17240_it-IT

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Regressione dell'aplotipo<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />

Sto eseguendo la funzione di regressione degli aplotipi e non sono chiaro esattamente come interpretare i file di output. Quello che mi interessa di più è determinare la media dei tratti per ogni aplotipo. Nella finestra di output SAS vengono forniti i valori di stima per ciascun aplotipo. Questi valori sono tutti negativi per tutti gli aplotipi nel test complessivo, mentre alcuni sono negativi per alcuni aplotipi e positivi per gli altri nei singoli test. Qualsiasi aiuto sarebbe apprezzato. Ho allegato l'output qui sotto:

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                                                            Test generale 16:33 lunedì 29 febbraio 2016 20

-------------------------------------------------- ----------- Finestra = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         La procedura GLM

                                              Numero di osservazioni leggere 132

                                              Numero di osservazioni utilizzate 132

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                                                            Test generale 16:33 lunedì 29 febbraio 2016 21

-------------------------------------------------- ----------- Finestra = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         La procedura GLM

                                                  Variabile dipendente: PSS_2013  

                                                                Somma di

                        Fonte DF Quadratura media F Valore F> F

                        Modello 7 0.57061574 0.08151653 5.13 <.0001

                        Errore 124 1.97091759 0.01589450                    

                        Corretto Totale 131 2.54153333                                    

                                       R-Square Coeff Var Root MSE PSS_2013 Media

                                       0,224516 59,09690 0,126073 0,213333

                        Fonte DF Tipo I SS Valore medio Valore F Pr> F

                        H1 1 0,04265381 0,04265381 2,68 0,1039

                        H2 1 0.01099720 0.01099720 0.69 0.4071

                        H3 1 0,15427488 0,15427488 9,71 0,0023

                        H4 1 0.15181720 0.15181720 9.55 0.0025

                        H5 1 0,13429041 0,13429041 8,45 0,0043

                        H6 1 0,07494326 0,07494326 4,72 0,0318

                        H7 1 0,00163899 0,00163899 0,10 0,7487

                        Fonte DF Tipo III SS Valore medio F Valore Pr> F

                        H1 1 0,00756075 0,00756075 0,48 0,4917

                        H2 1 0,03763456 0,03763456 2,37 0,1264

                        H3 1 0.29761793 0.29761793 18.72 <.0001

                        H4 1 0.24398325 0.24398325 15,35 0,0001

                        H5 1 0,17124082 0,17124082 10,77 0,0013

                        H6 1 0,07487811 0,07487811 4,71 0,0319

                        H7 1 0,00163899 0,00163899 0,10 0,7487

                        Contrasto DF Contrasto SS Valore medio Valore F Pr> F

                        Generale 7 0.57061574 0.08151653 5.13 <.0001

                                                                   Standard

                                 Parametro Errore Errore t Valore Pr> | t |

                                 Intercept 0.2890451760 0.02424577 11.92 <.0001

                                 H1-0302601288 0,04387445 -0,69 0,4917

                                 H2-0674181711 0,04381340 -1,54 0,1264

                                 H3 -.1993103565 0,04605998 -4,33 <.0001

                                 H4 -.2019650826 0,05154893 -3,92 0,0001

                                 H5 -.1608493234 0,04900484 -3,28 0,0013

                                 H6 -.1115559265 0.05139710 -2.17 0.0319

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                            Test generale 16:33 lunedì 29 febbraio 2016 22

-------------------------------------------------- ----------- Finestra = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         La procedura GLM

                                                  Variabile dipendente: PSS_2013  

                                                                   Standard

                                 Parametro Errore Errore t Valore Pr> | t |

                                 H7 -.0151106871 0,04705650 -0,32 0,7487

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test per Haplotype 1 16:33 lunedì 29 febbraio 2016 23

-------------------------------------------------- ----------- Finestra = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         La procedura GLM

                                              Numero di osservazioni leggere 132

                                              Numero di osservazioni utilizzate 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test per Haplotype 1 16:33 lunedì 29 febbraio 2016 24

-------------------------------------------------- ----------- Finestra = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         La procedura GLM

                                                  Variabile dipendente: PSS_2013  

                                                                Somma di

                        Fonte DF Quadratura media F Valore F> F

                        Modello 1 0,04265381 0,04265381 2,22 0,1387

                        Errore 130 2.49887952 0.01922215                    

                        Corretto Totale 131 2.54153333                                    

                                       R-Square Coeff Var Root MSE PSS_2013 Media

                                       0,016783 64,98936 0,138644 0,213333

                        Fonte DF Tipo I SS Valore medio Valore F Pr> F

                        H1 1 0,04265381 0,04265381 2,22 0,1387

                        Fonte DF Tipo III SS Valore medio F Valore Pr> F

                        H1 1 0,04265381 0,04265381 2,22 0,1387

                        Contrasto DF Contrasto SS Valore medio Valore F Pr> F

                        H1 1 0,04265381 0,04265381 2,22 0,1387

                                                                   Standard

                                 Parametro Errore Errore t Valore Pr> | t |

                                 Intercept 0.2058495133 0.01307144 15.75 <.0001

                                 H1 0,0604036959 0,04054951 1,49 0,1387

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test per Haplotype 2 16:33 lunedì 29 febbraio 2016 25

-------------------------------------------------- ----------- Finestra = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         La procedura GLM

                                              Numero di osservazioni leggere 132

                                              Numero di osservazioni utilizzate 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test per Haplotype 2 16:33 lunedì 29 febbraio 2016 26

-------------------------------------------------- ----------- Finestra = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         La procedura GLM

                                                  Variabile dipendente: PSS_2013  

                                                                Somma di

                        Fonte DF Quadratura media F Valore F> F

                        Modello 1 0,00464098 0,00464098 0,24 0,6266

                        Errore 130 2.53689236 0.01951456                    

                        Corretto Totale 131 2.54153333                                    

                                       R-Square Coeff Var Root MSE PSS_2013 Media

                                       0,001826 65,48180 0,139695 0,213333

                        Fonte DF Tipo I SS Valore medio Valore F Pr> F

                        H2 1 0,00464098 0,00464098 0,24 0,6266

                        Fonte DF Tipo III SS Valore medio F Valore Pr> F

                        H2 1 0,00464098 0,00464098 0,24 0,6266

                        Contrasto DF Contrasto SS Valore medio Valore F Pr> F

                        H2 1 0,00464098 0,00464098 0,24 0,6266

                                                                   Standard

                                 Parametro Errore Errore t Valore Pr> | t |

                                 Intercept 0.2108940059 0.01314754 16.04 <.0001

                                 H2 0,0199012940 0,04080901 0,49 0,6266

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Prova per Haplotype 3 16:33 lunedì 29 febbraio 2016 27

-------------------------------------------------- ----------- Finestra = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         La procedura GLM

                                              Numero di osservazioni leggere 132

                                              Numero di osservazioni utilizzate 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test per Haplotype 3 16:33 lunedì 29 febbraio 2016 28

-------------------------------------------------- ----------- Finestra = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         La procedura GLM

                                                  Variabile dipendente: PSS_2013  

                                                                Somma di

                        Fonte DF Quadratura media F Valore F> F

                        Modello 1 0.18816586 0.18816586 10.39 0.0016

                        Errore 130 2.35336747 0.01810283                    

                        Corretto Totale 131 2.54153333                                    

                                       R-Square Coeff Var Root MSE PSS_2013 Media

                                       0.074036 63.06879 0.134547 0.213333

                        Fonte DF Tipo I SS Valore medio Valore F Pr> F

                        H3 1 0,18816586 0,18816586 10,39 0,0016

                        Fonte DF Tipo III SS Valore medio F Valore Pr> F

                        H3 1 0,18816586 0,18816586 10,39 0,0016

                        Contrasto DF Contrasto SS Valore medio Valore F Pr> F

                        H3 1 0,18816586 0,18816586 10,39 0,0016

                                                                   Standard

                                 Parametro Errore Errore t Valore Pr> | t |

                                 Intercept 0.2281706052 0.01258261 18.13 <.0001

                                 H3 -.1357147781 0,04209494 -3,22 0,0016

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test per Haplotype 4 16:33 lunedì 29 febbraio 2016 29

-------------------------------------------------- ----------- Finestra = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         La procedura GLM

                                              Numero di osservazioni leggere 132

                                              Numero di osservazioni utilizzate 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test per Haplotype 4 16:33 lunedì 29 febbraio 2016 30

-------------------------------------------------- ----------- Finestra = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         La procedura GLM

                                                  Variabile dipendente: PSS_2013  

                                                                Somma di

                        Fonte DF Quadratura media F Valore F> F

                        Modello 1 0.12443421 0.12443421 6.69 0.0108

                        Errore 130 2.41709913 0.01859307                    

                        Corretto Totale 131 2.54153333                                    

                                       R-Square Coeff Var Root MSE PSS_2013 Media

                                       0.048960 63.91707 0.136356 0.213333

                        Fonte DF Tipo I SS Valore medio Valore F Pr> F

                        H4 1 0.12443421 0.12443421 6.69 0.0108

                        Fonte DF Tipo III SS Valore medio F Valore Pr> F

                        H4 1 0.12443421 0.12443421 6.69 0.0108

                        Contrasto DF Contrasto SS Valore medio Valore F Pr> F

                        H4 1 0.12443421 0.12443421 6.69 0.0108

                                                                   Standard

                                 Parametro Errore Errore t Valore Pr> | t |

                                 Intercept 0.2242132838 0.01259143 17.81 <.0001

                                 H4 -.1263698272 0.04884826 -2.59 0.0108

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test per Haplotype 5 16:33 lunedì 29 febbraio 2016 31

-------------------------------------------------- ----------- Finestra = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         La procedura GLM

                                              Numero di osservazioni leggere 132

                                              Numero di osservazioni utilizzate 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test per Haplotype 5 16:33 lunedì 29 febbraio 2016 32

-------------------------------------------------- ----------- Finestra = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         La procedura GLM

                                                  Variabile dipendente: PSS_2013  

                                                                Somma di

                        Fonte DF Quadratura media F Valore F> F

                        Modello 1 0.06560886 0.06560886 3.44 0.0657

                        Errore 130 2.47592448 0.01904557                    

                        Corretto Totale 131 2.54153333                                    

                                       R-Square Coeff Var Root MSE PSS_2013 Media

                                       0,025815 64,69017 0,138006 0,213333

                        Fonte DF Tipo I SS Valore medio Valore F Pr> F

                        H5 1 0,06560886 0,06560886 3,44 0,0657

                        Fonte DF Tipo III SS Valore medio F Valore Pr> F

                        H5 1 0,06560886 0,06560886 3,44 0,0657

                        Contrasto DF Contrasto SS Valore medio Valore F Pr> F

                        H5 1 0,06560886 0,06560886 3,44 0,0657

                                                                   Standard

                                 Parametro Errore Errore t Valore Pr> | t |

                                 Intercept 0.2208798843 0.01268136 17.42 <.0001

                                 H5-0873881772 0,04708347 -1,86 0,0657

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test per Haplotype 6 16:33 lunedì 29 febbraio 2016 33

-------------------------------------------------- ----------- Finestra = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         La procedura GLM

                                              Numero di osservazioni leggere 132

                                              Numero di osservazioni utilizzate 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test per Haplotype 6 16:33 lunedì 29 febbraio 2016 34

-------------------------------------------------- ----------- Finestra = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         La procedura GLM

                                                  Variabile dipendente: PSS_2013  

                                                                Somma di

                        Fonte DF Quadratura media F Valore F> F

                        Modello 1 0,00496349 0,00496349 0,25 0,6149

                        Errore 130 2.53656985 0.01951208                    

                        Corretto Totale 131 2.54153333                                    

                                       R-Square Coeff Var Root MSE PSS_2013 Media

                                       0,001953 65,47764 0,139686 0,213333

                        Fonte DF Tipo I SS Valore medio Valore F Pr> F

                        H6 1 0,00496349 0,00496349 0,25 0,6149

                        Fonte DF Tipo III SS Valore medio F Valore Pr> F

                        H6 1 0,00496349 0,00496349 0,25 0,6149

                        Contrasto DF Contrasto SS Valore medio Valore F Pr> F

                        H6 1 0,00496349 0,00496349 0,25 0,6149

                                                                   Standard

                                 Parametro Errore Errore t Valore Pr> | t |

                                 Intercept 0.2154476441 0.01286049 16,75 <.0001

                                 H6-0252461592 0,05005571 -0,50 0,6149

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test per Haplotype 7 16:33 lunedì 29 febbraio 2016 35

-------------------------------------------------- ----------- Finestra = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         La procedura GLM

                                              Numero di osservazioni leggere 132

                                              Numero di osservazioni utilizzate 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test per Haplotype 7 16:33 lunedì 29 febbraio 2016 36

-------------------------------------------------- ----------- Finestra = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         La procedura GLM

                                                  Variabile dipendente: PSS_2013  

                                                                Somma di

                        Fonte DF Quadratura media F Valore F> F

                        Modello 1 0.04871084 0.04871084 2.54 0.1134

                        Errore 130 2.49282249 0.01917556                    

                        Corretto Totale 131 2.54153333                                    

                                       R-Square Coeff Var Root MSE PSS_2013 Media

                                       0,019166 64,91055 0,138476 0,213333

                        Fonte DF Tipo I SS Valore medio Valore F Pr> F

                        H7 1 0,04871084 0,04871084 2,54 0,1134

                        Fonte DF Tipo III SS Valore medio F Valore Pr> F

                        H7 1 0,04871084 0,04871084 2,54 0,1134

                        Contrasto DF Contrasto SS Valore medio Valore F Pr> F

                        H7 1 0,04871084 0,04871084 2,54 0,1134

                                                                   Standard

                                 Parametro Errore Errore t Valore Pr> | t |

                                 Intercept 0.2071830763 0.01265543 16.37 <.0001

                                 H7 0,0721643793 0,04527767 1,59 0,1134

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test per Haplotype 8 16:33 lunedì 29 febbraio 2016 37

-------------------------------------------------- ----------- Finestra = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         La procedura GLM

                                              Numero di osservazioni leggere 132

                                              Numero di osservazioni utilizzate 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test per Haplotype 8 16:33 lunedì 29 febbraio 2016 38

-------------------------------------------------- ----------- Finestra = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         La procedura GLM

                                                  Variabile dipendente: PSS_2013  

                                                                Somma di

                        Fonte DF Quadratura media F Valore F> F

                        Modello 1 0.52691021 0.52691021 34.00 <.0001

                        Errore 130 2.01462312 0.01549710                    

                        Corretto Totale 131 2.54153333                                    

                                       R-Square Coeff Var Root MSE PSS_2013 Media

                                       0.207320 58.35345 0.124487 0.213333

                        Fonte DF Tipo I SS Valore medio Valore F Pr> F

                        H8 1 0,52691021 0,52691021 34,00 <.0001

                        Fonte DF Tipo III SS Valore medio F Valore Pr> F

                        H8 1 0,52691021 0,52691021 34,00 <.0001

                        Contrasto DF Contrasto SS Valore medio Valore F Pr> F

                        H8 1 0,52691021 0,52691021 34,00 <.0001

                                                                   Standard

                                 Parametro Errore Errore t Valore Pr> | t |

                                 Intercetta 0.1932524844 0.01136935 17.00 <.0001

                                 H8 0.2484527632 0.04260894 5.83 <.0001

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Ri: Regressione Haplotype

Ciao,

Devo correggermi quando ho detto LS Means nella risposta precedente; invece, i valori che ho definito come LS Mezzi sono in effetti i mezzi previsti per ciascun aplotipo.

Mie scuse.

Luciano Silva

Ri: Regressione Haplotype

Ciao,

Se ho capito bene la tua domanda, vuoi i Mezzi Minimi Quadrati (Mezzi LS) di ogni aplotipo. Dal momento che hai i risultati del test generale e del test individuale, puoi ottenere due stime di medie LS per ciascun aplotipo. In entrambi i casi, il LS Means per l'aplotipo è la somma della stima di intercettazione e aplotipo. Il metodo LS del test globale è condizionato ad altri aplotipi montati nel modello e potrebbe cambiare se si modifica il modello (ad esempio, rimuovere gli aplotipi dal modello), mentre i mezzi LS dal test individuale sono incondizionati rispetto ad altri aplotipi perché il modello ha solo un aplotipo.

 

LS significa H1 (test complessivo) = 0.2890451760 + (-.0302601288) = ,2587,850472 millions

LS Mezzi H1 (test individuale) = 0.2058495133 + 0.0604036959 = 0.2662532092

Sinceramente tuo,

Luciano Silva 

Ri: Regressione Haplotype

Ciao,

Grazie per aver postato questa domanda.

Primo, se stai cercando la media per la tua caratteristica (PSS_2013) per ogni aplotipo, dai un'occhiata a ciascuna sezione etichettata Test per Haplotype Hx dove x è il numero di Haplotype. All'interno di ciascuna sezione è presente una voce denominata Media PSS_2013. Quello sarebbe il mezzo per il tratto di quell'aplotipo. È quello che stai cercando? Queste singole sezioni per ciascun aplotipo sono i singoli test per ciascun aplotipo rispetto al modello intero in cui tutti gli aplotipi sono accoppiati (all'inizio) e la media PSS_2013 è la media per l'intera misura, invece delle convulsioni individuali.

Le stime dei parametri sono la pendenza dell'adattamento per ciascun aplotipo come singoli test o l'intero modello in forma e rappresentano l'effetto (+ è un effetto positivo e - è un effetto negativo) su quel tratto per ogni aplotipo o quando sono uniti, il loro effetto quando si considerano gli altri aplotipi.

Questo aiuta a spiegare l'output?

Migliore,

Chris Kirchberg