Re: SNP-Trait Association @Fers .
Wo sind die fehlenden Werte? Hauptsächlich für ein paar Proben oder für ein paar Genotypen? SNP-Trait Association wird Proben / Genotypen mit fehlenden Werten löschen. Sie können Markereigenschaften ausführen, um die fehlenden Eigenschaften von Genotypen und Samples zu finden, und dann Samples / Genotypes filtern, indem Sie diese Anzahl reduzieren.
Möglicherweise möchten Sie auch eine Verbindung mit support@jmp.com herstellen, um herauszufinden, ob dies darauf zurückzuführen ist, dass die fehlenden Werte in der seltenen Eigenschaft oder einer der Kovariaten enthalten sind.
Sie können dies auch mithilfe der JMP-Distributionsplattform unter Analyse untersuchen oder den Prozess Markereigenschaften in JMP Genomics verwenden, um die fehlenden Werte zu isolieren und anschließend die Verteilung der Stichproben / Marker-Verwandten zu den Merkmalen / Kovariaten zu untersuchen.
Re: SNP-Trait Association @Fers .
Ein weiterer Gedanke ist, dass, wenn diese Marker und Proben vorhanden sein müssen, der Genotyp mit den nächsten Nachbarn berechnet werden kann. In JMP Genomics 9 wurde dieser Prozess hinzugefügt und kann unter Genetics Utilities gefunden werden. Dies kann hilfreich sein, da der Anteil fehlender Genotypen im Verhältnis zur Gesamtzahl der Genotypen gering ist. Zu berücksichtigen sind auch diese fehlenden Werte aufgrund von Array- oder Sequenzierungsfehlern? Oder haben sie eine besondere Bedeutung (nicht genügend Informationen, um Variablen anzurufen usw.)?
Re: SNP-Trait AssociationDie genotypischen Daten sind bereits unterstellt, weshalb das Fehlen kein Thema ist. Aber ich habe 45 Proben mit fehlendem Phänotyp. Ich habe bereits versucht, die Samples mit fehlenden Werten zu entfernen, und es scheint, dass ich andere Probleme habe.
FEHLER: PROC GLIMMIX hat keine Schätzungen für den Genotyp-Test für Merkmal Shr
Vielen Dank
Re: SNP-Trait AssociationHALLO @Fers .
Ich würde mich an dieser Stelle an support@jmp.com wenden, und sie sollten in der Lage sein, bei der Problembehandlung zu helfen, warum Sie immer noch einen Fehler erhalten. Bitte teilen Sie ihnen mit, dass Sie JMP Genomics verwenden, welche Version und Ihre Site-Nummer, damit Sie sicherstellen können, dass Sie die richtige Person erreichen.
Entschuldigung, ich könnte nicht mehr helfen.
SNP-Trait AssociationIch habe eine Population von ~ 4k Individuen, die mit ~ 40k SNPs genotypisiert wurden. Mein Phänotyp ist ein binäres Merkmal. Die meisten Personen haben Punktzahl 0 und nur neun Personen haben Punktzahl 1 und 41 fehlende Werte. Ich versuche, auch 6 Kovariaten als zufällige Effekte mithilfe der Option SNP-Trait Association in JMP Genomics anzupassen. Ich erhalte die folgende Fehlermeldung.
FEHLER: PROC GLIMMIX hat keine Schätzungen für den Genotyp-Test für das Merkmal Shredded generiert. Möglicherweise fehlen übermäßig viele Daten, oder der Kontrast ist nicht schätzbar. Weitere Informationen finden Sie im Protokoll.
Erlaubt der Algorithmus fehlende Werte?
Vielen Dank
Analytik
