SNP地图文件帮助... JMP Genomics跨多个文件导入Illumina SNP数据<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />JMP Genomics 6.0的新手总数。我有Illumina工作室软件生成的SNP最终报告数据。该数据集包含512个总样本，每个样本具有大约1E6个标记。最终的Report.txt文件分为13个txt文件。我还有我转换为制表符分隔文件的Samples Table.csv，所以我假设我已经满足了“示例文件”选择。
Illumina的数据导入支持跨越多个基因型文件，但是当选择多个基因型文件时，它清楚地表明SNP地图文件是必需的。我的猜测是帮助将多个文件组合在一起？
我找不到SNP Map文件的例子（或者要仔细检查，样本文件应该包含什么）。我试着看看是否有一个样本数据集可以提供帮助，但确实找到了一个。
任何帮助是极大的赞赏！
谢谢！
乔纳森
Re：SNP Map文件帮助... JMP Genomics跨多个文件导入Illumina SNP数据我们已经看了所有这些，并且样本和地图文件似乎存在一些问题。这是你如何解决所有这些问题。首先，导入最终报告，并在选项选项卡中将样本ID长度列设置为32。我使用了Top和rs值进行导入，但如果你想要所有标记，你可以选择所有 - 只需确保保留公共前缀 - 你需要它... 运行导入。这将生成一个包含列ID（将具有下划线）和初始ID（将具有破折号）的映射文件。
打开txt映射文件和文件>另存为SAS数据集。使用原始列名作为匹配变量，将导入创建的映射文件合并（或表> Join in JMP）。如果在JMP中进行连接而不是Genomics数据集实用程序合并功能，则将结果保存为SAS数据集。
打开samples txt文件并保存为sas数据集。使用“数据集实用程序合并”功能将其与导入的标记文件合并。Sample数据集应该是您想要在合并数据左侧的第一个进入对话框窗口的条目。
然后从Genetics Utilities运行子集/重新排序。获取订购的数据集和映射文件。请注意，您将使用公共前缀指定标记作为列表样式规范。例如，SNP_ 
那里有一个冒号）。
如果卡住，请直接与我联系。
Re：SNP Map文件帮助... JMP Genomics跨多个文件导入Illumina SNP数据这是最终报告文件之一的链接：
https://www.dropbox.com/s/wguj9t6wdnra0re/EA07060_2013-01-25_FinalReport1.txt
我认为最终报告文件没有任何问题，但是......我可以从任何单个文件创建一个JMP基因组学项目（我不必包含样本表或SNP映射文件） 。因此，当我尝试使用所有13个最终报告创建项目时，我认为它是这两个文件中的一个。
如果此最终报告文件有帮助，请告诉我们！
谢谢dougR !!
Re：SNP Map文件帮助... JMP Genomics跨多个文件导入Illumina SNP数据据我所知，地图文件看起来很好。
Re：SNP Map文件帮助... JMP Genomics跨多个文件导入Illumina SNP数据好的，我可以给你发一个最终的报告文件（通过dropbox）
最终的报告文件确实有所有基因型调用：
| SNP名称 | 样品ID | 等位基因1 - 顶部 | 等位基因2 - 顶部 | GC分数 | 样品名称 | 等位基因1 - 前进 | 等位基因2 - 前进 | X | ÿ | X Raw | Y Raw |
| EXM-rs10067427 | 1969-01A_02-008-1 | 一个 | 一个 | 0.9536 | 1969-01A_02-008-1 | 一个 | 一个 | 1.2 | 0.03 | 8235 | 199 |
| EXM-rs10068788 | 1969-01A_02-008-1 | 一个 | 一个 | 0.9073 | 1969-01A_02-008-1 | 一个 | 一个 | 0.352 | 0.015 | 2445 | 99 |
| EXM-rs1006899 | 1969-01A_02-008-1 | 一个 | 一个 | 0.9335 | 1969-01A_02-008-1 | 一个 | 一个 | 1.049 | 0.03 | 7204 | 193 |
| EXM-rs10069397 | 1969-01A_02-008-1 | 一个 | 一个 | 0.897 | 1969-01A_02-008-1 | Ť | Ť | 0.514 | 0.049 | 3676 | 295 |
| EXM-rs10071490 | 1969-01A_02-008-1 | 一个 | 一个 | 0.914 | 1969-01A_02-008-1 | 一个 | 一个 | 0.677 | 0.065 | 4664 | 321 |
| EXM-rs1007358 | 1969-01A_02-008-1 | 一个 | G | 0.9287 | 1969-01A_02-008-1 | Ť | C | 0.675 | 0.617 | 4678 | 2626 |
但是，JMP要求对于跨越多个最终报告的数据集（我总共有13个）我需要包含一个样本表...我假设帮助分配哪个最终报告文件包含哪些样本，因为FinalReport文件具有基因型，而不是样本文件。
SNP_Map文件看起来不错吗？
Re：SNP Map文件帮助... JMP Genomics跨多个文件导入Illumina SNP数据你肯定需要基因型。它们通常是AA，AB，BB格式。另外，我注意到每个人只有一行。此文件应包含具有SNP ID和个人ID的所有呼叫。
最终报告是另一种选择，可能具有所需的格式。如果您想通过Dropbox或其他方法向我发送一封邮件，请直接发送电子邮件给我，我会检查一下。
Re：SNP Map文件帮助... JMP Genomics跨多个文件导入Illumina SNP数据谢谢道格！应该在该列中显示哪些值？
我可以要求核心重新导出样本表，但是那里还有其他空列，那么它们都需要值吗？
Re：SNP Map文件帮助... JMP Genomics跨多个文件导入Illumina SNP数据看起来Genotype列在Samples表中不包含任何值。这可能是问题所在。
Re：SNP Map文件帮助... JMP Genomics跨多个文件导入Illumina SNP数据当然可以！
如有必要，我可以安排发送最终报告，每份报告的最终报告为13 gb。
Re：SNP Map文件帮助... JMP Genomics跨多个文件导入Illumina SNP数据嗨乔纳森 - 你有什么方法可以分享这些文件，所以我们可以看看吗？
Re：SNP Map文件帮助... JMP Genomics跨多个文件导入Illumina SNP数据嗨道格，
我将地图文件更新为仅包含三列：SNP_Name，Chr和Position。第一行包含那些标题，其余953891行包含所有SNP地图数据。这是一个文本分隔文件，我的13个最终报告文件和我的样本表文件也是如此。
尝试导入数据，我仍然得到相同的错误：
Starting skip_header_import_2
DataFile = E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt
DataType = TAB
VarNameRow = 1
VarLabelRow = 0
UniqueVarNameFlag = 1
NOTE: UNBUFFERED is the default with RECFM=N.
NOTE: The infile "E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt" is:
Filename=E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt,
RECFM=N,LRECL=32767,File Size (bytes)=23782301,
Last Modified=18Oct2013:15:47:43,
Create Time=18Oct2013:15:47:43
NOTE: Unexpected end of file for binary input.
NOTE: DATA statement used (Total process time):
real time 1.62 seconds
cpu time 0.01 seconds
22: LINE and COLUMN cannot be determined.
17 The SAS System 15:50 Friday, October 18, 2013
NOTE 242-205: NOSPOOL is on. Rerunning with OPTION SPOOL might allow recovery of the LINE and COLUMN where the error has occurred.
ERROR 22-322: Syntax error, expecting one of the following: a name, a quoted string, a numeric constant, a datetime constant,
a missing value, INPUT, PUT.
NOTE: The SAS System stopped processing this step because of errors.
NOTE: DATA statement used (Total process time):
real time 0.03 seconds
cpu time 0.00 seconds
skipbyte to scan column name line: 0
NOTE: UNBUFFERED is the default with RECFM=N.
NOTE: The infile "E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt" is:
Filename=E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt,
RECFM=N,LRECL=256,File Size (bytes)=23782301,
Last Modified=18Oct2013:15:47:43,
Create Time=18Oct2013:15:47:43
flag=1 VarName=SNP_name columnpt=10
flag=2 VarName=Chr columnpt=14
flag=3 VarName=Position columnpt=23
flag=4 VarName=200610-179 columnpt=34
flag=5 VarName=chrY columnpt=39
flag=6 VarName=18097249 columnpt=48
flag=7 VarName=200610-298 columnpt=59
flag=8 VarName=chrY columnpt=64
flag=9 VarName=14926202 columnpt=73
flag=10 VarName=200610-303 columnpt=84
flag=11 VarName=chrY columnpt=89
flag=12 VarName=23497067 columnpt=98
Ugggh，不知道我错过了什么。有任何想法吗？
如果我只使用导入引擎进行单个最终报告（不需要SNP地图文件），它工作正常，但我需要加载所有13个最终报告...所以这让我仍然认为我有一些问题SNP地图文件。
谢谢！
乔纳森
Re：SNP Map文件帮助... JMP Genomics跨多个文件导入Illumina SNP数据嗨Johnathan
你命名变量， SNP_Name，Chr和Position。您只需要一个位置列。还请确保分隔符与基因型文件相同。
道格
Re：SNP Map文件帮助... JMP Genomics跨多个文件导入Illumina SNP数据想要提供更新......我想，越来越近了。
我现在有一个SNP-Map.txt文件，但我认为文件中缺少一些内容，因为我收到以下错误：
ERROR 22-322: Syntax error, expecting one of the following: a name, a quoted string, a numeric constant, a datetime constant,
a missing value, INPUT, PUT.
在核心的SNP_Map.txt文件中，它看起来不像列标题，只是：
line1：track name =“HumanOmniExpressExome-8v1_B”
第2行：chr14 35173623 35173624 exm-rs10139660
以及芯片上的所有其他SNP。
我应该重新排序并添加标题行吗？SNP，Chr ......我对这两个位置标题的标题是什么？
我想我很亲密
Re：SNP Map文件帮助... JMP Genomics跨多个文件导入Illumina SNP数据嗨道格，
听起来不错。我已经要求提供包含该信息的文件，并且会给它一个机会！另外，我正在检查这些指南......应该是一个很好的帮助。将尽快报告。
最好，
乔纳森
Re：SNP Map文件帮助... JMP Genomics跨多个文件导入Illumina SNP数据嗨Johnathan。
SNP映射文件是包含SNP名称，Chr和位置变量的txt文件。您应该能够从核心实验室获取芯片的完整映射文件。
您可以在此处找到JMP Genomics的许多分步指南：
http://www.jmp.com/lifesciences-resources/resources.shtml?tab=1
道格罗宾逊
JMP生命科学专家
