JMP Genomics Cómo ajustar matrices QK en un experimento de ubicación múltiple<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />Hola,
Estoy usando JMP Genomics para modelar un experimento de ubicación múltiple con aproximadamente 400 cultivares. Con un MAF = 0.05, se retienen alrededor de 10.000 SNPs. Los análisis sin tener en cuenta la relación entre los cultivares, parecen estar bien. Sin embargo, sé que algunos de estos cultivares están relacionados. Y me gustaría dar cuenta de eso en el modelado. En particular, me gustaría incluir las matrices QK cuando hago análisis entre ubicaciones, es decir, cuando todas las ubicaciones se analizan simultáneamente.
Si ya existe un tutorial que describe esto, me encantaría que me lo recomendaran. Si ese no es el caso, sin embargo, agradecería comentarios sobre mi problema.
Gracias
jahn
Re: JMP Genomics Cómo encajar matrices QK en un experimento multi-ubicaciónHola jahn
Gran pregunta Esto se complica un poco, así que sugeriría un correo electrónico support@jmp.com para abrir una pista de soporte técnico para que podamos discutir los detalles más a fondo. La idea general es que sus matrices Q y K estarán compuestas de bloques idénticos repetidos para cada ubicación. Puede usar el conjunto completo de datos y estimar Q y K a la vez, o puede estimarlos en una sola ubicación y luego replicarlos manualmente para las otras ubicaciones (más eficiente).
Espero que esto ayude un poco.
Gracias,
Adán
