回复：SNP-Trait Association @Fers ，
缺失值在哪里？主要针对少数样本或少数几种基因型？SNP-Trait Association将丢弃具有缺失值的样本/基因型。 您可能希望运行标记属性以找到基因型和样本缺失的比例，然后通过减少此数字来过滤样本/基因型。
此外，您可能希望与support@jmp.com联系，以帮助查找是否由于缺少的值与在稀有特征或其中一个协变量中找到相关。
您还可以使用分析下的JMP分发平台或使用JMP Genomics中的标记属性过程来分析缺失值，然后查看样本/标记相对于特征/协变量的分布。
回复：SNP-Trait Association @Fers ，
另一个想法是，如果需要那些标记和样本，您可以使用最近邻居来估算基因型。在JMP Genomics 9中添加了这个过程，可以在Genetics Utilities下找到。鉴于遗传基因型的比例相对于基因型总数而言较小，这可能是有帮助的。 还要考虑，由于阵列或排序错误，这些缺失值是什么？或者它们是否具有某些特殊含义（不是信息，变量可以调用等）？
回复：SNP-Trait Association基因型数据已被估算，因此缺失不是问题。但我有45个缺失表型的样本。我已经尝试删除缺少值的样本，似乎我有其他麻烦。
错误：PROC GLIMMIX没有对性状Shr的基因型检测产生任何估计
谢谢
回复：SNP-Trait Association您好 @Fers ，
我现在会联系support@jmp.com，他们应该能够帮助解决你仍然收到错误的原因。 请告诉他们您正在使用JMP Genomics，哪个版本和您的站点号码，以便他们确保您找到正确的人。
对不起，我无法提供更多帮助。
SNP特质协会我有一个约4k个个体，约有40k个SNP基因型。我的表型是一个二进制特征。大多数个人的得分为0，只有九个人的得分为1，遗漏值是41。我正在尝试通过使用JMP Genomics中的SNP-Trait Association选项将6个协变量也拟合为随机效应。我收到以下错误消息。
错误：PROC GLIMMIX没有为丝状性状的基因型测试生成任何估计。可能会丢失过多的数据，或者对比度可能无法估计。请查看日志以获取更多详细信息。
该算法是否允许缺失值？
谢谢
分析工具
