Re: Outcross Linkage Map analiza el complemento para JMP® Genomics
Las actualizaciones en el paquete OneMap (a partir de la versión 2.1.0) tienen efectos en algunas funciones R (nombres de funciones y algunas rutinas internas), y causarán errores en el complemento Outcross de JMP Genomics hasta la versión 9.0. Ya se han realizado las correcciones necesarias en JMP Genomics para hacer que el complemento de Outcross sea compatible con las versiones OneMap 2.1.0 y 2.1.1 (la última versión de OneMap disponible en CRAN el 9 de abril th , 2018). Estas correcciones estarán disponibles en la próxima versión de JMP Genomics. Mientras tanto, comuníquese con el equipo de soporte técnico para solicitar ayuda con este problema en la versión 2.1.0 o posterior de OneMap. Alternativamente, puede instalar OneMap versión 2.0.4 o anterior desde el archivo https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/onemap/ . Para su conveniencia, OneMap_2.0.4.zip para el sistema de Windows está disponible para descarga en esta página web.
Re: Outcross Linkage Map analiza el complemento para JMP® Genomics<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />La versión más reciente de JMP Genomics, versión 7.1, tiene nuevas características adaptadas para mejorar las capacidades del software:
- El proceso de Grupo de Enlace y Recombinación tiene una nueva opción para formar grupos de enlace, el método de Agrupación Transitiva, así como una nueva opción para configurar el uso de la memoria de R Software.
- El proceso de Orden de Mapa de Enlace tiene dos nuevas opciones para ordenar marcadores, la Optimización de Orden de Mapa y la Optimización de Orden de Mapa Acelerada. El primero utiliza SAS PROC OPTMODEL, y el segundo utiliza SAS PROC OPTNET, ambos métodos de optimización potentes y rápidos, adecuados para manejar la ordenación de muchos marcadores. Además, está disponible una nueva opción para mezclar orden de marcadores, que puede usarse para mejorar el orden general de los marcadores al mezclar marcadores cercanos en un grupo de enlace.
Complemento de análisis de mapa de enlace cruzado para JMP® Genomics- El complemento Outcross Linkage Map Analyzes ofrece tres procesos para realizar análisis de vinculación en una familia de hermanos completos derivada de un cruce de dos padres consanguíneos. Los procesos son Linkage Group y Recombination, Linkage Map Order y Build QTL Genotype Probability Data Set, y todos se ejecutan en una interfaz de JMP, SAS y R. Este complemento utiliza OneMap (Margarido et al. 2007, Hereditas 144: 78-79) Paquete R.
- Este complemento se ha creado para funcionar con la versión 3.6.3 o 4.0.0 de R y la versión 2.1.3 de OneMap. Es posible que otras versiones de R y OneMap no funcionen correctamente. Las actualizaciones en el paquete OneMap (a partir de la versión 2.1.3) tienen efectos en algunas funciones de R (nombres de funciones y algunas rutinas internas) y provocarán errores en el complemento Outcross de JMP Genomics antes de la versión 10.0. Ya se han realizado las correcciones necesarias en JMP Genomics para que el complemento Outcross sea compatible con las versiones OneMap 2.1.3 (la última versión de OneMap disponible en CRAN el 31 de marzo , 2020). Estas correcciones estarán disponibles en la versión 10.0 de JMP Genomics.
- Una nota de uso está disponible en la página web http://www.jmp.com/support/notes/52/744.html , donde los usuarios pueden encontrar un enlace a las instrucciones de instalación.
- La versión más reciente de JMP Genomics, la versión 10.0, tiene nuevas características diseñadas para mejorar las capacidades del software:
- El proceso de agrupación y recombinación de vínculos tiene una nueva opción para formar grupos de vínculos, el método de agrupación transitiva, así como una nueva opción para configurar el uso de la memoria del software R.
- El proceso Linkage Map Order tiene dos nuevas opciones para ordenar los marcadores, la Optimización del Orden del Mapa y la Optimización Acelerada del Orden del Mapa. El primero utiliza SAS PROC OPTMODEL y el segundo utiliza SAS PROC OPTNET, ambos métodos de optimización potentes y rápidos, adecuados para manejar la ordenación de muchos marcadores. Además, está disponible una nueva opción para mezclar el orden de los marcadores, que puede usarse para mejorar el orden general de los marcadores al mezclar los marcadores cercanos en un grupo de enlace.
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