VIF accettabile per il fattore Plot completo in una progettazione Split-Plot?<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />Ciao, mi sto preparando per iniziare il programma del mio master e voglio essere il più preparato possibile nel progettare, implementare e analizzare i miei esperimenti. Cercherò la degradazione biologica di una sostanza cancerogena nota come aflatossina B1. A causa della natura del mio esperimento, ho un fattore difficile da cambiare e lavorerò con un progetto a trama divisa. Ho generato numerosi progetti utilizzando diversi numeri di esecuzioni, interi grafici e livelli di ciascun fattore; l'obiettivo è di massimizzare la potenza e minimizzare la varianza. Ho visto in letteratura, e mi è stata data una guida, che ognuno dei miei fattori dovrebbe avere un potere> 0,8 in un esperimento biologico e ho valutato la qualità dei miei disegni in parte basata su quell'informazione. In ogni caso, ho generato un progetto fattibile in cui il mio intero fattore di trama è 0.923 e tutti gli altri fattori fino all'interazione di secondo livello sono 1.
La mia preoccupazione si trova con il VIF = 12,37 dell'intero fattore di trama (tutti gli altri VIF per i fattori di sottotrama e le interazioni di secondo livello sono compresi tra 1 e 1,72). In altri progetti che ho creato il VIF per l'intero fattore di trama è stato tra 15 e 45. Dalla letteratura che ho incontrato (che è limitata da tutti i conti), il VIF più alto accettabile è 10, che indica una multicolinearità di 0,1. Questa aspettativa è vera nei progetti a trama divisa, o è inteso che il VIF sarà più alto? Questo è compensato usando il GLS vs. Approccio OLS, ed è quello rilevato automaticamente in JMP quando si adatta Y per X? Qualsiasi aiuto è apprezzato!
Fattore | genere | Basso livello | Livello centrale | Alto livello |
Temperatura di incubazione | Hard-a-change | 20 ° C | 24 ° C | 28 ° C |
Concentrazione di aflatossina | Facile da sostituire | 0 ppb | 5000 ppb | 10000 ppb |
Legno in substrato | Facile da sostituire | 0% | 15% | 30% |
Inoculato con P. ostreatus | Facile da sostituire | No | N / A | sì |
Design sperimentale:
- Progetto Split-plot: N = 144
- 16 lotti interi - ogni trama intera è una camera di incubazione impostata a una temperatura specifica.
- 9 sottotrame in ogni trama intera - ogni sottotrama è una busta di polipropilene contenente 100 g di substrato.
Ri: VIF accettabile per il fattore Plot intero in una progettazione Split-Plot?Il 6: 3: 7 è più efficiente della disposizione 6: 4: 6, poiché è più vicino al 2: 1: 2 del design di un punto centrale. Ad ogni modo, questo spiegherebbe perché il VIF per l'intera trama è dell'ordine di 10-50, piuttosto che dell'infinito (che sarebbe la mia aspettativa se non ci fossero livelli di trattamento dell'intera trama). Sottotrama significa fare molto per spiegare la variabilità dei mezzi di trama nei tuoi dati.
Steve Denham
Ri: VIF accettabile per il fattore Plot intero in una progettazione Split-Plot?Sono a temperature diverse. Il modo in cui è stato progettato l'esperimento, ho 6 incubatori a 20 ° C, 3 a 24 ° C e 7 a 28 ° C. Sembra che abbia più senso avere 6 a 20C, 4 a 24C e 6 a 28C, ma non è così che JMP lo ha generato. In ogni caso, gli enzimi operano in modo più o meno efficiente a diverse temperature e vogliamo sapere se ciò modificherà la capacità di degradare la sostanza in questione. Se fossero tutti uguali, avrei optato per la progettazione fattoriale completa e sarei stato in grado di ridurre drasticamente il numero di corse necessarie.
Ri: VIF accettabile per il fattore Plot intero in una progettazione Split-Plot?Nessun problema, e voglio essere più chiaro di me. In primo luogo, ho appena visto la formula per il calcolo di VIF e ho notato che c'era una dipendenza automatica se il null fosse vero (tutti i mezzi di sottotrama avrebbero sempre predetto perfettamente l'intera trama). Così, ho fatto il salto della fede (non sempre una buona idea, soprattutto con i comitati di laurea) che ci si aspetterebbero grandi VIF a causa del design.
Passiamo ora ad un'altra domanda (di nuovo solo come gli esami di qualificazione). Le trame complete, le 16 camere, tutte alla stessa temperatura, o 8 a 2 o 4 a 4? Il motivo per cui lo chiedo è che se sono tutti impostati su stesso temperatura, dovresti probabilmente considerare l'intera trama come un effetto casuale, e quindi VIF è privo di significato.
Steve Denham
Ri: VIF accettabile per il fattore Plot intero in una progettazione Split-Plot?Grazie, Steve. Conosci qualche letteratura che sosterrebbe questa idea, o si presume che sia noto che non sto dando un senso a causa della mia mancanza di esperienza? Probabilmente puoi capire che voglio avere una difesa definitiva nel caso in cui questo venga messo in discussione dal mio comitato di specializzazione. Stai dicendo che c'è sempre una perfetta collinearità tra interi mezzi della trama, o nel mio caso particolare? Sto lavorando sodo per ottenere una migliore comprensione di questi concetti e sono frustrato con me stesso che non ne ho la padronanza. Sto leggendo libri e articoli (Goos, Jones, Montgomery, ecc.) E guardando incessantemente le lezioni statistiche e biostatistiche. Ho avuto solo l'opportunità di avere una classe biostatica di base sotto la cintura, dove il concetto più avanzato era ANOVA a una via e non abbiamo nemmeno separato i mezzi. Scuse, scuse, ma mi scuso per non averlo ancora capito.
Ri: VIF accettabile per il fattore Plot intero in una progettazione Split-Plot?In una trama divisa, in assenza di differenze nei mezzi, si avrebbe una collinearità perfetta tra i mezzi della trama. Personalmente, non penso che l'esame del VIF per interi complotti in un progetto di trama divisa sia significativo.
Steve Denham
