我认为设计一个对随机化有限制的复杂实验很重要，因此，此讨论可以帮助很多处于类似情况的用户。 这是一个很好的例子，说明我们希望 JMP 社区中的这个讨论区可以为我们所有人提供帮助。 我很困惑，已经两周没有活动了。 我怀疑这是因为最后的答复回答了所有剩余的问题。
我希望讨论再次开始。 以下是我希望引起更多回复的一些要点：
- 如果您开发检测，这个案例与您自己的案例有何相似之处？ 它有何不同？
- 您对随机化运行（井）有相同的限制吗？ 更多的？ 较少的？ 只是不同？
- 对随机化的限制显然会影响设计运行的实用性。 限制如何影响分析是否同样清楚？ 如果在分析中忽略限制，我对回归模型的解释可能会发生什么变化？
- 在设计、运行或分析有限制的实验时，您发现哪些实践是有益的？
（请注意，同一用户发起了另一个相关讨论。 我将交叉发布此号召性用语，希望最好的讨论获胜！）
我将继续使用 JMP 定制设计。 在许多方面，这是一个随机化受限的普通实验。 我试图让思考过程和最终设计尽可能直截了当。 （它可能需要改进——也许需要大量改进！）
我用你的定义做了一个设计。 以下是要点：
- 除了两个例外，所有因素都完全按照您定义的方式输入。
- 将质粒比率定义为低值 -3 和高值 -1 的 log10 质粒比率。 为什么？ 因为这个因素代表了您对稀释步骤的思考，而这种转换使这种变化呈线性变化并简化了建模。
- 我真的不喜欢零，因为连续因子的值很低。 这个定义本质上使它成为一个分类因素：不存在与存在。 实际上，我将血清浓度的低值保留为 0%，但我建议使用 1% 之类的低值：低但存在。
- 每个因子的水平数由模型确定。 包括高阶项将需要更多的因子水平。 另一方面，如果模型相对简单，许多级别是不必要的（并且效率低下 - 信息含量低。
- 我认为我们不需要在设计中明确地将盘子上的列和行视为阻塞因素。
- 您更喜欢一次使用半个板，从每一半中减去一列用于控制运行。
- 平板上两种细胞类型的细胞编号应该相同，因此这个因素是很难改变.
- 细胞数成为整区因素。
- 其影响将以最低精度进行估计。
- 这个决定意味着你不能减少太多的盘子数量。 四个板可能是建模的实际最小值。
- 如果效果至少是标准偏差的 7 倍，则此设计可提供 80% 的功率。
- 一半板的细胞类型和血清浓度应该相同，所以这些因素都是很难改变.
- 细胞类型和血清浓度成为子图因素。
- 它们的影响将以第二低的精度进行估计。
- 如果它们的效果至少是标准偏差的 4 倍，则此设计提供相同的 80%。
- 看起来你有很多复制，但只有容易改变的因素、质粒比率、整合时间和转染后时间才能享受到这种复制。
- 我不确定复制和随机化对这些因素意味着什么，因为您可能也会在这里一次处理一个盘子或半个盘子。
以下脚本将制作我正在谈论的设计供您检查和考虑。
DOE(
Custom Design,
{Add Response( Maximize, "Dynamic Range", ., ., . ),
Add Factor( Continuous, 10000, 50000, "Cell Number", 2 ),
Add Factor( Continuous, -3, -1, "Log10 PLasmid Ratio", 0 ),
Add Factor( Continuous, 0, 4, "Serum Concentration", 1 ),
Add Factor( Categorical, {"HELA", "HEK293"}, "Cell Type", 1 ),
Add Factor( Continuous, 5000, 30000, "Integration Time", 0 ),
Add Factor( Discrete Numeric, {24, 48, 72}, "Time Post Transfection", 0 ),
Set Random Seed( 556681383 ), Number of Starts( 3 ), Add Term( {1, 0} ),
Add Term( {1, 1} ), Add Term( {2, 1} ), Add Term( {3, 1} ), Add Term( {4, 1} ),
Add Term( {5, 1} ), Add Term( {6, 1} ), Add Potential Term( {6, 2} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {2, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {3, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {4, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {5, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {6, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {3, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {4, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {5, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {6, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {4, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {5, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {6, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {5, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {6, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {6, 1} ),
Set N Whole Plots( 4 ),
Set N Subplots( 8 ),
Set Sample Size( 320 ),
Make Design,
Change Anticipated Coefficients( [1 3.5 1 2 2 1 1 1] ),
Set RMSE( 1 ),
Set Run Order( Keep the Same )}
);
我希望您对此会有疑问，但我会根据您提供的信息尽力而为。
为了清楚起见，您可以将 Whole Plots 重命名为 Plate，将 Subplots 重命名为 Half Plate。
非常感谢您的快速回复。 我一定会提供一个我正在尝试设置的实验的清晰示例，希望您能帮助我设置 DOE 作为示例。
我有一个 Nanobret 测定法，旨在测量 GR / GR 相互作用，我想首先优化动态范围。 我有一个阳性对照，在本例中是地塞米松，它应该在测定中产生最大信号，还有一个载体对照（代表测定中的基线噪声）它们是许多可能影响该测定性能的变量。 这些变量包括
1. 细胞数（续） 建议范围：5000 - 30,000
2. 质粒比（续）0.1 - 0.001
3. 血清浓度（续）0% - 4%
4. 细胞类型 (cat) HELA, HEK293
5.积分时间（续）0.1 - 2秒
6. 转染后时间（续还是猫？） 24、48、78 小时（这可以是连续的，但实验工作流程也是一个问题）
现在我在 96 孔板中工作，需要保留大约 8 个用于此板中的控件（我可以将其加倍，以便我们删除偶数列，以便在两个块中均匀地接种细胞更容易）板的其余部分可以用于 DOE。
我必须记住的一件事是实验工作流程，即。每块板几乎不可能有 20 种不同的细胞数浓度。 （它
如果每 96 孔板一次只能有两种细胞类型，那就太好了）虽然我可以将两种细胞类型接种在一块板上，但我想封闭该板，使其分成两部分（即一半的板有一个细胞另一半有另一个）血清浓度也最好保持在每块板两个（每个细胞块一个不同的浓度，但这可能更容易控制在行中）我想保持板的数量低于5 如果可能的话，但我愿意接受基于 DOE 的建议。
我希望我已经在这里清楚地列出了所有内容。 如果有人能提供一个如何最好地做到这一点的例子，尤其是牢记实验工作流程，那将非常有帮助。
我相信任何有板凳经验的人都会明白我从哪里来的这个问题。
提前致谢！
DOE 的原则在化验开发领域得到了很好的应用。 我在该领域的研发工作了 15 年，广泛使用 DOE 进行筛选和优化。 我也对缺乏关于 DOE 的学习材料感到惊讶，因为它与药物研发有关。 我还发现，我遇到的文章有一半以上是错误的或具有误导性的。 （当你的同行对这个主题也一无所知时，同行评审可能会失败。）如果你自己从一本书中学得很好，这里有一个很好的信息来源：实验的优化设计：案例研究方法彼得古斯和布拉德利琼斯。
当您说您在使用微量滴定板设置实验时遇到困难时，我相信您。 （顺便说一句，请查看 JMP 社区的文件交换区，了解我关于自定义形状文件Graph Builder！）但是你应该能够为这个设备设计一个实验。 我刚刚为具有八级分块因子的二阶多项式模型设计了一个双因子实验排和一个十二级阻塞因子上校. （参见随附的示例数据表。）设计在最后一个块中是随机的，但您可以根据需要根据您设置板的方式排列行。 请检查此示例并使用它来提出更多问题。
如果您可以分享有关您正在尝试做的事情、您遇到的困难或 JMP 失败时的具体情况的更多具体细节，这将对我们有所帮助。
