Re : Outcross Linkage Map은 JMP® Genomics의 추가 기능을 분석합니다.
OneMap 패키지의 업데이트 (버전 2.1.0부터)는 일부 R 함수 (함수 이름 및 일부 내부 루틴)에 영향을 미치며 버전 9.0까지의 JMP Genomics의 Outcross Add-In에서 오류를 발생시킵니다. Outcross Add-In을 버전 OneMap 2.1.0 및 2.1.1 (4 월 9 일 CRAN에서 사용할 수있는 최신 OneMap 버전과 호환 가능하게 만들기 위해 JMP Genomics에서 필요한 수정이 이미 수행되었습니다. 일 , 2018). 이 픽스는 JMP Genomics의 다음 릴리스에서 사용할 수 있습니다. 한편, OneMap 버전 2.1.0 이상에서이 문제에 대한 지원을 받으려면 기술 지원 팀에 문의하십시오. 또는 아카이브에서 OneMap 버전 2.0.4 또는 이전 버전을 설치할 수 있습니다 https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/onemap/ . 귀하의 편의를 위해 Windows 시스템 용 OneMap_2.0.4.zip은이 웹 페이지에서 다운로드 할 수 있습니다.
Re : Outcross Linkage Map은 JMP® Genomics의 추가 기능을 분석합니다.<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />최신 버전의 JMP Genomics 버전 7.1에는 소프트웨어의 기능을 향상시키기 위해 새로운 기능이 추가되었습니다.
- Linkage Group 및 Recombination 프로세스에는 R 소프트웨어 메모리 사용을 설정하는 새로운 옵션뿐만 아니라 연결 그룹을 형성하는 새로운 옵션, 전 이적 그룹화 (Transitive Grouping) 방법이 있습니다.
- Linkage Map Order 프로세스에는 마커를 주문할 수있는 두 가지 새로운 옵션 인 Map Order Optimization과 Accelerated Map Order Optimization이 있습니다. 전자는 SAS PROC OPTMODEL을 사용하고 후자는 SAS PROC OPTNET을 사용합니다. 둘 다 강력하고 빠른 최적화 방법으로 여러 마커의 순서를 처리하는 데 적합합니다. 또한 마커 순서를 뒤섞을 수있는 새로운 옵션을 사용할 수 있습니다. 이는 링크 그룹의 근처 마커를 뒤섞어 마커의 전반적인 순서를 개선하는 데 사용할 수 있습니다.
Outcross Linkage Map은 JMP® Genomics 용 추가 기능을 분석합니다.- Outcross Linkage Map Analyzes 추가 기능은 두 명의 외계 부모의 교배에서 파생 된 full-sib 가족에 대해 연결 분석을 수행하는 세 가지 프로세스를 제공합니다. 프로세스는 Linkage Group 및 Recombination, Linkage Map Order 및 Build QTL Genotype Probability Data Set이며 모두 JMP, SAS 및 R의 인터페이스에서 실행됩니다.이 추가 기능은 OneMap을 사용합니다 (Margarido et al. 2007, Hereditas 144 : 78-79) R 패키지.
- 이 추가 기능은 R 버전 3.6.3 또는 4.0.0 및 OneMap 버전 2.1.3에서 작동하도록 빌드되었습니다. 다른 버전의 R 및 OneMap은 제대로 작동하지 않을 수 있습니다. OneMap 패키지의 업데이트 (버전 2.1.3부터)는 일부 R 함수 (함수 이름 및 일부 내부 루틴)에 영향을 미치며 버전 10.0 이전의 JMP Genomics의 Outcross Add-In에서 오류를 발생시킵니다. JMP Genomics의 필수 수정 사항은 Outcross Add-In이 버전 OneMap 2.1.3 (3 월 31 일에 CRAN에서 제공되는 최신 OneMap 버전)과 호환되도록 이미 수행되었습니다. , 2020). 이러한 수정 사항은 JMP Genomics 릴리스 10.0에서 사용할 수 있습니다.
- 웹 페이지에서 사용 노트를 확인할 수 있습니다. http://www.jmp.com/support/notes/52/744.html 에서 사용자가 설치 지침에 대한 링크를 찾을 수 있습니다.
- JMP Genomics의 최신 릴리스 버전 10.0에는 소프트웨어의 기능을 향상시키기 위해 조정 된 새로운 기능이 있습니다.
- Linkage Group 및 Recombination 프로세스에는 연결 그룹을 형성하는 새로운 옵션, Transitive Grouping 방법 및 R 소프트웨어 메모리 사용을 설정하는 새로운 옵션이 있습니다.
- Linkage Map Order 프로세스에는 마커를 주문하기위한 두 가지 새로운 옵션 인 Map Order Optimization 및 Accelerated Map Order Optimization이 있습니다. 전자는 SAS PROC OPTMODEL을 사용하고 후자는 SAS PROC OPTNET을 사용합니다. 두 가지 모두 많은 마커의 순서를 처리하는 데 적합한 강력하고 빠른 최적화 방법입니다. 또한 마커 순서를 섞는 새로운 옵션을 사용할 수 있으며, 연결 그룹에서 근처 마커를 섞어 마커의 전체 순서를 개선하는 데 사용할 수 있습니다.
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