17240_es-ES

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Regresión de haplotipos<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />

Estoy ejecutando la función de regresión de haplotipos y no tengo claro exactamente cómo interpretar los archivos de salida. Lo que más me interesa es determinar la media de los rasgos para cada haplotipo. En la ventana de salida de SAS me dan valores estimados para cada haplotipo. Todos estos valores son negativos para todos los haplotipos en la prueba general, mientras que algunos son negativos para algunos haplotipos y positivos para otros en las pruebas individuales. Cualquier ayuda sería apreciada. Adjunto la salida a continuación:

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                            Examen general 16:33 lunes 29 de febrero de 2016 20

-------------------------------------------------- ----------- Ventana = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         El procedimiento GLM

                                              Número de observaciones Leer 132

                                              Cantidad de observaciones utilizadas 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                            Examen general 16:33 lunes 29 de febrero de 2016 21

-------------------------------------------------- ----------- Ventana = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         El procedimiento GLM

                                                  Variable Dependiente: PSS_2013  

                                                                La suma de

                        Fuente DF Cuadrados significa Cuadrado F Valor Pr> F

                        Modelo 7 0.57061574 0.08151653 5.13 <.0001

                        Error 124 1.97091759 0.01589450                    

                        Total Corregido 131 2.54153333                                    

                                       R-Square Coeff Var Root MSE PSS_2013 Media

                                       0.224516 59.09690 0.126073 0.213333

                        Fuente DF Tipo I SS Signo cuadrado F Valor Pr> F

                        H1 1 0.04265381 0.04265381 2.68 0.1039

                        H2 1 0.01099720 0.01099720 0.69 0.4071

                        H3 1 0.15427488 0.15427488 9.71 0.0023

                        H4 1 0.15181720 0.15181720 9.55 0.0025

                        H5 1 0.13429041 0.13429041 8.45 0.0043

                        H6 1 0.07494326 0.07494326 4.72 0.0318

                        H7 1 0.00163899 0.00163899 0.10 0.7487

                        Fuente DF Tipo III SS Media Cuadrada F Valor Pr> F

                        H1 1 0.00756075 0.00756075 0.48 0.4917

                        H2 1 0.03763456 0.03763456 2.37 0.1264

                        H3 1 0.29761793 0.29761793 18.72 <.0001

                        H4 1 0.24398325 0.24398325 15.35 0.0001

                        H5 1 0.17124082 0.17124082 10.77 0.0013

                        H6 1 0.07487811 0.07487811 4.71 0.0319

                        H7 1 0.00163899 0.00163899 0.10 0.7487

                        Contraste DF Contraste SS Valor medio cuadrado F Valor Pr> F

                        Total 7 0.57061574 0.08151653 5.13 <.0001

                                                                   Estándar

                                 Parámetro Error de estimación t Valor Pr> | t |

                                 Intercepción 0.2890451760 0.02424577 11.92 <.0001

                                 H1 -.0302601288 0.04387445 -0.69 0.4917

                                 H2 -.0674181711 0.04381340 -1.54 0.1264

                                 H3 -.1993103565 0.04605998 -4.33 <.0001

                                 H4 -.2019650826 0.05154893 -3.92 0.0001

                                 H5 -.1608493234 0.04900484 -3.28 0.0013

                                 H6 -.1115559265 0.05139710 -2.17 0.0319

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                            Examen general 16:33 lunes 29 de febrero de 2016 22

-------------------------------------------------- ----------- Ventana = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         El procedimiento GLM

                                                  Variable Dependiente: PSS_2013  

                                                                   Estándar

                                 Parámetro Error de estimación t Valor Pr> | t |

                                 H7 -.0151106871 0.04705650 -0.32 0.7487

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Prueba para el haplotipo 1 16:33 lunes 29 de febrero de 2016 23

-------------------------------------------------- ----------- Ventana = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         El procedimiento GLM

                                              Número de observaciones Leer 132

                                              Cantidad de observaciones utilizadas 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Prueba para el haplotipo 1 16:33 lunes 29 de febrero de 2016 24

-------------------------------------------------- ----------- Ventana = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         El procedimiento GLM

                                                  Variable Dependiente: PSS_2013  

                                                                La suma de

                        Fuente DF Cuadrados significa Cuadrado F Valor Pr> F

                        Modelo 1 0.04265381 0.04265381 2.22 0.1387

                        Error 130 2.49887952 0.01922215                    

                        Total Corregido 131 2.54153333                                    

                                       R-Square Coeff Var Root MSE PSS_2013 Media

                                       0.016783 64.98936 0.138644 0.213333

                        Fuente DF Tipo I SS Signo cuadrado F Valor Pr> F

                        H1 1 0.04265381 0.04265381 2.22 0.1387

                        Fuente DF Tipo III SS Media Cuadrada F Valor Pr> F

                        H1 1 0.04265381 0.04265381 2.22 0.1387

                        Contraste DF Contraste SS Valor medio cuadrado F Valor Pr> F

                        H1 1 0.04265381 0.04265381 2.22 0.1387

                                                                   Estándar

                                 Parámetro Error de estimación t Valor Pr> | t |

                                 Intercepción 0.2058495133 0.01307144 15.75 <.0001

                                 H1 0.0604036959 0.04054951 1.49 0.1387

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Prueba para haplotipo 2 16:33 lunes 29 de febrero de 2016 25

-------------------------------------------------- ----------- Ventana = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         El procedimiento GLM

                                              Número de observaciones Leer 132

                                              Cantidad de observaciones utilizadas 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Prueba para haplotipo 2 16:33 lunes, 29 de febrero de 2016 26

-------------------------------------------------- ----------- Ventana = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         El procedimiento GLM

                                                  Variable Dependiente: PSS_2013  

                                                                La suma de

                        Fuente DF Cuadrados significa Cuadrado F Valor Pr> F

                        Modelo 1 0.00464098 0.00464098 0.24 0.6266

                        Error 130 2.53689236 0.01951456                    

                        Total Corregido 131 2.54153333                                    

                                       R-Square Coeff Var Root MSE PSS_2013 Media

                                       0.001826 65.48180 0.139695 0.213333

                        Fuente DF Tipo I SS Signo cuadrado F Valor Pr> F

                        H2 1 0.00464098 0.00464098 0.24 0.6266

                        Fuente DF Tipo III SS Media Cuadrada F Valor Pr> F

                        H2 1 0.00464098 0.00464098 0.24 0.6266

                        Contraste DF Contraste SS Valor medio cuadrado F Valor Pr> F

                        H2 1 0.00464098 0.00464098 0.24 0.6266

                                                                   Estándar

                                 Parámetro Error de estimación t Valor Pr> | t |

                                 Interceptar 0.2108940059 0.01314754 16.04 <.0001

                                 H2 0.0199012940 0.04080901 0.49 0.6266

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Prueba para el haplotipo 3 16:33 lunes 29 de febrero de 2016 27

-------------------------------------------------- ----------- Ventana = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         El procedimiento GLM

                                              Número de observaciones Leer 132

                                              Cantidad de observaciones utilizadas 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Prueba para haplotipo 3 16:33 lunes 29 de febrero de 2016 28

-------------------------------------------------- ----------- Ventana = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         El procedimiento GLM

                                                  Variable Dependiente: PSS_2013  

                                                                La suma de

                        Fuente DF Cuadrados significa Cuadrado F Valor Pr> F

                        Modelo 1 0.18816586 0.18816586 10.39 0.0016

                        Error 130 2.35336747 0.01810283                    

                        Total Corregido 131 2.54153333                                    

                                       R-Square Coeff Var Root MSE PSS_2013 Media

                                       0.074036 63.06879 0.134547 0.213333

                        Fuente DF Tipo I SS Signo cuadrado F Valor Pr> F

                        H3 1 0.18816586 0.18816586 10.39 0.0016

                        Fuente DF Tipo III SS Media Cuadrada F Valor Pr> F

                        H3 1 0.18816586 0.18816586 10.39 0.0016

                        Contraste DF Contraste SS Valor medio cuadrado F Valor Pr> F

                        H3 1 0.18816586 0.18816586 10.39 0.0016

                                                                   Estándar

                                 Parámetro Error de estimación t Valor Pr> | t |

                                 Intercepción 0.2281706052 0.01258261 18.13 <.0001

                                 H3 -.1357147781 0.04209494 -3.22 0.0016

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Prueba para haplotipo 4 16:33 lunes 29 de febrero de 2016 29

-------------------------------------------------- ----------- Ventana = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         El procedimiento GLM

                                              Número de observaciones Leer 132

                                              Cantidad de observaciones utilizadas 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Prueba para haplotipo 4 16:33 lunes 29 de febrero de 2016 30

-------------------------------------------------- ----------- Ventana = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         El procedimiento GLM

                                                  Variable Dependiente: PSS_2013  

                                                                La suma de

                        Fuente DF Cuadrados significa Cuadrado F Valor Pr> F

                        Modelo 1 0.12443421 0.12443421 6.69 0.0108

                        Error 130 2.41709913 0.01859307                    

                        Total Corregido 131 2.54153333                                    

                                       R-Square Coeff Var Root MSE PSS_2013 Media

                                       0.048960 63.91707 0.136356 0.213333

                        Fuente DF Tipo I SS Signo cuadrado F Valor Pr> F

                        H4 1 0.12443421 0.12443421 6.69 0.0108

                        Fuente DF Tipo III SS Media Cuadrada F Valor Pr> F

                        H4 1 0.12443421 0.12443421 6.69 0.0108

                        Contraste DF Contraste SS Valor medio cuadrado F Valor Pr> F

                        H4 1 0.12443421 0.12443421 6.69 0.0108

                                                                   Estándar

                                 Parámetro Error de estimación t Valor Pr> | t |

                                 Interceptar 0.2242132838 0.01259143 17.81 <.0001

                                 H4 -.1263698272 0.04884826 -2.59 0.0108

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Prueba para haplotipo 5 16:33 lunes 29 de febrero de 2016 31

-------------------------------------------------- ----------- Ventana = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         El procedimiento GLM

                                              Número de observaciones Leer 132

                                              Cantidad de observaciones utilizadas 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Prueba para haplotipo 5 16:33 lunes 29 de febrero de 2016 32

-------------------------------------------------- ----------- Ventana = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         El procedimiento GLM

                                                  Variable Dependiente: PSS_2013  

                                                                La suma de

                        Fuente DF Cuadrados significa Cuadrado F Valor Pr> F

                        Modelo 1 0.06560886 0.06560886 3.44 0.0657

                        Error 130 2.47592448 0.01904557                    

                        Total Corregido 131 2.54153333                                    

                                       R-Square Coeff Var Root MSE PSS_2013 Media

                                       0.025815 64.69017 0.138006 0.213333

                        Fuente DF Tipo I SS Signo cuadrado F Valor Pr> F

                        H5 1 0.06560886 0.06560886 3.44 0.0657

                        Fuente DF Tipo III SS Media Cuadrada F Valor Pr> F

                        H5 1 0.06560886 0.06560886 3.44 0.0657

                        Contraste DF Contraste SS Valor medio cuadrado F Valor Pr> F

                        H5 1 0.06560886 0.06560886 3.44 0.0657

                                                                   Estándar

                                 Parámetro Error de estimación t Valor Pr> | t |

                                 Interceptar 0.2208798843 0.01268136 17.42 <.0001

                                 H5 -.0873881772 0.04708347 -1.86 0.0657

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Prueba para el haplotipo 6 16:33 lunes, 29 de febrero de 2016 33

-------------------------------------------------- ----------- Ventana = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         El procedimiento GLM

                                              Número de observaciones Leer 132

                                              Cantidad de observaciones utilizadas 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Prueba para haplotipo 6 16:33 lunes, 29 de febrero de 2016 34

-------------------------------------------------- ----------- Ventana = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         El procedimiento GLM

                                                  Variable Dependiente: PSS_2013  

                                                                La suma de

                        Fuente DF Cuadrados significa Cuadrado F Valor Pr> F

                        Modelo 1 0.00496349 0.00496349 0.25 0.6149

                        Error 130 2.53656985 0.01951208                    

                        Total Corregido 131 2.54153333                                    

                                       R-Square Coeff Var Root MSE PSS_2013 Media

                                       0.001953 65.47764 0.139686 0.213333

                        Fuente DF Tipo I SS Signo cuadrado F Valor Pr> F

                        H6 1 0.00496349 0.00496349 0.25 0.6149

                        Fuente DF Tipo III SS Media Cuadrada F Valor Pr> F

                        H6 1 0.00496349 0.00496349 0.25 0.6149

                        Contraste DF Contraste SS Valor medio cuadrado F Valor Pr> F

                        H6 1 0.00496349 0.00496349 0.25 0.6149

                                                                   Estándar

                                 Parámetro Error de estimación t Valor Pr> | t |

                                 Interceptar 0.2154476441 0.01286049 16.75 <.0001

                                 H6 -.0252461592 0.05005571 -0.50 0.6149

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Prueba para el haplotipo 7 16:33 lunes 29 de febrero de 2016 35

-------------------------------------------------- ----------- Ventana = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         El procedimiento GLM

                                              Número de observaciones Leer 132

                                              Cantidad de observaciones utilizadas 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Prueba para haplotipo 7 16:33 lunes, 29 de febrero de 2016 36

-------------------------------------------------- ----------- Ventana = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         El procedimiento GLM

                                                  Variable Dependiente: PSS_2013  

                                                                La suma de

                        Fuente DF Cuadrados significa Cuadrado F Valor Pr> F

                        Modelo 1 0.04871084 0.04871084 2.54 0.1134

                        Error 130 2.49282249 0.01917556                    

                        Total Corregido 131 2.54153333                                    

                                       R-Square Coeff Var Root MSE PSS_2013 Media

                                       0.019166 64.91055 0.138476 0.213333

                        Fuente DF Tipo I SS Signo cuadrado F Valor Pr> F

                        H7 1 0.04871084 0.04871084 2.54 0.1134

                        Fuente DF Tipo III SS Media Cuadrada F Valor Pr> F

                        H7 1 0.04871084 0.04871084 2.54 0.1134

                        Contraste DF Contraste SS Valor medio cuadrado F Valor Pr> F

                        H7 1 0.04871084 0.04871084 2.54 0.1134

                                                                   Estándar

                                 Parámetro Error de estimación t Valor Pr> | t |

                                 Intercepción 0.2071830763 0.01265543 16.37 <.0001

                                 H7 0.0721643793 0.04527767 1.59 0.1134

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Prueba para el haplotipo 8 16:33 lunes, 29 de febrero de 2016 37

-------------------------------------------------- ----------- Ventana = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         El procedimiento GLM

                                              Número de observaciones Leer 132

                                              Cantidad de observaciones utilizadas 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Prueba para el haplotipo 8 16:33 lunes, 29 de febrero de 2016 38

-------------------------------------------------- ----------- Ventana = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         El procedimiento GLM

                                                  Variable Dependiente: PSS_2013  

                                                                La suma de

                        Fuente DF Cuadrados significa Cuadrado F Valor Pr> F

                        Modelo 1 0.52691021 0.52691021 34.00 <.0001

                        Error 130 2.01462312 0.01549710                    

                        Total Corregido 131 2.54153333                                    

                                       R-Square Coeff Var Root MSE PSS_2013 Media

                                       0.207320 58.35345 0.124487 0.213333

                        Fuente DF Tipo I SS Signo cuadrado F Valor Pr> F

                        H8 1 0.52691021 0.52691021 34.00 <.0001

                        Fuente DF Tipo III SS Media Cuadrada F Valor Pr> F

                        H8 1 0.52691021 0.52691021 34.00 <.0001

                        Contraste DF Contraste SS Valor medio cuadrado F Valor Pr> F

                        H8 1 0.52691021 0.52691021 34.00 <.0001

                                                                   Estándar

                                 Parámetro Error de estimación t Valor Pr> | t |

                                 Interceptación 0.1932524844 0.01136935 17.00 <.0001

                                 H8 0.2484527632 0.04260894 5.83 <.0001

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Re: Haplotype Regression

Hola,

Debo corregirme cuando dije Medios LS en la respuesta anterior; en cambio, los valores que definí como Medias LS son, de hecho, las medias predichas para cada haplotipo.

Mis disculpas.

Luciano Silva

Re: Haplotype Regression

Hola,

Si entendí tu pregunta correctamente, quieres los medios mínimos cuadrados (medios LS) de cada haplotipo. Como tiene resultados de la Prueba general y la Prueba individual, puede obtener dos estimaciones de Medias LS para cada haplotipo. En cualquier caso, los Medios LS para el haplotipo son la suma de la Intercepción y la estimación del haplotipo. El Medio LS de la Prueba General está condicionado a otros haplotipos que se ajustan juntos en el modelo y puede cambiar si cambia el modelo (por ejemplo, elimine los haplotipos del modelo), mientras que el Medio LS de la Prueba Individual es incondicional a otros haplotipos porque El modelo tiene un solo haplotipo.

 

LS Significa H1 (prueba general) = 0.2890451760 + (-.0302601288) = 0.2587850472

LS Significa H1 (prueba individual) = 0.2058495133 + 0.0604036959 = 0.2662532092

Sinceramente tuyo,

Luciano Silva 

Re: Haplotype Regression

Hola,

Gracias por publicar esta pregunta.

Primero, si está buscando la media para su rasgo (PSS_2013) para cada haplotipo, luego eche un vistazo a cada sección etiquetada Prueba para haplotipo Hx, donde x es el número de haplotipo. Dentro de cada sección hay un elemento llamado PSS_2013 Media. Esa sería la media para el rasgo de ese haplotipo. ¿Es esto lo que estás buscando? Estas secciones individuales para cada haplotipo son las pruebas individuales para cada haplotipo en oposición al ajuste completo del modelo donde todos los haplotipos encajan (al principio) y la media PSS_2013 es la media para el ajuste completo, en lugar de los ajustes individuales.

Las Estimaciones de los Parámetros son la pendiente del ajuste para cada haplotipo como pruebas individuales o el ajuste del modelo completo y representan el efecto (+ es un efecto positivo y - es un efecto negativo) en ese rasgo para cada haplotipo o cuando se combinan, su efecto Al considerar los otros haplotipos.

¿Eso ayuda a explicar la salida?

Mejor,

Chris Kirchberg