こんにちは、
PCAを異なるサンプルサイズで実行することが統計的に正しいかどうかを知りたいですか?私の考えは、グループ間のサンプル数の違いはPCAの実行には関係ないということです。
PCAでサンプルサイズが等しくなくても問題ありません。