嵌套變量總是隨機效應嗎？背景：我目前正在分析一項實驗的數據，在該實驗中，我連續給蟻群餵食經過處理或未經處理的飲食一個月，然後在實驗結束時測量每個蟻群的個體後代的體重。 因為每個群體只連續餵食一種飲食，所以在我看來，每個群體都是嵌套的正在治療中。
問題：我如何將集落作為隨機或固定效應納入治療下，對分析的統計結果有重大影響（參見輸出）。 [處理下的菌落嵌套]應該是固定效應還是隨機效應？
雖然關於固定效應與隨機效應問題的爭論似乎有些爭議，但最一致的答案似乎是嵌套應該始終以隨機方式運行，而無需太多討論為什麼替代方案總是錯誤的：
如果 JMP 違背傳統觀念，為什麼 JMP 會提供將嵌套包含為固定選項的選項？
從全球數據集來看，很明顯存在治療效果，但其中一個菌落似乎未受到治療的影響（見圖）。 這讓我認為，治療效果存在一個菌落，一些菌落對治療更耐受，而另一些則不然。 我知道，通過非因子設計（無交叉），我無法在統計上證明這一點。 通過固定模型，我了解了嵌套集落處理和處理本身的重要性。 當隨機運行時，我失去了治療變量的顯著性。 我不明白在這樣的情況下如何將群體的隨機效應與治療效應分開。 在我因我的非因子設計而受到批評之前，我要說的是，在這種類型的研究中，沒有實際的方法可以交叉。
預先感謝您的任何意見或建議！
喬
回复：嵌套變量總是隨機效應嗎？因為我們正在觀察群體後代對發育暴露的反應，所以在治療期間需要一個具有產蛋蜂王的穩定群體。 對一部分成年工蜂進行測試不會得到同樣的問題，而分裂一個群體最終將需要兩個不同的蟻后，從而導致群體具有不同的基因。 每個菌落只能分配一種處理（嵌套），並且每個菌落也不同。 替代方案會更加複雜（而且$$）。
回复：嵌套變量總是隨機效應嗎？假設您正在查看是否尺寸殖民地的地位很重要。還假設您只知道每種食物類型中的相對菌落大小。想像一下，您從兩個起始菌落開始，每種食物類型一個，但您不知道它們的大小。然後將每個發酵劑分為 1/2、1/4、1/8...，並將每個序列的菌落分配給每種食物類型。在我看來，每種食物類型都會產生嵌套的序數效應。人們可能可以進行類似的實驗，其中在實驗中使用兩個連續測量設備，並且它們的相對尺度不相關。這將為您提供一個嵌套的連續因子。我記得JMP不允許連續因子嵌套。
回复：嵌套變量總是隨機效應嗎？您可以將每個蟻群的螞蟻樣本分開，然後對每個分區進行處理以實現交叉結構，不是嗎？
回复：嵌套變量總是隨機效應嗎？不，嵌套效果不必是隨機的。 不過，“專家”認為固定嵌套效應不可能性的領域可能無法提供示例。
是的，如果菌落代表菌落群體的樣本，那麼在您的情況下應該將其建模為隨機效應。
關於你的結論，“從全球範圍來看數據集，很明顯存在治療效果，但似乎其中一個菌落未受到治療的影響（見圖）， “我認為你混淆了固定效應（治療）和隨機效應（群體）。 隨機效應與變異有關。 固定效應大約是均值。
