Re: SNP-Trait Association @Fers ,
Dove sono i valori mancanti? Principalmente per alcuni campioni o in alcuni genotipi? Associazione SNP-Trait eliminerà campioni / genotipi con valori mancanti. Potresti voler eseguire Marker Properties per trovare la donazione mancante di Genotypes e Samples e quindi filtrare Samples / Genotypes riducendo questo numero.
Inoltre, potresti voler connetterti con support@jmp.com per aiutare a scoprire se questo è dovuto al fatto che i valori mancanti sono correlati alla presenza nel tratto raro o in una delle covariate.
È inoltre possibile esplorare questo utilizzando la piattaforma di distribuzione di JMP in Analisi o utilizzare il processo Proprietà marcatore in Genomics JMP per isolare i valori mancanti e quindi esaminare la distribuzione dei parenti campioni / marcatori al tratto / covariate.
Re: SNP-Trait Association @Fers ,
Un altro pensiero è che se quei marcatori e campioni devono essere lì, puoi imputare il genotipo usando vicini più vicini. In JMP Genomics 9 questo processo è stato aggiunto e può essere trovato in Genetics Utilities. Questo potrebbe essere utile dato che la proporzione di genotipi mancanti è piccola rispetto al numero totale di genotipi. Inoltre, considerare questi valori mancanti a causa di errori di allineamento o sequenza? O hanno qualche significato speciale (non abbastanza informazioni, variabili da chiamare, ecc.)?
Re: SNP-Trait AssociationI dati genotipici sono già imputati, quindi la mancanza non è un problema. Ma ho scoperto 45 campioni con fenotipo mancante. Ho già provato rimuovendo i campioni con valori mancanti e sembra che abbia altri problemi.
ERRORE: PROC GLIMMIX non ha generato stime per il test Genotype per il tratto Shr
Grazie
Re: SNP-Trait AssociationCIAO @Fers ,
Vorrei contattare support@jmp.com a questo punto e dovrebbero essere in grado di aiutare a risolvere il problema per cui si sta ancora ottenendo un errore. Fai sapere loro che stai usando JMP Genomics, quale versione e numero del tuo sito in modo che possano essere sicuri di raggiungere la persona giusta.
Scusa, non potrei essere più d'aiuto.
Associazione SNP-TraitHo una popolazione di ~ 4k individui genotipizzati con ~ 40k SNP. Il mio fenotipo è un tratto binario. La maggior parte delle persone ha un punteggio 0 e solo nove hanno un punteggio 1 e 41 valori mancanti. Sto cercando di adattare anche 6 covariate come effetti casuali utilizzando l'opzione SNP-Trait Association in JMP Genomics. Ricevo il seguente messaggio di errore.
ERRORE: PROC GLIMMIX non ha generato stime per il test del genotipo per il tratto Shredded. Potrebbe esserci un numero eccessivo di dati mancanti o il contrasto potrebbe non essere stimabile. Si prega di consultare il registro per maggiori dettagli.
L'algoritmo consente valori mancanti?
Grazie
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