재 : SNP - 특성 협회 @Fers ,
누락 된 값은 어디에 있습니까? 주로 몇 가지 샘플 또는 몇 가지 genotypes 들어? SNP-Trait Association은 누락 된 값이있는 표본 / 유전자형을 삭제합니다. Genotypes and Samples의 누락 된 propotion을 찾기 위해 Marker Properties를 실행하고이 수를 줄임으로써 Samples / Genotypes를 필터링 할 수 있습니다.
또한 희귀 형질 또는 공변량 중 하나에서 발견 된 값과 관련이없는 누락 된 값으로 인해 찾을 수 있도록 support@jmp.com에 연결할 수도 있습니다.
또한 분석 아래에있는 JMP의 배포판을 사용하여 이것을 탐색하거나 JMP Genomics의 Marker Properties 프로세스를 사용하여 누락 된 값을 분리 한 다음 특성 / 공변량에 대한 샘플 / 마커 친척의 분포를 관찰 할 수 있습니다.
재 : SNP - 특성 협회 @Fers ,
또 다른 생각은 마커와 표본이 있어야 할 경우 가까운 이웃을 사용하여 유전자형을 추정 할 수 있다는 것입니다. JMP Genomics 9에서는이 프로세스가 추가되었으며 Genetics Utilities에서 찾을 수 있습니다. 누락 된 유전자형의 비율이 유전자형의 총 수에 비해 적은 경우에 도움이 될 수 있습니다. 또한 배열이나 시퀀싱 오류로 인해 누락 된 값이 있습니까? 아니면 그들은 특별한 의미를 지니고 있는가? (정보가 충분하지 않고, 전화 할 변수가 있는가?)
재 : SNP - 특성 협회유전자형 데이터는 이미 귀속되어 있으므로 누락은 문제가되지 않습니다. 그러나 나는 표현형이 빠진 45 개의 샘플을 가지고있다. 이미 값이 누락 된 샘플을 제거하여 시도한 결과 다른 문제가있는 것으로 보입니다.
오류 : PROC GLIMMIX는 형질 Shr에 대한 유전자형 검사에 대한 추정치를 생성하지 않았습니다.
감사
재 : SNP - 특성 협회안녕하세요 @Fers ,
이 시점에서 support@jmp.com에 연락하면 오류가 계속 발생하는 이유를 해결하는 데 도움이 될 것입니다. JMP Genomics, 버전 및 사이트 번호를 사용하고 있음을 알려줌으로써 정확한 사람을 찾을 수 있도록하십시오.
미안해 더 도움이되지 못해.
SNP- 특성 협회나는 ~ 40k SNP로 유전자형을 가진 ~ 4k 개체를 가지고있다. 내 표현형은 이원 적 특성입니다. 대부분의 개인은 0 점을 가지고 있으며 9 명의 개인 만이 1 점, 41 개의 결 측값을가집니다. JMP Genomics에서 SNP-Trait Association 옵션을 사용하여 6 개의 공변량도 무작위 효과로 맞추려고합니다. 다음과 같은 오류 메시지가 나타납니다.
오류 : PROC GLIMMIX는 파쇄 된 형질에 대한 유전자형 테스트에 대한 추정치를 생성하지 않았습니다. 누락 된 데이터가 너무 많거나 대비를 예측할 수 없습니다. 자세한 내용은 로그를 참조하십시오.
알고리즘이 결 측값을 허용합니까?
감사
해석학
