回复：SNP-Trait Association @Fers ，
缺失值在哪裡？主要針對少數樣本或少數幾種基因型？SNP-Trait Association將丟棄具有缺失值的樣本/基因型。 您可能希望運行標記屬性以找到基因型和样本缺失的比例，然後通過減少此數字來過濾樣本/基因型。
此外，您可能希望與support@jmp.com聯繫，以幫助查找是否由於缺少的值與在稀有特徵或其中一個協變量中找到相關。
您還可以使用分析下的JMP分發平台或使用JMP Genomics中的標記屬性過程來分析缺失值，然後查看樣本/標記相對於特徵/協變量的分佈。
回复：SNP-Trait Association @Fers ，
另一個想法是，如果需要那些標記和样本，您可以使用最近鄰居來估算基因型。在JMP Genomics 9中添加了這個過程，可以在Genetics Utilities下找到。鑑於遺傳基因型的比例相對於基因型總數而言較小，這可能是有幫助的。 還要考慮，由於陣列或排序錯誤，這些缺失值是什麼？或者它們是否具有某些特殊含義（不是信息，變量可以調用等）？
回复：SNP-Trait Association基因型數據已被估算，因此缺失不是問題。但我有45個缺失表型的樣本。我已經嘗試刪除缺少值的樣本，似乎我有其他麻煩。
錯誤：PROC GLIMMIX沒有對性狀Shr的基因型檢測產生任何估計
謝謝
回复：SNP-Trait Association您好 @Fers ，
我現在會聯繫support@jmp.com，他們應該能夠幫助解決你仍然收到錯誤的原因。 請告訴他們您正在使用JMP Genomics，哪個版本和您的站點號碼，以便他們確保您找到正確的人。
對不起，我無法提供更多幫助。
SNP特質協會我有一個約4k個個體，約有40k個SNP基因型。我的表型是一個二進制特徵。大多數個人的得分為0，只有九個人的得分為1，遺漏值是41。我正在嘗試通過使用JMP Genomics中的SNP-Trait Association選項將6個協變量也擬合為隨機效應。我收到以下錯誤消息。
錯誤：PROC GLIMMIX沒有為絲狀性狀的基因型測試生成任何估計。可能會丟失過多的數據，或者對比度可能無法估計。請查看日誌以獲取更多詳細信息。
該算法是否允許缺失值？
謝謝
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