Re：Outcross Linkage Map分析JMP®基因组学的插件
OneMap软件包中的更新（从版本2.1.0开始）在某些R函数（函数名称和一些内部例程）中有效，并且它们将导致JMP基因组学的Outcross加载项中的错误，最高版本为9.0。JMP Genomics中已经进行了必要的修复，使Outcross Add-In与OneMap 2.1.0和2.1.1版本兼容（4月9日CRAN中提供的最新OneMap版本） 日 ，2018年）。这些修复程序将在JMP Genomics的下一版本中提供。同时，请联系技术支持团队，在OneMap 2.1.0或更高版本中查询此问题的帮助。或者，您可以从存档中安装OneMap 2.0.4或更早版本 https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/onemap/ 。为方便起见，可以在此网页上下载适用于Windows系统的OneMap_2.0.4.zip。
Re：Outcross Linkage Map分析JMP®基因组学的插件<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />JMP Genomics 7.1版本的新版本具有为改进软件功能而量身定制的新功能：
- Linkage Group和Recombination流程有一个新选项，用于形成链接组，Transitive Grouping方法，以及设置R软件内存使用的新选项。
- 联动地图订单流程有两个新的订单标记选项，即地图订单优化和加速地图订单优化。前者使用SAS PROC OPTMODEL，后者使用SAS PROC OPTNET，两者都是强大而快速的优化方法，适用于处理许多标记的排序。此外，还提供了一种新的标记顺序随机选项，可用于通过对连锁组上的附近标记进行混洗来改善标记的整体排序。
跨链图分析了JMP®基因组学的外接程序- “跨界链接图分析”加载项提供了三个过程，以对源自两个近亲父母的杂交的全同胞家庭进行链接分析。这些过程是``链接组和重组''，``链接映射顺序''和``构建QTL基因型概率数据集''，所有这些过程均在JMP，SAS和R的接口上运行。此加载项使用OneMap（Margarido等。2007，Hereditas 144：78-79）R包。
- 此外接程序已构建为可与R版本3.6.3或4.0.0和OneMap版本2.1.3一起使用。其他版本的R和OneMap可能无法正常工作。 OneMap软件包（从2.1.3版开始）中的更新对某些R函数（函数名称和某些内部例程）有影响，并且这些更新会在10.0版之前的JMP Genomics的Outcross加载项中引起错误。JMP Genomics已进行必要的修复，以使Outcross加载项与版本OneMap 2.1.3兼容（3月31日CRAN中提供了最新的OneMap版本）。 （2020年）。这些修复程序将在JMP Genomics 10.0版中提供。
- 网页上有使用说明http://www.jmp.com/support/notes/52/744.html ，用户可以在其中找到安装说明的链接。
- JMP Genomics的较新版本10.0具有为提高软件功能而量身定制的新功能：
- 链接组和重组过程具有形成链接组的新选项，传递组方法以及设置R软件内存使用情况的新选项。
- 链接地图订单流程有两个用于标记的新选项：地图订单优化和加速地图订单优化。前者使用SAS PROC OPTMODEL，后者使用SAS PROC OPTNET，这两种方法都是功能强大且快速的优化方法，适合处理许多标记的排序。此外，还提供了一种新的选项，可以重新排列标记顺序，该选项可以通过重新排列链接组上附近的标记来改善标记的整体顺序。
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