使用 JMP 14 进行重复测量方差分析的巨大 DF 分母我曾经使用 JMP 13 运行重复测量方差分析，没有出现任何问题。但现在我得到了 JMP 14 并使用相同的数据运行了方差分析，并以某种方式在“测试分母合成”下得到了“4326”作为 DF Den。在 JMP 13 中，这个值曾经是“42”，显然新的 F 比变得更大了。我不认为我所做的有什么不同（数据，如何设置），除了我现在使用 JMP 14 而不是 JMP 13，我真的不知道该怎么办。
有人可以让我知道我缺少什么吗？
谢谢你！
回复：使用 JMP 14 进行重复测量方差分析的巨大 DF 分母感谢您的回复以及对 JMP 书籍的参考。
我查了一下这本书，在第3章第197-198页发现了以下内容：
“测试分母综合
对于要测试的每个效应，构建 F 统计量。 该统计量的分母是均方，其期望是原假设下分子均方的期望。 该分母是根据与固定效应相关的方差分量和值构造或合成的。
Source 显示要测试的效果。
MS Den 给出 F 检验分母的估计均方。
DF Den 给出合成分母的自由度。 它们是使用 Satterthwaite 的方法构建的（Satterthwaite 1946）。
Denom MS 合成 给出分母合成中使用的方差分量。 残余误差方差始终是该综合的一部分。”
我还看了 Satterthwaite (1946)，但它对我来说技术性太强，无法理解。
同时，我也尝试了更多的阶乘组合。如果您可以查看附件中的图像 1-3，您会发现，当某个因素与主题交叉时，相应的 DF Den 保持独立，而其他因素的 DF Den 则被放在一起作为“Residual”。您能解释一下为什么在我的例子中会变成这样吗？
再次感谢你。
回复：使用 JMP 14 进行重复测量方差分析的巨大 DF 分母请从 JMP 内部查看帮助>图书>拟合线性模型然后是书的最后一章统计详情。 该章解释了自由度的起源。
回复：使用 JMP 14 进行重复测量方差分析的巨大 DF 分母非常感谢您非常详细的回复并尝试运行更合适的模型。
我确实同意，我一直在尝试盲目遵循该领域之前所做的事情并使用全阶乘模型，并且没有理论上的理由让实验跨越主体和所有相互作用。
但实际上我在问题 1' 中问了其他问题，所以请让我再问一遍并提供更多解释：
请比较附件中的图像 1 和图像 2ab。图 1 显示，当交叉所有可能的因子时，DF Den 列列出了不同因子的不同数字（从顶部开始：42、42、42、1050、42、42 ...），这也是我在 Unix 中得到的结果-ranova 和 SPSS （一般 Linea 模型>重复测量>全因子，SS 类型 III） 。然而，当受试者未与图像 2ab 中的其他因素交叉时，DF Den 列列出“疾病”为 42，但所有其他因素为 4326。还，图 1 的 Denom MS Synthesis 列列出了不同因子的不同因子组合，而图像 2ab 的 Denom MS Synthesis 列仅列出了除疾病之外的所有因子的“残差”。为什么会出现这样的情况呢？
再次感谢你。
回复：使用 JMP 14 进行重复测量方差分析的巨大 DF 分母我对您的所有了解（即您的背景）和您的目的都是基于此讨论、此数据集和建模尝试，因此如果我的回复涵盖了您已经知道的任何内容，请原谅我。
- 这个问题表明您在线性模型方面没有很强的背景。
- 分母的 DF 是给定实验单元的模型中观测值数量和参数数量的函数。 JMP 拟合最小二乘平台中的参数化使得分类因子的参数数量比水平数量少 1。 因此，仅包含 Channel 就花费 25 DF。 将其与其他因素交叉很快就会产生大量参数，因此 DF 会发生很大变化。
- 估计方法（EMS 或 REML）的选择也会影响分母的 DF。 这种差异就是推荐使用 REML 的原因。
- 另请注意，估计取决于数据的设计。 您是如何设计这项研究的？
- 除了使用 64 位版本而不是 32 位版本之外，无法在 JMP 内部更改 JMP 使用的内存量。 我不是 Windows 专家，所以我不知道如何从操作系统为应用程序分配更多内存。
你说你喜欢这个输出，因为它与 SPSS 和 Unix-ranova 一致。 我建议模型应该基于其自身的优点，而不是用于估计参数的软件。 在我看来，你的模型是过度指定的。
- 你的研究结构表明没有任何嵌套。 所有因素都是交叉的。 为什么要在模型规范中添加这种复杂性？
- 您指定了完整的因子模型（即所有可能的交互作用）。 这些条款合理吗？
- 你通过许多这样的互动跨越了主题。 这些条款合理吗？
- 您选择 EMS 来估计模型和方差分量。 为什么要用这种低劣的方法呢？
您是如何选择您喜欢的型号的？ 选择这个模型的依据是什么？ 模型选择过程和标准是什么？
例如，我从固定因子的完整因子模型开始，并添加主题作为随机效应。 我能够使用合理的模型选择标准（例如简约、AICc）来减少模型，
残差分析表明没有模式或异方差或缺乏拟合。 残差表明误差存在一定的右偏。 这个模型对我来说似乎很合理。 另外，我希望使用 JMP、SAS、SPSS 或 Unix-ranova 以及 REML 过程来获得与该模型相同的结果。
回复：使用 JMP 14 进行重复测量方差分析的巨大 DF 分母再次感谢您的快速回复。
我现在必须道歉。很抱歉我记错了我以前使用的型号。我发现我的旧笔记本电脑上仍然有 JMP 13（直到今年三月才好），开始使用它，最后想起我曾经输入过所有可能的因素组合，包括主题，如附图所示。通过这种方式，我可以获得我向您展示的输出，如 RepeatedMeasures.docx 文件的图像 3 所示。如果我尝试使用 REML 代替 EMS，JMP 13 会抱怨内存不足。我还尝试在我的新笔记本电脑上使用 JMP 14 运行相同的模型，但随后我收到 EMS 和 REML 的“无法分配足够的内存”错误消息。
我喜欢这个输出，因为它给出与 Unix-ranova 和 SPSS 相同的结果（通用 Linea 模型>重复测量>全阶乘，SS Type III）。作为快速修复，我可以尝试在我的旧笔记本电脑上使用 JMP 13 进行这几个月的所有分析，但我仍然对原始问题进行了修改，如下所示：
1') 为什么将所有可能的因素放入 DF Den 会发生如此大的变化（不同的因子对应不同的 DF Den，而对于除疾病之外的所有因子只有一个数字，对于 Denom MS 合成列，不同因子的不同因子组合与除疾病之外的所有因子只有“残差”）？
2') 理想情况下，我想继续在我的新笔记本电脑上使用 JMP 14 运行方差分析，但是有什么方法可以分配更多内存吗？
谢谢。
回复：使用 JMP 14 进行重复测量方差分析的巨大 DF 分母他们没有什么不同。 一点也不。
我将数据从 Excel 工作簿复制到 JMP 数据表。 我在“拟合模型”对话框中设置了与主题相同的全阶乘线性模型作为随机效应。 我使用 REML 与 JMP 14 拟合数据。 我保存了拟合最小二乘分析的脚本，然后保存了数据表。 我关闭了数据表和 JMP 14。 我启动了 JMP 13，打开数据表并运行脚本。 结果是相同的。
然后，我将拟合模型作业提交给 SAS，该作业使用 PROC MIXED。 结果是相同的。 （SAS 过程中的不同参数化除外。）
因此，所有三种分析（JMP 13、JMP 14 和 SAS 9.4）所讨论的分母的 DF 都是相同的 (4326)。
另外，正如我之前提到的，考虑到观察数量和参数估计数量，这些 DF 似乎是合理的。
回复：使用 JMP 14 进行重复测量方差分析的巨大 DF 分母再次感谢您的快速回复！
我对 Excel 与 JMP 格式感到抱歉，我可以看到，对于 REML（尽管它对 EMS 有所不同），不需要嵌套疾病内的主题。
但我原来的问题仍然存在：
1. 为什么 JMP 13 和 JMP 14 的输出如此不同？如果查看两者的检验分母综合部分，JMP 13 部分列出了不同因子的不同 DF Den，而 JMP 14 部分仅列出了除疾病 (42) 之外的所有因子的一个数字 (4326)。此外，Denom MS 综合列列出了 JMP 13 不同因子的不同因子组合，但 JMP 14 列出了除疾病之外的所有因子的“残差”。
2. 如何恢复到以前使用 JMP 13 获得的输出？我想使用 JMP 13 版本，因为它与 SPSS 和 Unix-ranova 的结果相匹配。
再次感谢你。
回复：使用 JMP 14 进行重复测量方差分析的巨大 DF 分母我认为没有必要将主题嵌套在疾病中。 我验证了没有嵌套的结果是相同的。
回复：使用 JMP 14 进行重复测量方差分析的巨大 DF 分母如果您提供了 JMP 数据表，将会很有帮助。 我必须手动恢复“拟合最小二乘法”中的元数据和模型。
回复：使用 JMP 14 进行重复测量方差分析的巨大 DF 分母我使用 JMP 14 验证了您的结果。
在我看来，几乎一半的项，所有高阶相互作用，都可以从模型中删除。
对于 F 检验的分母 (MSE) 有 4326 个自由度，我并不感到惊讶。 您从 4576 个观测值开始，您的模型包含 208 个参数。 我不明白原始分析中的 DF 为何只有 42。
回复：使用 JMP 14 进行重复测量方差分析的巨大 DF 分母这是附加的数据文件。
>非常感谢您的回复。
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>我尝试使用 REML，但结果与附图相同。
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>我想知道你是否可以尝试运行我的数据。如果你能的话，这真的会对我有帮助。我将附上>我的数据集和以下消息。谢谢你！
回复：使用 JMP 14 进行重复测量方差分析的巨大 DF 分母非常感谢您的回复。
我尝试使用 REML，但结果与附图相同。
我想知道你是否可以尝试运行我的数据。如果你能的话，这真的会对我有帮助。我将附上我的数据集和以下消息。谢谢你！
回复：使用 JMP 14 进行重复测量方差分析的巨大 DF 分母事实上，JMP 13 的结果显示 F 检验分母的分数自由度，这表明您使用 REML 来估计参数和方差。 REML 是默认（也是推荐）的过程，因此这是有道理的。 另一方面，选择 EMS 来使用 JMP 14 进行分析。 尝试将 REML 与 JMP 14 结合使用。
回复：使用 JMP 14 进行重复测量方差分析的巨大 DF 分母非常感谢您的回复。
我附上一个包含一些图像的文件。希望他们能为您提供更多信息。
图 1 显示了我如何使用 JMP 14 指定模型，图 2 显示了我现在获得的输出。我 100% 确定我使用了相同的数据集，并且 99% 确定（我无法再运行 JMP 13 来验证）我使用了相同的模型规范，但我过去常常得到如图 3 所示的输出。
我不知道为什么 DF Den 在两个版本之间如此不同，并且想知道如何恢复到我以前使用 JMP 13 获得的输出。我将衷心感谢您的帮助。谢谢你！
回复：使用 JMP 14 进行重复测量方差分析的巨大 DF 分母我们对您的数据或分析的细节了解不多，但分母 DF 的增加表明您的模型 DF 较少。 您的预测变量的项数或级别是否较少？
