Re: SNP-Trait Association @Fers ,
¿Dónde están los valores que faltan? ¿Principalmente para algunas muestras o para algunos genotipos? SNP-Trait Association eliminará muestras / genotipos que tienen valores faltantes. Es posible que desee ejecutar Propiedades de marcador para encontrar la proposición faltante de genotipos y muestras y luego filtrar muestras / genotipos reduciendo este número.
Además, es posible que desee conectarse con support@jmp.com para ayudar a encontrar si esto se debe a que los valores faltantes se relacionan con el rasgo raro o una de las covariables.
También puede explorar esto utilizando la plataforma de distribución de JMP en Análisis o usar el proceso de Propiedades de marcador en JMP Genomics para aislar los valores faltantes y luego observar la distribución de las muestras / marcadores relacionados con el rasgo / covariables.
Re: SNP-Trait Association @Fers ,
Otro pensamiento es que si esos marcadores y muestras deben estar allí, puede imputar el genotipo utilizando vecinos más cercanos. En JMP Genomics 9, este proceso se agregó y se puede encontrar en Genetics Utilities. Esto podría ser útil dado que la proporción de genotipos faltantes es pequeña en relación con el número total de genotipos. También a considerar, ¿estos valores faltantes se deben a errores de matriz o de secuencia? ¿O tienen algún significado especial (no hay suficiente información, a variable para llamar, etc.)?
Re: SNP-Trait AssociationLos datos genotípicos ya están imputados, por lo que faltar no es un problema. Pero tengo alrededor de 45 muestras con fenotipo faltante. Ya lo intenté eliminando las muestras con valores faltantes y parece que tengo otros problemas.
ERROR: PROC GLIMMIX no generó estimaciones para la prueba de genotipo para el rasgo Shr
Gracias
Re: SNP-Trait AssociationHOLA @Fers ,
Me pondré en contacto con support@jmp.com en este punto y deberían poder ayudar a solucionar por qué todavía está recibiendo un error. Hágales saber que está usando JMP Genomics, la versión y el número de su sitio, para que puedan asegurarse de llegar a la persona correcta.
Perdón por no haber podido ser de más ayuda.
Asociación SNP-TraitTengo una población de ~ 4k individuos genotipados con ~ 40k SNP. Mi fenotipo es un rasgo binario. La mayoría de las personas tienen una puntuación de 0 y solo nueve personas tienen una puntuación de 1 y 41 valores perdidos. Estoy tratando de ajustar también 6 covariables como efectos aleatorios usando la opción SNP-Trait Association en JMP Genomics. Recibo el siguiente mensaje de error.
ERROR: PROC GLIMMIX no generó estimaciones para la prueba de genotipo para el rasgo Triturado. Puede haber demasiados datos faltantes o el contraste puede no ser estimable. Consulte el registro para obtener más detalles.
¿El algoritmo permite valores perdidos?
Gracias
Analítica
