Complément d'analyses de cartes de liaisons croisées pour JMP® Genomics- Le complément Outcross Linkage Map Analyses propose trois processus pour effectuer des analyses de liaison sur une famille de frères et sœurs issus d’un croisement de deux parents non consanguins. Les processus sont le groupe de liaison et la recombinaison, l'ordre des cartes de liaison et l'ensemble de données de probabilité de génotype QTL, et tous s'exécutent sur une interface de JMP, SAS et R. Ce complément utilise le package R OneMap (Margarido et al. 2007, Hereditas 144 : 78-79).
- Ce complément a été conçu pour fonctionner avec R version 3.6.3 ou 4.0.0 et OneMap version 2.1.3. Les autres versions de R et OneMap peuvent ne pas fonctionner correctement.Les mises à jour du package OneMap (à partir de la version 2.1.3) ont des effets sur certaines fonctions R (noms de fonctions et certaines routines internes) et provoqueront des erreurs dans le complément Outcross de JMP Genomics avant la version 10.0. Les correctifs nécessaires dans JMP Genomics ont déjà été apportés pour rendre le complément Outcross compatible avec les versions OneMap 2.1.3 (la dernière version OneMap disponible dans CRAN le 31 mars , 2020). Ces correctifs seront disponibles dans la version 10.0 de JMP Genomics.
- Une note d'utilisation est disponible sur la page Web http://www.jmp.com/support/notes/52/744.html , où les utilisateurs peuvent trouver un lien vers les instructions d'installation.
- La version la plus récente de JMP Genomics, version 10.0, comporte de nouvelles fonctionnalités conçues pour améliorer les capacités du logiciel :
- Le processus de groupe de liaison et de recombinaison dispose d'une nouvelle option pour former des groupes de liaison, la méthode de regroupement transitif, ainsi que d'une nouvelle option pour configurer l'utilisation de la mémoire du logiciel R.
- Le processus d’ordre des cartes de liaison propose deux nouvelles options pour ordonner les marqueurs : l’optimisation de l’ordre des cartes et l’optimisation accélérée de l’ordre des cartes. Le premier utilise SAS PROC OPTMODEL et le second utilise SAS PROC OPTNET, qui sont tous deux des méthodes d'optimisation puissantes et rapides, adaptées pour gérer l'ordre de nombreux marqueurs. En outre, une nouvelle option permettant de mélanger l'ordre des marqueurs est disponible, qui peut être utilisée pour améliorer l'ordre global des marqueurs en mélangeant les marqueurs proches sur un groupe de liaison.
Sciences de la vieObjet : Complément d'analyses de cartes de liaisons croisées pour JMP® Genomics
Les mises à jour du package OneMap (à partir de la version 2.1.0) ont des effets sur certaines fonctions R (noms de fonctions et certaines routines internes) et provoqueront des erreurs dans le complément Outcross de JMP Genomics jusqu'à la version 9.0. Les correctifs nécessaires dans JMP Genomics ont déjà été apportés pour rendre le complément Outcross compatible avec les versions OneMap 2.1.0 et 2.1.1 (la dernière version OneMap disponible dans CRAN le 9 avril ème , 2018). Ces correctifs seront disponibles dans la prochaine version de JMP Genomics. En attendant, veuillez contacter l'équipe d'assistance technique pour demander de l'aide concernant ce problème dans OneMap version 2.1.0 ou ultérieure. Vous pouvez également installer OneMap version 2.0.4 ou antérieure à partir de l'archive. https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/onemap/ . Pour votre commodité, OneMap_2.0.4.zip pour le système Windows est disponible en téléchargement sur cette page Web.
Objet : Complément d'analyses de cartes de liaisons croisées pour JMP® Genomics<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />La version la plus récente de JMP Genomics, version 7.1, comporte de nouvelles fonctionnalités conçues pour améliorer les capacités du logiciel :
- Le processus de groupe de liaison et de recombinaison dispose d'une nouvelle option pour former des groupes de liaison, la méthode de regroupement transitif, ainsi que d'une nouvelle option pour configurer l'utilisation de la mémoire du logiciel R.
- Le processus d’ordre des cartes de liaison propose deux nouvelles options pour ordonner les marqueurs : l’optimisation de l’ordre des cartes et l’optimisation accélérée de l’ordre des cartes. Le premier utilise SAS PROC OPTMODEL et le second utilise SAS PROC OPTNET, qui sont tous deux des méthodes d'optimisation puissantes et rapides, adaptées pour gérer l'ordre de nombreux marqueurs. En outre, une nouvelle option permettant de mélanger l'ordre des marqueurs est disponible, qui peut être utilisée pour améliorer l'ordre global des marqueurs en mélangeant les marqueurs proches sur un groupe de liaison.
