实验设计 - 基因工程嗨，
我一直在考虑创建这个实验设计的可能方法，并会欣赏任何输入。
我们正在做的是以某种方式将遗传因素放在一起。我们用启动子驱动基因表达，并用终止子阻止它。这些元素具有可测量的强度，我们有时将它们用作离散数值因子。因此，我们想做的实验将在3个位置具有3个基因，其具有一组启动子和终止子。它看起来像这样：
POS1
启动子/基因/终止
POS2
启动子/基因/终止
POS3
启动子/基因/终止
我遇到的问题是，如果我有一套启动子（6），基因（3），终止子（6），它们可以在任何位置任意组合 - 但由于组织的方式，它们只能使用一次作品。因此，如果我选择位置1启动器4，那么我不能再用它来进行其余的设计。我想这是某种混合物，但我不确定如何捕捉我的位置特征，特别是所有可能很重要的相互作用。我被卡住了所以任何帮助赞赏！我通常使用自定义设计师来完成这种工作。
回复：实验设计 - 基因工程嗨戴夫，
我认为上面是一个独特的情况，其中#factors = #factorlevels并且是一个独特的问题。我认为在#factor levels> #factors的地方，实验不再受限制，模型将是可估计的。参见下面的示例，其中3个因子中的每一个现在是6级。
问候，
菲尔
美国能源部（
定制设计，
{添加回复（最大化，“Y”，。，。，。）
添加因子（离散数字，{1,2,3,4,5,6}，“P_PW1_P1”，0），
添加因子（离散数字，{1,2,3,4,5,6}，“P_PW1_P2”，0），
添加因子（离散数字，{1,2,3,4,5,6}，“P_PW1_P3”，0），
设置随机种子（1073470905），起始数（4060），添加术语（{1,0}），
添加术语（{1,1}），添加潜在术语（{1,2}），添加潜在术语（{1,3}），
添加潜在术语（{1,4}），添加潜在术语（{1,5}），添加术语（{2,1}），
添加潜在术语（{2,2}），添加潜在术语（{2,3}），
添加潜在术语（{2,4}），添加潜在术语（{2,5}），添加术语（{3,1}），
添加潜在术语（{3,2}），添加潜在术语（{3,3}），
添加潜在术语（{3,4}），添加潜在术语（{3,5}），
添加术语（{1,1}，{2,1}），添加术语（{1,1}，{3,1}），
添加术语（{2,1}，{3,1}），设置样本大小（13），
不允许的组合（
P_PW1_P1 == P_PW1_P2 | P_PW1_P1 == P_PW1_P3 | P_PW1_P2 == P_PW1_P3
），最优性判据（2），模拟响应（1），设计，
设置运行顺序（随机化），生成表格}
）;
回复：实验设计 - 基因工程定制设计是在不允许的组合下找到最佳设计。
但是，在此示例中，您最终会得到一个非常有限的系统。所以我不认为实验会非常有用。我认为你可能在第一时间需要混合物设计。
回复：实验设计 - 基因工程那样太好了。我觉得有效！
在定制设计师中寻找最佳模型还是广泛地被淘汰时，这些不允许的组合是否被考虑在内？这会影响任何互动条款的interpritaiton吗？
回复：实验设计 - 基因工程嗨戴夫，
这很好地解释了你的问题。
我认为Custom Design中的Disallowed Combinations功能可能就是解决方案。
我开始设计有3个因素，所有离散数字，级别1,4,6：
P_PW1_P1，
P_PW1_P2，
P_PW1_P3
然后我“使用不允许的组合脚本”并添加以下表达式：
P_PW1_P1 == P_PW1_P2 |
P_PW1_P1 == P_PW1_P3 |
P_PW1_P2 == P_PW1_P3
基本上，我们将因子X1水平=因子X2水平定义为不允许的组合。X1 / X3和X2 / X3也一样。
“|”是Or的symobol，这是我们如何组合不允许的多个组合，例如这些。
我认为这给了一个适合你的设计。
（下面的完整脚本）
@ryan_lekivetz 有一些在他的博客文章中使用不允许的组合过滤器和/或脚本的好例子。
https://community.jmp.com/t5/JMP-Blog/Using-the-Disallowed-Combinations-Filter-in-JMP-12/ba-p/30588
https://community.jmp.com/t5/JMP-Blog/Mmm-cookies-a-tale-of-discrete-numeric-variables-disallowed/ba-p/30453
问候，
菲尔
美国能源部（
定制设计，
{添加回复（最大化，“Y”，。，。，。）
添加因子（离散数字，{1,4,6}，“P_PW1_P1”，0），
添加因子（离散数字，{1,4,6}，“P_PW1_P2”，0），
添加因子（离散数字，{1,4,6}，“P_PW1_P3”，0），
设置随机种子（1489472428），起始数（89357），添加术语（{1,0}），
添加术语（{1,1}），添加潜在术语（{1,2}），添加术语（{2,1}），
添加潜在术语（{2,2}），添加术语（{3,1}），添加潜在术语（{3,2}），
添加别名术语（{1,1}，{2,1}），添加别名术语（{1,1}，{3,1}），
添加别名术语（{2,1}，{3,1}），设置样本大小（6），
不允许的组合（
P_PW1_P1 == P_PW1_P2 | P_PW1_P1 == P_PW1_P3 | P_PW1_P2 == P_PW1_P3
）}
）;
回复：实验设计 - 基因工程嗨，
只有在我设计的设计中的第4次运行才有效。这些因素不能在设计中重复，即使它们来自同一组，如果在其他位置因素不能包含它时使用它们。
戴夫
回复：实验设计 - 基因工程如果没有深入讨论细微差别，你试图描述我想到的是1。拉丁方块（可能根本不适用）和2。基因位置是一个分类变量（称之为GP），其中GP有3个水平：g1g2g3，g2g3g1，g3g1g2然后你在GP，终止子，启动子上进行实验。我承认，我对在运行或完整设计中能够和不能改变的内容感到有些困惑。回复：实验设计 - 基因工程嗨，
是的，这是我探索设计实验的一种方式。
如果我将所有位置元素分离为一组分类因素，那么我担心我没有捕捉到它们相关的事实（因为它们在不同的位置是相同的集合，如果在一个位置使用它可以不被重用）以及这些交互如何映射到位置元素。
回复：实验设计 - 基因工程嗨，
需要明确的是：这是否意味着你有9个因素？即
Pos1推广者
Pos1基因
Pos1终结者
Pos2推广者
。
。
。
。
Pos3终结者
和
启动因子是6级分类
基因因子是3级分类
终结者因素是6级分类
