Re: Association SNP-Trait @Fers ,
Où sont les valeurs manquantes? Principalement pour quelques échantillons ou pour quelques génotypes? La SNP-Trait Association supprimera les échantillons / génotypes pour lesquels des valeurs sont manquantes. Vous voudrez peut-être exécuter les propriétés du marqueur pour trouver la proposition manquante de génotypes et d'échantillons, puis filtrer les échantillons / génotypes en réduisant ce nombre.
Vous pouvez également vous connecter à support@jmp.com pour vous aider à déterminer si cela est dû aux valeurs manquantes liées au fait d'être trouvé dans le trait rare ou dans l'une des covariables.
Vous pouvez également explorer cela en utilisant la plate-forme de distribution de JMP sous Analyse ou utiliser le processus Propriétés du marqueur dans JMP Genomics pour isoler les valeurs manquantes, puis examiner la distribution des échantillons / marqueurs associés aux traits / covariables.
Re: Association SNP-Trait @Fers ,
Une autre idée est que si ces marqueurs et échantillons doivent être présents, vous pouvez imputer le génotype en utilisant les voisins les plus proches. Dans JMP Genomics 9, ce processus a été ajouté et se trouve dans Genetics Utilities. Cela pourrait être utile étant donné que la proportion de génotypes manquants est faible par rapport au nombre total de génotypes. De plus, ces valeurs manquantes sont-elles dues à des erreurs de tableau ou de séquençage? Ou ont-ils une signification particulière (informations insuffisantes, variables à appeler, etc.)?
Re: Association SNP-TraitLes données génotypiques sont déjà imputées, les données manquantes ne sont donc pas un problème. Mais j'ai environ 45 échantillons avec un phénotype manquant. J'ai déjà essayé en supprimant les échantillons avec les valeurs manquantes et il semble que j'ai d'autres problèmes.
ERREUR: PROC GLIMMIX n'a généré aucune estimation pour le test de génotype du trait Shr.
Merci
Re: Association SNP-TraitSALUT @Fers ,
Je voudrais contacter support@jmp.com à ce stade et ils devraient être en mesure de vous aider à résoudre pourquoi vous obtenez toujours une erreur. Indiquez-leur que vous utilisez JMP Genomics, quelle version et votre numéro de site vous permettront de vous assurer de contacter la bonne personne.
Désolé je ne pourrais pas être plus d'aide.
Association SNP-TraitJ'ai une population d'environ 4k individus génotypés avec ~ 40k SNP. Mon phénotype est un trait binaire. La plupart des individus ont un score de 0 et seulement neuf individus ont un score de 1 et 41 valeurs manquantes. J'essaie d'ajuster également 6 covariables comme effets aléatoires en utilisant l'option SNP-Trait Association dans JMP Genomics. Je reçois le message d'erreur suivant.
ERREUR: PROC GLIMMIX n'a généré aucune estimation pour le test génotype du caractère déchiqueté. Il peut y avoir des données manquantes excessives ou le contraste peut être non estimable. Veuillez consulter le journal pour plus de détails.
L'algorithme autorise-t-il les valeurs manquantes?
Merci
Analytique
