.Una cosa semplice da provare sarebbe creare la propria colonna formula utilizzando l'intercetta Passing-Bablok e le stime della pendenza.Sarebbe più ambizioso analizzare questi valori dalla casella della tabella appropriata utilizzando JSL.Il massimo sarebbe aggiungere il triangolo rosso come indichi.Non ho intenzione di affrontare questo problema a breve, quindi se qualcuno è disposto a provarlo sarei felice di incorporare gli aggiornamenti nel componente aggiuntivo.In alternativa, potrebbe essere un buon momento per votare per l’aggiunta formale di Passing-Bablok alla piattaforma JMP Bivariate.
@Hanz , è necessario trasporre i dati per avere le colonne Donatore, Metodo, Analita1, Analita2, quindi analizzare Analita1 e Analita2 separatamente come variabile Y.
Ri: Confronto di metodiCIAO @russ_wolfinger ,
Grazie per la tua risposta veloce Il riavvio di JMP ha funzionato!
Ora ho notato che il pulsante di azione "Rimuovi" agisce come una sorta di aggiornamento. In altre parole, dopo aver aggiunto l'identificatore del metodo, devo premere "Rimuovi" per aggiornare e popolare la finestra di dialogo nell'angolo in basso a sinistra. Successivamente, posso procedere con l'analisi come descritto nel documento di aiuto.
Per tua informazione, sto eseguendo JMP 12.1.0 (64 bit) su un sistema Windows 10 Enterprise a 64 bit senza impostazioni regionali (che io sappia) e l'inglese come lingua predefinita.
Ora sono passato ai miei dati, ma a quanto pare non ho ancora capito come formattare correttamente la tabella di input dopo aver studiato i dati di esempio. Poiché Pierre in precedenza aveva chiesto a simile domanda, penso che varrebbe la pena riproporla.
Nel mio esperimento, lo sono ripetutamente (donatori diversi) misurando due molecole/analiti con i metodi 1 e 2. Il metodo 1 è il riferimento stabilito e voglio confrontarlo con i risultati del metodo 2. Attualmente, il mio tavolo è formattato come questo:
Col1: Donatore
Col2: Analita
Col3: metodo dei risultati1
Col4: metodo dei risultati2
Esempio:
| Donatore | Analita | Metodo1 | Metodo2 |
| 1 | 1 | 142 | 143 |
| 2 | 1 | 143 | 141 |
| 3 | 1 | 142 | 142 |
| .... n = 40 | 1 | 118 | 120 |
| 1 | 2 | 3.04 | 3.05 |
| 2 | 2 | 4.49 | 4.39 |
| ... n = 40 | 2 | 6.05 | 5.8 |
Ora vorrei confrontare il metodo 1 e il metodo 2 per ciascun analita e ottenere una regressione separata e un grafico di Bland-Altman per ciascun analita.
Hai qualche suggerimento su come formattare correttamente la tabella?
Ri: Confronto di metodiCiao Russ!
Sto utilizzando il componente aggiuntivo Method Comparison per adattare una regressione Passing-Bablok. Il componente aggiuntivo funziona alla grande perché aggiunge anche gli elementi della configurazione per le stime di regressione richieste da molti organismi di regolamentazione. Calcola inoltre un ulteriore adattamento ortogonale per il confronto.
Ora sto cercando di calcolare il valore previsto in un dato punto X, con intervalli di confidenza utilizzando l'adattamento PB. C'è un modo per fare questo? perché l'adattamento PB non ha un triangolo rosso con opzioni.
Grazie!
Dave
Ri: Confronto di metodiCIAO @Hanz , Nella finestra di dialogo, la casella in basso a sinistra sotto "Metodo di riferimento" dovrebbe essere popolata con valori, quindi sembra che qualcosa sia andato storto fin dall'inizio. Da una sessione JMP appena avviata, riaprire i dati di confronto composti, quindi fare clic su Componenti aggiuntivi > Confronto metodi > Precisione.Selezionare Composto e fare clic su "Identificatore del metodo". La casella in basso a sinistra dovrebbe essere popolata con i valori "079", "080", "081", ... Controlla il tuo registro JMP (Ctrl-Shift-L) e invia eventuali messaggi.(Dal messaggio di errore che ricevi attualmente dopo essere andato oltre, opValList[1] dovrebbe restituire "079" e trovare quella colonna nella tabella Medie.) Quale versione di JMP stai utilizzando? Stai utilizzando impostazioni regionali o preferenze linguistiche?Quale versione di Windows?
Ri: Confronto di metodiCIAO @russ_wolfinger ,
Recentemente ho scaricato il componente aggiuntivo del metodo comaprison, ma sfortunatamente non riesco a farlo funzionare. Ho installato il componente aggiuntivo e ho seguito il primo esempio utilizzando la tabella dati fornita. Dopo aver premuto OK, ricevo il seguente messaggio di errore:
impossibile trovare la colonna nell'accesso o nella valutazione di 'Column' , Column/*###*/(splitTbl, Eval( opValList[1] ))
Qualsiasi aiuto sarebbe molto apprezzato.
Grazie,
Hans
Ri: Confronto di metodiRusso,
Osservando alcuni dati e confrontandoli con i calcoli manuali eseguiti in Excel e Matlab sembra che JMP calcoli il LOA come deviazione std delle differenze * 1,96.Tuttavia, il documento Bland-Atlman del 1986 richiede l'utilizzo di una deviazione standard corretta quando vengono utilizzate misure ripetute, ovvero sc = [S D^ 2 + 0,25 ( s1)^ 2 + 0,25 ( S 2)^2]^5
Esiste un modo per eseguire il componente aggiuntivo di precisione che consenta misure ripetute?
Ri: Confronto di metodi@Heidi_V , cavolo, scusate il lungo ritardo!È presente una richiesta al reparto di ricerca e sviluppo di ottenere l'intervallo di confidenza sull'intercetta stampata nella piattaforma di regressione ortogonale di JMP.Grazie per la richiesta e sentitevi liberi di continuare a infastidirci al riguardo, o se vi sentite coraggiosi non penso che i calcoli siano poi così pessimi dato ciò che il componente aggiuntivo già produce.Per i diamanti nella piattaforma Matched Pairs, vedere pagina 248 di https://www.jmp.com/support/downloads/pdf/jmp9/basic_analysis_and_graphing.pdf
@pierre, sei sulla strada giusta con l'impilamento dei tuoi dati.La prima nuova colonna è l'identificatore del metodo e la seconda è Y.Avrai bisogno di aggiungere una colonna X in qualche modo; idealmente dall'esperimento stesso o se semplicemente non ce l'hai, penso che usare numeri interi sequenziali (ricominciare da capo all'interno di ciascun metodo) dovrebbe funzionare.Gli esempi del componente aggiuntivo sono utili da studiare.
Ri: Confronto di metodiCiao Russ,
Probabilmente è una domanda stupida, ma la farò comunque...
Ho seguito il tutorial con l'esempio che fornisci nel documento Word allegato e ha funzionato perfettamente, proprio come nel tuo esempio, ma poi quando ho provato con i miei dati, sono rimasto completamente confuso.
Vorrei solo fare un'analisi di regressione Passing-Bablok. Ho solo bisogno di avere un'equazione per la mia curva e un coefficiente di correlazione. I miei dati sono come la tabella seguente.
| campione | metodo1 | metodo2 | metodo3 |
| S1 | 0,322613947 | 0,283500366 | 0.394930806 |
| S2 | 1.836453685 | 1.666623257 | 1.081888255 |
| S3 | 3.276624674 | 3.338295056 | 1.384727721 |
| S4 | 4.718858377 | 4.697249324 | 1.58673576 |
| S5 | 0,318644745 | 0,311580094 | 0,272826006 |
| S6 | 1.880639096 | 1.957200801 | 0.929268173 |
| S7 | 3.390383424 | 3.417362369 | 1.28341812 |
| S8 | 4.564628617 | 4.394208312 | 1.527136804 |
| S9 | 0,343720425 | 0,424129692 | 0,912531427 |
| S10 | 2.187688239 | 2.413766417 | 0.20302838 |
| S11 | 3.402107778 | 3.153607989 | 1.277589378 |
| S12 | 5.273795942 | 5.300136478 | 1.838240998 |
| S13 | 0,67104692 | 0,414658177 | 0,432221887 |
| S14 | 2.085992847 | 1.965456038 | 0.940358883 |
| S15 | 3.712645639 | 4.047605658 | 1.189165635 |
| S16 | 4.987225862 | 4.857789074 | 1.424112418 |
| S17 | 0,298670082 | -0,114521527 | 0.449896278 |
| S18 | 1.875760383 | 1.8653793 | 0.918795834 |
| S19 | 3.703566214 | 3.642433157 | 1.112434596 |
Ho pensato che forse avevo bisogno di una tabella come quella qui sotto e mettere la prima colonna come "identificatore del metodo" e la seconda colonna in "X, concentrazione" o "Y, risposta" ma poi, cosa metto in X o Y?
| | misurare |
| metodo1 | 0,322614 |
| metodo1 | 1.836454 |
| metodo1 | 3.276625 |
| metodo1 | 4.718858 |
| metodo1 | 0,318645 |
| metodo1 | 1.880639 |
| metodo2 | 3.390383 |
| metodo2 | 4.564629 |
| metodo2 | 0,34372 |
| metodo2 | 2.187688 |
| metodo2 | 3.402108 |
| metodo2 | 5.273796 |
Nel tutorial sul confronto composto, non capisco cosa sia "identificatore del metodo" e cosa dovrei inserire qui. Immagino che "X, concentrazione" corrisponda alle misure del metodo di riferimento e "Y, risposta" corrisponda alle misure del nuovo metodo, ma non ne sono nemmeno sicuro. Qualche modo per aiutare? Molte grazie
--Pierre
Ri: Confronto di metodiSto utilizzando il componente aggiuntivo "Confronto metodi" sviluppato da Russ Wolfinger per confrontare diversi metodi per analizzare le ovaie utilizzando gli ultrasuoni 2D e 3D. Ho due domande:
- La regressione di Deming fornisce l'intervallo di confidenza per la pendenza per valutare la distorsione proporzionale, ma non viene fornito un intervallo di confidenza nell'output dell'intercetta. Capisco che possiamo valutare la distorsione sistematica dall'output della differenza media fornita sotto i grafici di Bland Altman, ma per completezza nei nostri risultati, sarebbe utile avere anche l'IC per l'intercetta della regressione di Deming. È possibile includerlo nell'input e/o come mi consigliate di accertare l'intervallo di confidenza attorno all'intercetta?
- Non sono sicuro di cosa siano i rombi neri/linee attorno alla periferia dei grafici di Bland Altman: non è chiarito nella sezione "Aiuto" e non è descritto dalla pubblicazione originale di Bland Altman. È possibile chiarire cosa rappresentano queste linee?
Grazie molto.
Ri: Confronto di metodi@sstinca Ci scusiamo per il ritardo molto lungo.Quando siamo passati al nuovo sito Web della community JMP, per qualche motivo non ho mai ricevuto la notifica del tuo messaggio.Grazie per l'ottima cattura, ho appena caricato un aggiornamento che include i limiti di Bland-Altman utilizzando la deviazione standard e una visualizzazione ombreggiata sul grafico delle coppie abbinate.Aggiunto anche l'esempio dei dati sulla pressione sanguigna sistolica dal loro articolo del 1999 e i numeri concordano.
@dstokar I limiti si basano sul codice SAS Macro originale di Roche a Penzberg, Germania, che implementa il metodo di Passing e Bablok (1983) e non utilizza il bootstrap.Se hai buone prove che il bootstrap funziona bene qui, condividilo e anche il codice JSL è aperto in modo da poter vedere esattamente cosa sta succedendo e modificarlo come desiderato.
@juanpahn Suggerisci di lavorare sull'esempio nel documento di aiuto, assicurandoti di comprendere tutto, quindi provalo sui tuoi dati.
Ri: Confronto di metodiHo provato a avviare un'analisi Bland-Altman ma non capisco quale sia il confronto dei metodi. Sto cercando di eseguire Bland-Altman tra due diversi metodi PCR (due ampliconi di un gene) per vedere come si discostano l'uno dall'altro. Grazie!Ri: Confronto di metodiCIAO,
Quale metodo stai utilizzando per gli intervalli di confidenza per l'intercetta e la pendenza del passaggio di Bablock? Se si tratta di bootstrap, specificare il tipo (ad esempio, 2,5 e 97 percentile della distribuzione dell'Y previsto da tutte le stime bootstrap) o qualcos'altro.
Grazie,
Davide
Ri: Confronto di metodiCIAO,
grazie per il componente aggiuntivo per il confronto dei metodi. Ho una domanda/osservazione riguardante il grafico Bland Altman: perché si utilizza l'errore Std e non la deviazione Std (SD) per calcolare i limiti di concordanza del 95%? L'uso di Std Error è sbagliato e di conseguenza sta dando limiti di accordo errati.
Letteratura sul grafico di Bland Altman e sull'uso della deviazione Std (SD):
1. Bland JM, Altman DG. Misurazione dell'accordo negli studi di confronto dei metodi. Metodi Stat Med Res 1999;8:135-60
2. Bland JM, Altman DG. Metodi statistici per valutare l'accordo tra due metodi di misurazione clinica. Int J Nurs Stud 2010;47:931-6
3.Giavarina D. Comprendere l'analisi di Bland Altman. Biochimica Medica . 2015;25(2):141-151
