Re: Outcross Linkage Map-Analyse-Add-In für JMP® Genomics
Die Aktualisierungen im OneMap-Paket (ab Version 2.1.0) haben Auswirkungen auf einige R-Funktionen (Funktionsnamen und einige interne Routinen) und führen zu Fehlern im Outcross-Add-In von JMP Genomics bis Version 9.0. Die erforderlichen Korrekturen in JMP Genomics wurden bereits durchgeführt, um das Outcross-Add-In mit den Versionen OneMap 2.1.0 und 2.1.1 (der neuesten OneMap-Version, die am 9. April in CRAN verfügbar ist) kompatibel zu machen th 2018). Diese Korrekturen werden in der nächsten Version von JMP Genomics verfügbar sein. Wenden Sie sich in der Zwischenzeit an den Technischen Support, um Unterstützung bei diesem Problem in OneMap Version 2.1.0 oder höher zu erhalten. Alternativ können Sie OneMap Version 2.0.4 oder früher aus dem Archiv installieren https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/onemap/ . OneMap_2.0.4.zip für Windows steht auf dieser Website zum Download zur Verfügung.
Re: Outcross Linkage Map-Analyse-Add-In für JMP® Genomics<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />Die neuere Version von JMP Genomics, Version 7.1, enthält neue Funktionen, die auf die Verbesserung der Fähigkeiten der Software zugeschnitten sind:
- Der Linkage Group and Recombination-Prozess bietet eine neue Option zum Bilden von Linkage-Gruppen, die Transitive Grouping-Methode sowie eine neue Option zum Einrichten der R-Softwarespeicherverwendung.
- Der Prozess "Linkage Map Order" bietet zwei neue Optionen für die Bestellung von Markierungen, die Map Order Optimization und die Accelerated Map Order Optimization. Ersteres verwendet SAS PROC OPTMODEL, letzteres verwendet SAS PROC OPTNET. Beide Methoden sind leistungsstarke und schnelle Optimierungsmethoden, die sich für die Bestellung vieler Marker eignen. Es ist auch eine neue Option zum Umordnen der Markierungsreihenfolge verfügbar, mit der die Gesamtreihenfolge der Markierungen verbessert werden kann, indem benachbarte Markierungen in einer Verknüpfungsgruppe gemischt werden.
Outcross Linkage Map analysiert Add-In für JMP® Genomics- Das Add-In Outcross Linkage Map Analyzes bietet drei Prozesse zur Durchführung von Verknüpfungsanalysen für eine Vollgeschwisterfamilie, die aus einer Kreuzung zweier Outbred-Eltern stammt. Die Prozesse sind die Verknüpfungsgruppe und -rekombination, die Verknüpfungskartenreihenfolge und der Build QTL-Genotyp-Wahrscheinlichkeitsdatensatz. Alle Prozesse werden auf einer Schnittstelle von JMP, SAS und R ausgeführt. Dieses Add-In verwendet OneMap (Margarido et al. 2007, Hereditas 144: 78-79) R-Paket.
- Dieses Add-In wurde für R Version 3.6.3 oder 4.0.0 und OneMap Version 2.1.3 entwickelt. Andere Versionen von R und OneMap funktionieren möglicherweise nicht ordnungsgemäß. Die Aktualisierungen im OneMap-Paket (ab Version 2.1.3) haben Auswirkungen auf einige R-Funktionen (Funktionsnamen und einige interne Routinen) und verursachen Fehler im Outcross-Add-In von JMP Genomics vor Version 10.0. Die erforderlichen Korrekturen in JMP Genomics wurden bereits vorgenommen, um das Outcross-Add-In mit den Versionen OneMap 2.1.3 (der neuesten OneMap-Version, die am 31. März in CRAN verfügbar ist) kompatibel zu machen , 2020). Diese Korrekturen werden in JMP Genomics Release 10.0 verfügbar sein.
- Ein Verwendungshinweis ist auf der Webseite verfügbar http://www.jmp.com/support/notes/52/744.html Hier finden Benutzer einen Link zu den Installationsanweisungen.
- Die neuere Version von JMP Genomics, Version 10.0, verfügt über neue Funktionen, die auf die Verbesserung der Funktionen der Software zugeschnitten sind:
- Der Verknüpfungsgruppen- und Rekombinationsprozess bietet eine neue Option zum Bilden von Verknüpfungsgruppen, die Transitive Grouping-Methode sowie eine neue Option zum Einrichten der Speichernutzung von R-Software.
- Der Prozess "Kartenreihenfolge verknüpfen" bietet zwei neue Optionen zum Bestellen von Markierungen: "Kartenreihenfolgeoptimierung" und "Beschleunigte Kartenreihenfolgenoptimierung". Ersteres verwendet SAS PROC OPTMODEL, und letzteres verwendet SAS PROC OPTNET. Beide sind leistungsstarke und schnelle Optimierungsmethoden, die für die Bestellung vieler Marker geeignet sind. Außerdem ist eine neue Option zum Mischen der Markierungsreihenfolge verfügbar, mit der die Gesamtreihenfolge von Markern verbessert werden kann, indem benachbarte Markierungen in einer Verknüpfungsgruppe gemischt werden.
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