再：SNP-形質アソシエーション @Fers 、
欠損値はどこにありますか？主にいくつかのサンプルまたはいくつかの遺伝子型のために？SNP-Trait Associationは、欠損値があるサンプル/遺伝子型を削除します。 Marker Propertiesを実行して、GenotypesとSamplesの足りない提案を見つけ、この数を減らしてSamples / Genotypesをフィルタリングします。
また、support @ jmp.comに連絡して、これが欠けている値がまれな特性または共変量の1つに見られることに関連しているためであるかどうかを見つけるのを助けることをお勧めします。
また、AnalysisのJMPの配布プラットフォームを使用してこれを調べるか、JMP GenomicsのMarker Propertiesプロセスを使用して欠損値を特定し、特性/共変量に対するサンプル/マーカーの相対分布を調べることもできます。
再：SNP-形質アソシエーション @Fers 、
別の考えは、それらのマーカーとサンプルがそこにある必要があるならば、あなたが最も近い隣人を使って遺伝子型を帰属することができるということです。JMP Genomics 9では、このプロセスが追加され、Genetics Utilitiesの下にあります。欠けている遺伝子型の割合が遺伝子型の総数に比べて小さい場合、これは役立つかもしれません。 また、考慮すべきこととして、これらの欠損値は配列エラーまたはシーケンスエラーによるものですか。それとも、それらは何らかの特別な意味を持っていますか（十分な情報ではない、呼び出すための変数など）。
再：SNP-形質アソシエーション遺伝子型データはすでに代入されているので、欠けていても問題ありません。しかし、私は欠けている表現型を持つ45のサンプルを集めました。欠損値のあるサンプルを削除してみましたが、他にも問題があるようです。
エラー：PROC GLIMMIXは特性Shrのジェノタイプテストの推定値を生成しませんでした
ありがとう
再：SNP-形質アソシエーションこんにちは @Fers 、
私はこの時点でsupport@jmp.comに連絡します、そして、彼らはあなたがまだエラーを得ている理由を解決するのを助けることができるはずです。 あなたがJMP Genomicsを使用していること、どのバージョンおよびあなたのサイト番号を使用しているのかを彼らに知らせてください。
すみません、私はそれ以上の助けになることができませんでした。
SNP-形質協会私には、約4万のSNPでジェノタイピングされた約4千の個人がいます。私の表現型は二元的な特徴です。ほとんどの個人のスコアは0で、スコア1の個人は9人だけで、欠測値は41です。JMPゲノミクスのSNP-TraitAssociationオプションを使用して、6つの共変量も変量効果として適合させようとしています。次のエラーメッセージが表示されます。
エラー：PROC GLIMMIXは、形質シュレッドの遺伝子型テストの推定値を生成しませんでした。データが過剰に欠落しているか、コントラストが推定できない可能性があります。詳細については、ログを参照してください。
アルゴリズムは欠測値を許可しますか？
ありがとう
分析
