Comparación de métodosEste complemento le ayuda a comparar métodos de medición según las directrices CLSI.Llama a varias plataformas JMP entre bastidores para ajustar los datos y crear una variedad de resultados gráficos y tabulares.
El complemento consta de cuatro rutinas principales: exactitud, precisión, linealidad y rendimiento.La tabla de datos de entrada a cada uno de ellos debe estar en formato apilado, es decir, con una fila por respuesta individual.Una columna debe identificar las diferentes filas de datos correspondientes a los diferentes métodos utilizados (la columna Identificador del método).Otras columnas de datos requeridas dependen de la rutina que utilice.
Para instalar el complemento, descargue "Method Comparison.jmpaddin", arrástrelo a una ventana JMP abierta y luego haga clic en "Instalar".
Por ejemplo, análisis, haga clic en Complementos > Comparación de métodos > Ayuda después de instalar el complemento. El complemento también incluye cuatro conjuntos de datos de ejemplo: "Comparación de compuestos", "Flujo espiratorio máximo", "Ejemplo simulado" y "Presión arterial sistólica".Haga clic en Complementos > Comparación de métodos > Datos de ejemplo para abrirlos.
A continuación se muestran algunos ejemplos de capturas de pantalla.
Visualización de datosAnálisis exploratorio de datosCiencias de la vidaIngeniería de calidadFiabilidadEstadísticasRe: Comparación de métodos@jzawadzka @Querida Acabo de cargar una actualización del complemento que maneja mejor los datos faltantes en la rutina Passing-Bablok y probablemente solucionará los problemas que mencionas.
@TCGM Aún no estoy seguro de qué podría estar causando esto: ¿hay algún mensaje en el registro de JMP (presione Ctrl-Shift-L para verlo)?En el cuadro de diálogo inicial de Rendimiento, el valor 1 debe seleccionarse de forma predeterminada como Nivel Positivo en el cuadro inferior izquierdo. ¿Ayuda si lo selecciona manualmente antes de ejecutar?¿Tiene por casualidad alguna configuración de idioma distinto del inglés?
Re: Comparación de métodosHola @russ_wolfinger ,
En primer lugar, ¡gracias por crear este complemento! Lo acabo de descubrir pero puedo decir que será de gran utilidad en mi trabajo diario.
Encontré un problema con la opción de análisis "Rendimiento". Seguí las instrucciones del documento de ejemplo, pero no obtuve ningún resultado. Esto es lo que introduzco:
Y aquí está el resultado:
Si hago alguna selección en la opción Ajustes logísticos, aparece el siguiente mensaje de error:
¿Puede aconsejarnos cómo abordar esto? Intenté reiniciar JMP. Tengo JMP versión 16.0.0, si eso es relevante.
¡Gracias!
Re: Comparación de métodosHola @Querida Aquí existe la posibilidad de inestabilidad numérica debido al gran tamaño de los valores.Intente dividir V1 y V2 entre 10000 para ver si eso ayuda y verifique el registro JMP (Ctrl+Shift+L) para ver si hay mensajes.Si no funciona, por favor envíe los datos a russ.wolfinger@jmp.com y puedo investigar más.
Re: Comparación de métodosHola @russ_wolfinger
He estado usando pass-bablok con el complemento JMP Pro 16. Sin embargo, el programa sólo realiza la regresión para la mitad de mis datos, pero no para la otra mitad a pesar de que no aparecen errores. Consulte los límites de confianza, de intersección y de pendiente faltantes a continuación. Realiza la multa de pares coincidentes/bland-altman para todos mis datos. Para comprobar si mis datos tenían la culpa de pasar-bablok, utilicé el paquete MethComp R y descubrí que podía realizar la regresión mientras que JMP no podía hacerlo. Agradecería cualquier sugerencia para resolver este problema en JMP ya que el paquete R parece calcular los intervalos de confianza de manera diferente (lo aprendí probando los datos que sí funcionaron en JMP). ¡Gracias!
Re: Comparación de métodosMuchas gracias @russ_wolfinger por dejarme saber. De hecho, ya estoy usando la versión Early Adopter, así que le echaré un vistazo 
El mejor
camilla
Re: Comparación de métodosHola @CamillaLiscio Gracias por tu consulta.Desafortunadamente, la prueba de linealidad CUSUM no está disponible en el complemento, pero es posible calcularla usando JSL después de ejecutar Passing-Bablok.Aún mejor, me complace informar que @jianfeng_ding está trabajando para agregar oficialmente la regresión Passing-Bablok y la prueba CUSUM a JMP 17.Es probable que primero esté disponible en una de las próximas versiones de Early Adopter (7 u 8), que puede solicitar en jmp.com/earlyadopter
Re: Comparación de métodosHola @russ_wolfinger ,
En primer lugar, gracias por crear este fantástico complemento. Lo encuentro extremadamente útil para un proyecto en el que estoy trabajando.
Esperaba analizar tu cerebro sobre un asunto relacionado.
Basado en mis lecturas/consejos de clientes/presentación muy informativa de Anja Wörner, Roche Diagnostics GmbH, de una reciente Cumbre JMP, estos enfoques de regresión de comparación de métodos se basan, como condición para su uso, en una prueba de linealidad exitosa mediante la prueba Cusum. Creo que la implementación del JMP CUSUM fue, de hecho, parte de la presentación de Anja, pero parece que no puedo recuperar esa información.
¿Podría ayudarme a guiarme sobre cómo implementar esto en JMP?
uber agradecido por tu ayuda
El mejor
camilla
Re: Comparación de métodosMuchas gracias @russ_wolfinger , Probaré esta solución para solucionarlo.
Re: Comparación de métodos@jzawadzka Disculpas por el largo retraso.¿Estaría dispuesto a enviar la tabla JMP completa a russ.wolfinger@jmp.com ?Puedo intentar reproducir el error e implementar una solución.Según lo que enviaste, no estoy seguro de lo que está pasando.
@Etienne-88 Es casi seguro que esto tenga que ver con la configuración del idioma.Tenga en cuenta que el mensaje de error busca la columna "Min", donde en su máquina estaría en francés.El complemento solo se desarrolló para inglés y aún no he tenido la oportunidad de implementar una solución que sea independiente del idioma.Una idea para solucionarlo es hacer referencia a la columna por número en lugar de por nombre.Mientras tanto, tiene acceso al JSL haciendo clic en Ver > Complementos y podría modificar el código para que funcione.
Re: Comparación de métodosHola, @russ_wolfinger ,
Parece que tengo el mismo problema que ainhoa .
De hecho, cuando realizo una comparación de métodos y una prueba de precisión con mis datos, aparece el siguiente mensaje de error:
¿Me puedes ayudar?
Gracias
Re: Comparación de métodosLo sentimos, aquí está el formato de datos:
Re: Comparación de métodosHola, @russ_wolfinger ,
Estoy intentando realizar el diagrama de Bland-Altman y la regresión de Deming.
Tengo datos en formato como el siguiente:
Recibo un error:
¿Podrías ayudarme con este problema?
Saludos,
juana
Re: Comparación de métodosGracias Helge, sí, el botón hace este trabajo adicional y debe usarse en lugar de arrastrar y soltar.ruso
Re: Comparación de métodosHola a todos,
He encontrado el desencadenante de por qué el "Método de referencia" no se completa correctamente al seleccionar el Identificador de método:
Si arrastra y suelta Compuesto en el campo, el método de Referencia no se completa, pero si selecciona Compuesto y hace clic en el botón Identificador de método, el método de Referencia se completa correctamente.
@ainhoa @Hanz
Atentamente,
helge
Re: Comparación de métodosMuchas gracias @russ_wolfinger . Te enviaré la tabla por email e intentaré hacer lo que me has propuesto.
Re: Comparación de métodosHola @ainhoa , Esto probablemente tenga algo que ver con la configuración del idioma español.¿Podría enviar su tabla de datos JMP para que podamos investigar más a fondo?Por favor envíelo por correo electrónico a russ.wolfinger@jmp.com .Mientras tanto, compruebe también si puede ejecutar el primer ejemplo del documento de ayuda utilizando los datos de comparación de compuestos proporcionados.Además, si tiene acceso a una máquina con configuración en inglés, inténtelo allí.Perdón por la molestia, trabajaremos para encontrar una solución para usted.
Re: Comparación de métodosTengo una versión de prueba de JMP 15 y tengo problemas con la prueba de precisión (descargué los complementos de esta página). Tengo una alerta JMP cuando ejecuto la prueba:
La alerta dice: No se ha encontrado la columna al acceder o evaluar “Columna”.
¿Podría ayudarme?
Gracias
Re: Comparación de métodosHola @A_Tomczyk ¿Estaría dispuesto a enviarme la tabla JMP y puedo investigar más a fondo?Por favor adjúntelo aquí o envíeme un correo electrónico a russ.wolfinger@jmp.com . Amablemente, Russ
Re: Comparación de métodosHola, @russ_wolfinger ,
Estoy intentando realizar el diagrama de Bland-Altman y la regresión de Deming.
Tengo datos en formato como el siguiente:
Recibo un error como:
¿Alguna idea de lo que está pasando...?
Saludos,
Agnieszka
Re: Comparación de métodos@vtkm , disculpas por el largo retraso en responder.Acabo de tener la oportunidad de revisar la fórmula de ajuste de la desviación estándar a la que hace referencia en Bland y Altman (1986).Al pasar a medidas repetidas, existen opciones con respecto a la forma asumida de estructura de covarianza entre las observaciones.Bland y Altman parecen hacer una cierta suposición en este sentido que implica una forma de heterogeneidad entre los dos métodos, como lo demuestra su uso de s_1 y s_2 (por cierto, no pude reproducir exactamente los valores de 21,6 y 28,2 que indican para s_1 y s_2 en su ejemplo PEFR, cuyos datos se incluyen con este complemento en Datos de ejemplo).Además, su fórmula de ajuste sólo se aplica a dos medidas repetidas y datos perfectamente equilibrados.Un enfoque mejor y más general sería un análisis de modelo mixto que considere algunas estructuras de covarianza razonables y calcule las desviaciones estándar apropiadas basándose en una bien elegida.Consulte los publicados recientemente SAS para modelos mixtos por Stroup et al. para teoría y aplicaciones completas + JMP Pro tiene buenas capacidades de modelo mixto que podrían utilizarse aquí.Este complemento analiza directamente los medios a través de medidas repetidas, lo que creo que sigue siendo razonable en muchos casos y un valor predeterminado natural.
@david_arteta , no hay forma directa de llegar a ellos.Una cosa fácil de probar sería crear su propia columna de fórmula utilizando las estimaciones de pendiente e intercepción de Passing-Bablok.Más ambicioso sería analizar estos valores del cuadro de tabla correspondiente utilizando JSL.Lo último sería agregar el triángulo rojo como indicas.No planeo abordar esto en el corto plazo, por lo que si alguien está dispuesto a intentarlo, estaré encantado de incorporar actualizaciones al complemento.Alternativamente, puede ser un buen momento para votar por la incorporación formal de Passing-Bablok a la plataforma JMP Bivariate.
@Hanz , debe transponer sus datos para que tengan las columnas Donante, Método, Analito1, Analito2, luego analizar Analito1 y Analito2 por separado como la variable Y.
Re: Comparación de métodosHola @russ_wolfinger ,
Gracias por su rápida respuesta. ¡El relanzamiento de JMP funcionó!
Ahora noté que el botón Acción "Eliminar" actúa como una especie de actualización. En otras palabras, después de agregar el identificador del método, tengo que presionar "Eliminar" para actualizar y completar el cuadro de diálogo en la esquina inferior izquierda. Luego puedo continuar con el análisis como se describe en el documento de ayuda.
Para su información, estoy ejecutando JMP 12.1.0 (64 bits) en un sistema Windows 10 Enterprise de 64 bits sin configuración regional (que yo sepa) y el inglés como idioma predeterminado.
Ahora, pasé a mis propios datos, pero aparentemente todavía no entiendo cómo formatear correctamente la tabla de entrada después de estudiar los datos de ejemplo. Dado que Pierre preguntó anteriormente a similar pregunta, creo que valdría la pena volver a plantearla.
En mi experimento, soy repetidamente (donantes diferentes) midiendo dos moléculas/analitos con los métodos 1 y 2. El método 1 es la referencia establecida y quiero compararlo con los resultados del método 2. Actualmente mi mesa es formateado como esto:
Col1: Donante
Col2: Analito
Col3: método de resultados1
Col4: método de resultados2
Ejemplo:
| Donante | analito | Método 1 | Método 2 |
| 1 | 1 | 142 | 143 |
| 2 | 1 | 143 | 141 |
| 3 | 1 | 142 | 142 |
| .... n = 40 | 1 | 118 | 120 |
| 1 | 2 | 3.04 | 3.05 |
| 2 | 2 | 4.49 | 4.39 |
| ... norte = 40 | 2 | 6.05 | 5.8 |
Ahora me gustaría comparar el método 1 y el método 2 para cada analito y obtener una regresión separada y un gráfico de Bland-Altman para cada analito.
¿Tiene alguna sugerencia sobre cómo formatear la tabla correctamente?
Re: Comparación de métodosHola Russ!
Estoy usando el complemento de comparación de métodos para ajustar una regresión de Passing-Bablok. El complemento funciona muy bien porque también agrega CI para las estimaciones de regresión que solicitan muchos organismos reguladores. También calcula un ajuste ortogonal adicional para comparar.
Ahora estoy intentando calcular el valor previsto en un punto X determinado, con intervalos de confianza utilizando el ajuste PB. ¿Hay alguna forma de hacer esto? porque el ajuste PB no tiene un triángulo rojo con opciones.
¡Gracias!
dave
Re: Comparación de métodosHola @Hanz , En el cuadro de diálogo, el cuadro inferior izquierdo debajo de "Método de referencia" debe estar lleno de valores, por lo que parece que algo salió mal desde el principio. Desde una sesión JMP recién iniciada, vuelva a abrir los datos de Comparación de compuestos y luego haga clic en Complementos > Comparación de métodos > Precisión.Seleccione Compuesto y haga clic en "Identificador de método". El cuadro inferior izquierdo debe completarse con los valores "079", "080", "081", ... Verifique su registro JMP (Ctrl-Shift-L) y envíe cualquier mensaje.(Según el mensaje de error que recibe actualmente después de continuar, opValList[1] debería evaluarse como "079" y encontrar esa columna en la tabla Media). ¿Qué versión de JMP está ejecutando? ¿Estás utilizando alguna configuración regional o preferencia de idioma?¿Qué versión de Windows?
Re: Comparación de métodosHola @russ_wolfinger ,
Recientemente descargué el complemento de comparación de métodos, pero desafortunadamente no puedo hacerlo funcionar. Instalé el complemento y seguí el primer ejemplo usando la tabla de datos proporcionada. Después de presionar Aceptar, aparece el siguiente mensaje de error:
No se pudo encontrar la columna en el acceso o evaluación de 'Columna', Columna/*###*/(splitTbl, Eval( opValList[1]))
Cualquier ayuda sería muy apreciada.
Gracias,
Hans
Re: Comparación de métodosruso,
Al observar algunos datos y compararlos con los cálculos manuales realizados en Excel y Matlab, parece que JMP calcula la LOA como la desviación estándar de las diferencias * 1,96.Sin embargo, el artículo de Bland-Atlman de 1986 exige el uso de una desviación estándar corregida cuando se utilizan medidas repetidas, es decir, pb = [S D^ 2 + .25 ( s1)^ 2 + .25 ( s 2)^2]^5
¿Existe alguna forma de ejecutar el complemento de precisión que permita medidas repetidas?
Re: Comparación de métodos@Heidi_V ¡Ay, perdón por el largo retraso!Hay una solicitud de I+D para obtener ese intervalo de confianza en la intersección impresa en la plataforma de regresión ortogonal de JMP.Gracias por la solicitud y siéntete libre de seguir molestándonos al respecto, o si te sientes audaz, no creo que los cálculos sean tan malos dado lo que el complemento ya produce.Para los diamantes en la plataforma Matched Pairs, consulte la página 248 de https://www.jmp.com/support/downloads/pdf/jmp9/basic_analysis_and_graphing.pdf
@pierre, estás en el camino correcto al apilar tus datos.Su primera columna nueva es el identificador del método y la segunda es Y.Necesitará agregar una columna X de alguna manera; Idealmente desde el experimento en sí o si simplemente no lo tienes, creo que usar números enteros secuenciales (comenzar de nuevo dentro de cada método) debería funcionar.Es bueno estudiar los ejemplos del complemento.
Re: Comparación de métodosHola Russ,
Pregunta estúpida probablemente, pero aún así la haré...
Revisé el tutorial con el ejemplo que das en el documento de Word adjunto y funcionó perfectamente como en tu ejemplo, pero luego, cuando probé con mis datos, me confundí por completo.
Sólo me gustaría que me hicieran un análisis de regresión de Passing-Bablok. Sólo necesito tener una ecuación para mi curva y un coeficiente de correlación. Mis datos son como la tabla a continuación.
| muestra | Método 1 | método2 | método3 |
| T1 | 0.322613947 | 0.283500366 | 0.394930806 |
| T2 | 1.836453685 | 1.666623257 | 1.081888255 |
| T3 | 3.276624674 | 3.338295056 | 1.384727721 |
| T4 | 4.718858377 | 4.697249324 | 1.58673576 |
| T5 | 0.318644745 | 0.311580094 | 0.272826006 |
| T6 | 1.880639096 | 1.957200801 | 0.929268173 |
| T7 | 3.390383424 | 3.417362369 | 1.28341812 |
| T8 | 4.564628617 | 4.394208312 | 1.527136804 |
| T9 | 0.343720425 | 0.424129692 | 0.912531427 |
| T10 | 2.187688239 | 2.413766417 | 0.20302838 |
| T11 | 3.402107778 | 3.153607989 | 1.277589378 |
| T12 | 5.273795942 | 5.300136478 | 1.838240998 |
| T13 | 0.67104692 | 0.414658177 | 0.432221887 |
| T14 | 2.085992847 | 1.965456038 | 0.940358883 |
| T15 | 3.712645639 | 4.047605658 | 1.189165635 |
| T16 | 4.987225862 | 4.857789074 | 1.424112418 |
| T17 | 0.298670082 | -0.114521527 | 0.449896278 |
| T18 | 1.875760383 | 1.8653793 | 0.918795834 |
| T19 | 3.703566214 | 3.642433157 | 1.112434596 |
Pensé que tal vez necesitaba una tabla como la de abajo y poner la primera columna como "identificador de método" y la segunda columna en "X, concentración" o "Y, respuesta" pero entonces, ¿qué pongo en X o Y?
| | medida |
| Método 1 | 0.322614 |
| Método 1 | 1.836454 |
| Método 1 | 3.276625 |
| Método 1 | 4.718858 |
| Método 1 | 0.318645 |
| Método 1 | 1.880639 |
| método2 | 3.390383 |
| método2 | 4.564629 |
| método2 | 0,34372 |
| método2 | 2.187688 |
| método2 | 3.402108 |
| método2 | 5.273796 |
En el tutorial de comparación compuesta, no entiendo qué es "identificador de método" y qué se supone que debo poner aquí. Supongo que "X, concentración" corresponde a las medidas del método de referencia y "Y, respuesta" corresponde a las medidas del nuevo método, pero ni siquiera estoy seguro de eso. ¿Alguna forma de ayudar? Muchas gracias
--Pierre
Re: Comparación de métodosEstoy utilizando el complemento 'Comparación de métodos' desarrollado por Russ Wolfinger para comparar diferentes métodos para analizar los ovarios mediante ecografías 2D y 3D. Tengo dos preguntas:
- La regresión de Deming proporciona el intervalo de confianza de la pendiente para evaluar el sesgo proporcional, pero no se proporciona un intervalo de confianza en el resultado de la intersección. Entiendo que podemos evaluar el sesgo sistemático a partir del resultado de la diferencia de medias proporcionado debajo de los gráficos de Bland Altman, pero para que nuestros resultados sean completos, sería útil tener también el IC para la intersección de la regresión de Deming. ¿Se puede incluir esto en la entrada y/o cómo recomienda que determine el intervalo de confianza alrededor de la intersección?
- No estoy seguro de qué son los diamantes negros o las líneas alrededor de la periferia de los gráficos de Bland Altman; no se aclaran en la sección 'Ayuda' ni se describen en la publicación original de Bland Altman. ¿Es posible aclarar qué representan estas líneas?
Muchas gracias.
Re: Comparación de métodos@sstinca Disculpas por el largo retraso.Cuando cambiamos al nuevo sitio web de la Comunidad JMP, de alguna manera nunca recibí una notificación de su mensaje.Gracias por la excelente captura y acabo de cargar una actualización que incluye los límites de Bland-Altman usando la desviación estándar y una visualización sombreada en el gráfico de pares coincidentes.También se agregó el ejemplo de datos de presión arterial sistólica de su artículo de 1999 y los números concuerdan.
@dstokar Los límites se basan en el código Macro SAS original de Roche en Penzberg, Alemania, que implementa el método de Passing y Bablok (1983) y no utiliza el bootstrap.Si tiene buena evidencia de que el arranque funciona bien aquí, compártalo y también el código JSL está abierto para que pueda ver exactamente lo que está sucediendo y modificarlo como desee.
@juanpahn Sugiera trabajar con el ejemplo del documento de ayuda, asegurándose de comprender todo y luego pruébelo con sus propios datos.
Re: Comparación de métodosHe estado intentando realizar un análisis de Bland-Altman pero no entiendo cuál es la comparación de métodos. Estoy intentando hacer Bland-Altman entre dos métodos de PCR diferentes (dos amplicones de un gen) para ver en qué se desvían entre sí. ¡Gracias!Re: Comparación de métodosHola,
¿Qué método está utilizando para los intervalos de confianza para la intersección y la pendiente de Passing Bablock? Si es bootstrap, especifique de qué tipo (por ejemplo, percentiles 2,5 y 97 de la distribución de la Y predicha de todas las estimaciones bootstrap) o algo más.
Gracias,
David
Re: Comparación de métodosHola,
Gracias por el complemento para comparar métodos. Tengo una pregunta/comentario sobre el gráfico de Bland Altman: ¿por qué se utiliza el error estándar y no la desviación estándar (SD) para calcular los límites de concordancia del 95 %? El uso de Std Error es incorrecto y como consecuencia está dando límites de acuerdo equivocados.
Literatura sobre el diagrama de Bland Altman y el uso de la desviación estándar (SD):
1. Bland JM, Altman DG. La medición de acuerdo en los estudios de comparación de métodos. Métodos estadísticos Med Res 1999;8:135-60
2. Bland JM, Altman DG. Métodos estadísticos para evaluar la concordancia entre dos métodos de medición clínica. Int J Enfermera Stud 2010;47:931-6
3.Giavarina D. Comprensión del análisis de Bland Altman. Bioquímica Médica . 2015;25(2):141-151
