QK与SSR的关联分析<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />你好，
我是JMP的新用户，问题是我有一系列作物的近交系，他们用150个SSR标记进行基因分型，表型是二元性状（0和1），因为我打算做QK关联分析我使用JMP Genomics 7.0扩展了标记格式，我使用逻辑回归进行关联测试。我的案例类似于“与SSR标记关联分析的逐步指南”的例子。问题是我已经遵循了指南的大部分步骤，但我未能取得成功的结果。
我做的是：
1）将多等位基因SSR标记（例如150 / 150,167 / 150,167 / 167）的格式扩展为0,1和2格式（其中0和2是纯合的，1是杂合的）。
2）计算PCA以考虑人口结构
3）计算基于标记的关系矩阵（IBS）。
4）使用JMP Genomics的Marker-Trait Association选项进行QK关联分析。
4.1我尝试使用多等位基因标记（不是EG_标记）作为指导和检查“选项”点击中的“基因型”框和“/”作为基因型定界符。结果是以下错误消息“错误：文件WORK.GENOTYPES.DATA不存在”
4.2我尝试使用扩展标记（带有前缀EG_）并检查“选项”点击中的“数字基因型”框但是当我运行分析时似乎它运行良好但过程永远不会结束，它更多喜欢冷冻。
有人可以帮我解决这个问题吗？
谢谢
如果
Re：用SSR进行QK关联分析亲爱的凯尔奇，
感谢您的支持，我尝试了不同的规格
压缩的K矩阵，当我放置pca1 pca2时，我总是会出错
和“模型变量”选项卡的“Q矩阵变量”框中的pca3。
然而：
1。当我将pca1，pca2和pca3放在“Q矩阵变量”框中时
还检查“Q sum to 1的列”框，我得到一个K矩阵
（420行）压缩成11组。
2。当我只检查“Q sum to1的列”框而不放置
“Q矩阵变量”框中的三个第一主成分，或者任意一个
当两个方框都留空时，结果是8中的K矩阵
组。
所以我在关联中使用了两个压缩的K矩阵中的任何一个
测试但结果仍不理想。
如果
Re：用SSR进行QK关联分析你好LF，
我们的开发团队尝试过并且无法复制您看到的错误。我打算让您联系我们的Genetics流程开发人员，尝试通过您的电子邮件帮助解决问题！这样你就可以更轻松地共享日志/设置文件等，这样我们就可以帮助找出问题所在！
K矩阵压缩中的错误更有帮助，当特征是二进制时，使用GLIMMIX过程并且它对不适合/收敛的模型更敏感，因此它可能是您尝试适合的模型你的数据是不可能的。
Re：用SSR进行QK关联分析另外，无法使用相同的数据集和相同的规范重现“关联分步指南...”中的示例分析，我在第一步中得到以下错误（扩展基因型）。
错误：文件WORK.AF（memtype = DATA）已存在。重命名没有完成。
谢谢
如果
Re：用SSR进行QK关联分析谢谢您的回答，
我第一次进行分析（对于4.2的情况）花了8个多小时（机器：英特尔Xeron CPU E5-1620 3.60 GHz和64 Gb RAM）没有完成。
在它运行时，我点击了“查看日志”和“打开SAS临时文件夹”按钮，它没有响应。此外，我尝试了10个标记，等待将近40分钟，它永远不会结束。我们有~420行，它们没有太多，但我也尝试计算压缩的K矩阵，我得到以下错误：
错误：没有一个模型融合。K矩阵无法压缩。请检查型号规格。
syserr = 0
exiterror = 1
错误：由于错误，KMatrixCompression退出。
我遵循指南的大部分规范，除了我选择了二元特征。
我可以根据需要发送日志文件
谢谢
如果
Re：用SSR进行QK关联分析你好LF，
我很遗憾听到您在使用多等位基因标记进行QK分析时遇到麻烦。 我想向您介绍我们的技术支持专家，我会将您的联系转发给他们，以帮助开辟支持轨道。 第一个问题我们可能需要您的设置和日志文件，它们可以帮助您获取正确的信息，以便我们可以弄清楚发生了什么。
你让它运行4.2的情况多久了？您是否在运行时查看了SAS Temp以查看文件是否仍在处理中？你有多少行（你的K矩阵的大小可以指数级地加工，特别是当你有多等位基因标记扩展到超过150的更多测试时）？我建议只选择前5-10个标记并尝试运行它以查看是否可以完成。
您还可以在“相关性度量”子菜单下尝试K矩阵压缩，以减少测试中K矩阵的大小，并获得估计以确定随机效果估计值。张等人。（Nature Genetics，2010）。
凯尔西米克劳斯
