再クロスリンケージマップがJMP®ゲノミクス用アドインを分析
OneMapパッケージのアップデート（バージョン2.1.0以降）は、一部のR関数（関数名、および一部の内部ルーチン）に影響を及ぼし、それらはバージョン9.0までのJMP GenomicsのOutcrossアドインでエラーを引き起こします。OutcrossアドインをバージョンOneMap 2.1.0および2.1.1（4月9日にCRANで入手可能な最新のOneMapバージョン）と互換性があるようにするために、JMP Genomicsで必要な修正がすでに行われています。番目 、２０１８）。これらの修正は、JMP Genomicsの次のリリースで利用可能になる予定です。一方、OneMapバージョン2.1.0以降でこの問題に関するサポートを受けるには、テクニカルサポートチームにお問い合わせください。あるいは、アーカイブからOneMapバージョン2.0.4以前をインストールすることもできます。 https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/onemap/ 。ご参考までに、Windowsシステム用のOneMap_2.0.4.zipはこのWebページからダウンロードできます。
再クロスリンケージマップがJMP®ゲノミクス用アドインを分析<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />JMP Genomicsの最新リリース、バージョン7.1には、ソフトウェアの機能を改善するための新機能があります。
- リンケージグループと再結合プロセスには、リンケージグループを形成するための新しいオプション、推移的グルーピング方法、およびRソフトウェアのメモリ使用量を設定するための新しいオプションがあります。
- リンケージマップ順序プロセスには、マーカーを順序付けるための2つの新しいオプション、マップ順序最適化および高速マップ順序最適化があります。前者はSAS PROC OPTMODELを使用し、後者はSAS PROC OPTNETを使用します。どちらも強力で高速な最適化方法で、多くのマーカーの順序を処理するのに適しています。また、マーカーの順序をシャッフルするための新しいオプションが用意されています。これは、リンケージグループ上の近くのマーカーをシャッフルすることによってマーカーの全体的な順序を改善するために使用できます。
JMP®ゲノミクスのアウトクロスリンケージマップ分析アドイン- Outcross Linkage Map Analysesアドインは、2人の非近交系の親の交配から派生したフルシブファミリーで連鎖分析を実行するための3つのプロセスを提供します。プロセスは、リンケージグループと組換え、リンケージマップの順序、およびQTL遺伝子型確率データセットの構築であり、これらはすべてJMP、SAS、およびRのインターフェイスで実行されます。このアドインはOneMapを使用します（Margarido etal。2007、Hereditas 144：78-79）Rパッケージ。
- このアドインは、Rバージョン3.6.3または4.0.0、およびOneMapバージョン2.1.3で動作するように構築されています。RおよびOneMapの他のバージョンは正しく機能しない場合があります。 OneMapパッケージ（バージョン2.1.3以降）の更新は、一部のR関数（関数名、および一部の内部ルーチン）に影響を及ぼし、バージョン10.0より前のJMPGenomicsのOutcrossAdd-Inでエラーが発生します。OutcrossAdd-InをバージョンOneMap2.1.3（3月31日にCRANで利用可能な最新のOneMapバージョン）と互換性を持たせるために、JMPGenomicsで必要な修正がすでに行われています。 、2020）。これらの修正は、JMPGenomicsリリース10.0で利用可能になります。
- 使用上の注意はウェブページで入手できますhttp://www.jmp.com/support/notes/52/744.html 、ユーザーはインストール手順へのリンクを見つけることができます。
- JMP Genomicsの新しいリリースであるバージョン10.0には、ソフトウェアの機能を改善するために調整された新機能があります。
- リンケージグループと再結合プロセスには、リンケージグループを形成するための新しいオプション、推移的なグループ化方法、およびRソフトウェアのメモリ使用量を設定するための新しいオプションがあります。
- リンケージマップオーダープロセスには、マーカーをオーダーするための2つの新しいオプション、マップオーダー最適化とアクセラレーテッドマップオーダー最適化があります。前者はSASPROC OPTMODELを使用し、後者はSAS PROC OPTNETを使用します。どちらも、多くのマーカーの順序を処理するのに適した強力で高速な最適化方法です。また、マーカーの順序をシャッフルする新しいオプションが利用可能です。これは、リンケージグループ上の近くのマーカーをシャッフルすることにより、マーカーの全体的な順序を改善するために使用できます。
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