Re: Outcross Linkage Map analizza il componente aggiuntivo per JMP® Genomics
Gli aggiornamenti nel pacchetto OneMap (a partire dalla versione 2.1.0) hanno effetti in alcune funzioni R (nomi di funzioni e alcune routine interne) e causeranno errori nel componente aggiuntivo Outcross di JMP Genomics fino alla versione 9.0. Le correzioni necessarie in JMP Genomics hanno già avuto luogo per rendere il componente aggiuntivo Outcross compatibile con le versioni OneMap 2.1.0 e 2.1.1 (l'ultima versione OneMap disponibile in CRAN il 9 aprile esimo , 2018). Queste correzioni saranno disponibili nella prossima versione di JMP Genomics. Nel frattempo, contattare il team di supporto tecnico per richiedere assistenza in merito a questo problema in OneMap versione 2.1.0 o successiva. In alternativa, è possibile installare OneMap versione 2.0.4 o precedente dall'archivio https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/onemap/ . Per tua comodità, OneMap_2.0.4.zip per Windows è disponibile per il download in questa pagina web.
Re: Outcross Linkage Map analizza il componente aggiuntivo per JMP® Genomics<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />La nuova versione di JMP Genomics, versione 7.1, presenta nuove funzionalità personalizzate per migliorare le funzionalità del software:
- Il processo Gruppo di collegamento e ricombinazione ha una nuova opzione per formare gruppi di collegamenti, il metodo Raggruppamento transitivo, nonché una nuova opzione per impostare l'utilizzo della memoria del software R.
- Il processo di ordine della mappa di collegamento ha due nuove opzioni per ordinare i marcatori, l'ottimizzazione degli ordini delle mappe e l'ottimizzazione accelerata degli ordini delle mappe. Il primo utilizza SAS PROC OPTMODEL e quest'ultimo utilizza SAS PROC OPTNET, entrambi sono potenti e veloci metodi di ottimizzazione adatti a gestire l'ordine di molti marcatori. Inoltre, è disponibile una nuova opzione per mischiare l'ordine dei marcatori, che può essere utilizzata per migliorare l'ordinamento generale dei marcatori mescolando gli indicatori vicini su un gruppo di collegamento.
Componente aggiuntivo Outcross Linkage Map Analyzes per JMP® Genomics- Il componente aggiuntivo Outcross Linkage Map Analyzes offre tre processi per eseguire analisi di linkage su una famiglia full-sib derivata da un incrocio di due genitori outbred. I processi sono Linkage Group and Recombination, Linkage Map Order e Build QTL Genotype Probability Data Set, e tutti vengono eseguiti su un'interfaccia di JMP, SAS e R. Questo componente aggiuntivo utilizza OneMap (Margarido et al. 2007, Hereditas 144: 78-79) Pacchetto R.
- Questo componente aggiuntivo è stato creato per funzionare con R versione 3.6.3 o 4.0.0 e OneMap versione 2.1.3. Altre versioni di R e OneMap potrebbero non funzionare correttamente. Gli aggiornamenti nel pacchetto OneMap (a partire dalla versione 2.1.3) hanno effetti in alcune funzioni R (nomi di funzioni e alcune routine interne) e causeranno errori nell'add-in Outcross di JMP Genomics precedente alla versione 10.0. Le correzioni necessarie in JMP Genomics sono già state apportate per rendere il componente aggiuntivo Outcross compatibile con le versioni OneMap 2.1.3 (l'ultima versione di OneMap disponibile in CRAN il 31 marzo , 2020). Queste correzioni saranno disponibili nella versione 10.0 di JMP Genomics.
- Una nota sull'utilizzo è disponibile nella pagina web http://www.jmp.com/support/notes/52/744.html , dove gli utenti possono trovare un collegamento alle istruzioni di installazione.
- La versione più recente di JMP Genomics, versione 10.0, presenta nuove funzionalità su misura per migliorare le capacità del software:
- Il processo Linkage Group and Recombination ha una nuova opzione per formare gruppi di linkage, il metodo Transitive Grouping, così come una nuova opzione per impostare l'utilizzo della memoria del software R.
- Il processo Linkage Map Order ha due nuove opzioni per ordinare i marker, l'ottimizzazione dell'ordine delle mappe e l'ottimizzazione accelerata dell'ordine delle mappe. Il primo utilizza SAS PROC OPTMODEL e il secondo utilizza SAS PROC OPTNET, entrambi metodi di ottimizzazione potenti e veloci adatti a gestire l'ordinamento di molti marker. Inoltre, è disponibile una nuova opzione per mescolare l'ordine dei marker, che può essere utilizzata per migliorare l'ordine generale dei marker mescolando i marker vicini su un gruppo di collegamento.
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