在 JMP 中使用 Permanova<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />你好，
我正在尝试在 JMP 而不是 Qiime 中运行 PERMANOVA，以根据不同因素查看不同微生物样本之间群落组成的差异。 如果可能的话，我也很想学习在 JMP 中构建 PCoa 图，但这是次要的。
谢谢你！
回复：在 JMP 中使用 Permanova这方面有什么动静吗？ 很想使用 JMP，因为我很熟悉它，但需要运行 permanovas...
回复：在 JMP 中使用 Permanova任何偶然发现此讨论的人都可能会考虑对愿望清单中的项目进行投票： PERMANOVA 和 PERMDISP
谢谢，
-约翰
回复：在 JMP 中使用 Permanova作为必须运行并行操作系统来运行 PRIMER（仅限 PC）来执行 PERMANOVA 和 ANOSIM 的人，我强烈建议在未来的 JMP 版本中实施该技术！ 我觉得实现这一目标的所有主要要素都已经到位。
回复：在 JMP 中使用 Permanova谢谢克里斯，我现在已经这样做了，希望它能得到关注。
非常感谢，马克思
回复：在 JMP 中使用 Permanova这两种方法尚未在 JMP 中实现。 请将它们添加到愿望清单中，以便其他人可以对其进行投票 (Kudo)。 这将帮助开发人员优先考虑下一版本的功能。
这是愿望清单的链接：
https://community.jmp.com/t5/JMP-Wish-List/idb-p/jmp-wish-list
我同意将这两个人列入此名单会很好。
最好的，
克里斯·基希伯格
回复：在 JMP 中使用 Permanova两年后。 没有回应？
PERMANOVA 和 ANOSIM 是微生物组领域的主力。 他们需要在 JMP 中。
回复：在 JMP 中使用 Permanova谢谢伊恩，
我尝试在 JMP 而不是 Qiime 中运行 PERMANOVA，以基于不同因素来查看不同微生物样本之间群落组成的差异。 我想测试的大多数因素都是名义变量和序数变量。
Ex- 不同年龄阶段母乳喂养的婴儿微生物组与配方奶喂养的婴儿的群落组成是否不同？
喂养变量有三个名义类别“母乳”、“配方奶”和“混合物”，年龄组变量有四个级别（0-3 个月、 4-7 个月、8-11 个月或 12+ 个月）。 具体来说，我想测试母乳喂养的婴儿（0-3个月）是否与同年龄段的配方奶喂养的婴儿不同，等等。
另一个变量是家庭清洁度的序数范围 0-2。
如果可能的话，我还想测试相似性分析（ANOSIM）。
回复：在 JMP 中使用 PermanovaJMP 中没有任何内置功能可以直接与http://qiime.org/scripts/compare_categories.html （至少不详细）。但是，如果您能够提供有关您所拥有的变量的更多详细信息，我相信人们会对如何继续使用 JMP 功能提出一些建议。 通过使用 JMP 的脚本语言，各种“额外”的事情可能是可行的，但我不会以此开始。
