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Haplotyp-Regression<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />

Ich verwende die Haplotyp-Regressionsfunktion und bin unklar, wie die Ausgabedateien interpretiert werden sollen. Was mich am meisten interessiert, ist die Bestimmung des Merkmalsmittels für jeden Haplotyp. Im SAS-Ausgabefenster werden für jeden Haplotyp Schätzwerte angegeben. Diese Werte sind alle für alle Haplotypen im Gesamttest negativ, während einige für einige Haplotypen negativ und für andere in den einzelnen Tests positiv sind. Jede Hilfe wäre dankbar. Ich habe die Ausgabe unten angehängt:

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                            Gesamttest 16:33 Montag, 29. Februar 2016 20

-------------------------------------------------- ----------- Fenster = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         Das GLM-Verfahren

                                              Anzahl der Beobachtungen lesen 132

                                              Anzahl der verwendeten Beobachtungen 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                            Gesamttest 16:33 Montag, 29. Februar 2016 21

-------------------------------------------------- ----------- Fenster = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         Das GLM-Verfahren

                                                  Abhängige Variable: PSS_2013  

                                                                Die Summe von

                        Quelle DF-Quadrate Mittelquadrat F-Wert Pr> F

                        Modell 7 0,57061574 0,08151653 5,13 <.0001

                        Fehler 124 1.97091759 0.01589450                    

                        Korrigierter Gesamtwert 131 2.54153333                                    

                                       R-Quadrat Coeff Var Root MSE PSS_2013 Mittelwert

                                       0,224516 59,09690 0,126073 0,213333

                        Quelle DF Typ I SS Mittleres Quadrat F Wert Pr> F

                        H1 1 0,04265381 0,04265381 2,68 0,1039

                        H2 1 0,01099720 0,01099720 0,69 0,4071

                        H3 1 0,15427488 0,15427488 9,71 0,0023

                        H4 1 0,15181720 0,15181720 9,55 0,0025

                        H5 1 0,13429041 0,13429041 8,45 0,0043

                        H6 1 0,07494326 0,07494326 4,72 0,0318

                        H7 1 0,00163899 0,00163899 0,10 0,7487

                        Quelle DF Typ III SS Mittleres Quadrat F Wert Pr> F

                        H1 1 0,00756075 0,00756075 0,48 0,4917

                        H2 1 0,03763456 0,03763456 2,37 0,1264

                        H3 1 0,29761793 0,29761793 18,72 <.0001

                        H4 1 0,24398325 0,24398325 15,35 0,0001

                        H5 1 0,17124082 0,17124082 10,77 0,0013

                        H6 1 0,07487811 0,07487811 4,71 0,0319

                        H7 1 0,00163899 0,00163899 0,10 0,7487

                        Kontrast DF Kontrast SS Mittleres Quadrat F Wert Pr> F

                        Insgesamt 7 0,57061574 0,08151653 5,13 <.0001

                                                                   Standard

                                 Parameterschätzungsfehler t Wert Pr> | t |

                                 Intercept 0.2890451760 0.02424577 11.92 <.0001

                                 H1 -0302601288 0,04387445 -0,69 0,4917

                                 H2 -.0674181711 0,04381340 -1,54 0,1264

                                 H3 -.1993103565 0,04605998 -4,33 <0,0001

                                 H4 -.2019650826 0,05154893 -3,92 0,0001

                                 H5 -1608493234 0,04900484 -3,28 0,0013

                                 H6 -11115559265 0,05139710 -2,17 0,0319

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                            Gesamttest 16:33 Montag, 29. Februar 2016 22

-------------------------------------------------- ----------- Fenster = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         Das GLM-Verfahren

                                                  Abhängige Variable: PSS_2013  

                                                                   Standard

                                 Parameterschätzungsfehler t Wert Pr> | t |

                                 H7 -0151106871 0,04705650 -0,32 0,7487

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test für Haplotype 1 16:33 Montag, 29. Februar 2016 23

-------------------------------------------------- ----------- Fenster = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         Das GLM-Verfahren

                                              Anzahl der Beobachtungen lesen 132

                                              Anzahl der verwendeten Beobachtungen 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test für Haplotype 1 16:33 Montag, 29. Februar 2016 24

-------------------------------------------------- ----------- Fenster = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         Das GLM-Verfahren

                                                  Abhängige Variable: PSS_2013  

                                                                Die Summe von

                        Quelle DF-Quadrate Mittelquadrat F-Wert Pr> F

                        Modell 1 0.04265381 0.04265381 2.22 0.1387

                        Fehler 130 2.49887952 0.01922215                    

                        Korrigierter Gesamtwert 131 2.54153333                                    

                                       R-Quadrat Coeff Var Root MSE PSS_2013 Mittelwert

                                       0.016783 64.98936 0.138644 0.213333

                        Quelle DF Typ I SS Mittleres Quadrat F Wert Pr> F

                        H1 1 0,04265381 0,04265381 2,22 0,1387

                        Quelle DF Typ III SS Mittleres Quadrat F Wert Pr> F

                        H1 1 0,04265381 0,04265381 2,22 0,1387

                        Kontrast DF Kontrast SS Mittleres Quadrat F Wert Pr> F

                        H1 1 0,04265381 0,04265381 2,22 0,1387

                                                                   Standard

                                 Parameterschätzungsfehler t Wert Pr> | t |

                                 Intercept 0.2058495133 0.01307144 15.75 <.0001

                                 H1 0,0604036959 0,04054951 1,49 0,1387

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test für Haplotype 2 16:33 Montag, 29. Februar 2016 25

-------------------------------------------------- ----------- Fenster = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         Das GLM-Verfahren

                                              Anzahl der Beobachtungen lesen 132

                                              Anzahl der verwendeten Beobachtungen 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test für Haplotype 2 16:33 Montag, 29. Februar 2016 26

-------------------------------------------------- ----------- Fenster = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         Das GLM-Verfahren

                                                  Abhängige Variable: PSS_2013  

                                                                Die Summe von

                        Quelle DF-Quadrate Mittelquadrat F-Wert Pr> F

                        Modell 1 0,00464098 0,00464098 0,24 0,6266

                        Fehler 130 2.53689236 0.01951456                    

                        Korrigierter Gesamtwert 131 2.54153333                                    

                                       R-Quadrat Coeff Var Root MSE PSS_2013 Mittelwert

                                       0,001826 65,48180 0,139695 0,213333

                        Quelle DF Typ I SS Mittleres Quadrat F Wert Pr> F

                        H 1 1 0,00464098 0,00464098 0,24 0,6266

                        Quelle DF Typ III SS Mittleres Quadrat F Wert Pr> F

                        H 1 1 0,00464098 0,00464098 0,24 0,6266

                        Kontrast DF Kontrast SS Mittleres Quadrat F Wert Pr> F

                        H 1 1 0,00464098 0,00464098 0,24 0,6266

                                                                   Standard

                                 Parameterschätzungsfehler t Wert Pr> | t |

                                 Intercept 0.2108940059 0.01314754 16.04 <.0001

                                 H2 0,0199012940 0,04080901 0,49 0,6266

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test für Haplotype 3 16:33 Montag, 29. Februar 2016 27

-------------------------------------------------- ----------- Fenster = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         Das GLM-Verfahren

                                              Anzahl der Beobachtungen lesen 132

                                              Anzahl der verwendeten Beobachtungen 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test für Haplotype 3 16:33 Montag, 29. Februar 2016 28

-------------------------------------------------- ----------- Fenster = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         Das GLM-Verfahren

                                                  Abhängige Variable: PSS_2013  

                                                                Die Summe von

                        Quelle DF-Quadrate Mittelquadrat F-Wert Pr> F

                        Modell 1 0,18816586 0,18816586 10,39 0,0016

                        Fehler 130 2.35336747 0.01810283                    

                        Korrigierter Gesamtwert 131 2.54153333                                    

                                       R-Quadrat Coeff Var Root MSE PSS_2013 Mittelwert

                                       0,074036 63,06879 0,134547 0,213333

                        Quelle DF Typ I SS Mittleres Quadrat F Wert Pr> F

                        H3 1 0,18816586 0,18816586 10,39 0,0016

                        Quelle DF Typ III SS Mittleres Quadrat F Wert Pr> F

                        H3 1 0,18816586 0,18816586 10,39 0,0016

                        Kontrast DF Kontrast SS Mittleres Quadrat F Wert Pr> F

                        H3 1 0,18816586 0,18816586 10,39 0,0016

                                                                   Standard

                                 Parameterschätzungsfehler t Wert Pr> | t |

                                 Intercept 0.2281706052 0.01258261 18.13 <.0001

                                 H3 -.1357147781 0,04209494 -3,22 0,0016

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test für Haplotype 4 16:33 Montag, 29. Februar 2016 29

-------------------------------------------------- ----------- Fenster = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         Das GLM-Verfahren

                                              Anzahl der Beobachtungen lesen 132

                                              Anzahl der verwendeten Beobachtungen 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test für Haplotype 4 16:33 Montag, 29. Februar 2016 30

-------------------------------------------------- ----------- Fenster = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         Das GLM-Verfahren

                                                  Abhängige Variable: PSS_2013  

                                                                Die Summe von

                        Quelle DF-Quadrate Mittelquadrat F-Wert Pr> F

                        Modell 1 0,12443421 0,12443421 6,69 0,0108

                        Fehler 130 2.41709913 0.01859307                    

                        Korrigierter Gesamtwert 131 2.54153333                                    

                                       R-Quadrat Coeff Var Root MSE PSS_2013 Mittelwert

                                       0,048960 63,91707 0,136356 0,213333

                        Quelle DF Typ I SS Mittleres Quadrat F Wert Pr> F

                        H4 1 0,12443421 0,12443421 6,69 0,0108

                        Quelle DF Typ III SS Mittleres Quadrat F Wert Pr> F

                        H4 1 0,12443421 0,12443421 6,69 0,0108

                        Kontrast DF Kontrast SS Mittleres Quadrat F Wert Pr> F

                        H4 1 0,12443421 0,12443421 6,69 0,0108

                                                                   Standard

                                 Parameterschätzungsfehler t Wert Pr> | t |

                                 Intercept 0.2242132838 0.01259143 17.81 <.0001

                                 H4 -.1263698272 0,04884826 -2,59 0,0108

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test für Haplotype 5 16:33 Montag, 29. Februar 2016 31

-------------------------------------------------- ----------- Fenster = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         Das GLM-Verfahren

                                              Anzahl der Beobachtungen lesen 132

                                              Anzahl der verwendeten Beobachtungen 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test für Haplotype 5 16:33 Montag, 29. Februar 2016 32

-------------------------------------------------- ----------- Fenster = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         Das GLM-Verfahren

                                                  Abhängige Variable: PSS_2013  

                                                                Die Summe von

                        Quelle DF-Quadrate Mittelquadrat F-Wert Pr> F

                        Modell 1 0,06560886 0,06560886 3,44 0,0657

                        Fehler 130 2.47592448 0.01904557                    

                        Korrigierter Gesamtwert 131 2.54153333                                    

                                       R-Quadrat Coeff Var Root MSE PSS_2013 Mittelwert

                                       0,025815 64,69017 0,138006 0,213333

                        Quelle DF Typ I SS Mittleres Quadrat F Wert Pr> F

                        H5 1 0,06560886 0,06560886 3,44 0,0657

                        Quelle DF Typ III SS Mittleres Quadrat F Wert Pr> F

                        H5 1 0,06560886 0,06560886 3,44 0,0657

                        Kontrast DF Kontrast SS Mittleres Quadrat F Wert Pr> F

                        H5 1 0,06560886 0,06560886 3,44 0,0657

                                                                   Standard

                                 Parameterschätzungsfehler t Wert Pr> | t |

                                 Intercept 0.2208798843 0.01268136 17,42 <.0001

                                 H5 -.0873881772 0,04708347 -1,86 0,0657

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test für Haplotype 6 16:33 Montag, 29. Februar 2016 33

-------------------------------------------------- ----------- Fenster = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         Das GLM-Verfahren

                                              Anzahl der Beobachtungen lesen 132

                                              Anzahl der verwendeten Beobachtungen 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test für Haplotype 6 16:33 Montag, 29. Februar 2016 34

-------------------------------------------------- ----------- Fenster = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         Das GLM-Verfahren

                                                  Abhängige Variable: PSS_2013  

                                                                Die Summe von

                        Quelle DF-Quadrate Mittelquadrat F-Wert Pr> F

                        Modell 1 0,00496349 0,00496349 0,25 0,6149

                        Fehler 130 2.53656985 0.01951208                    

                        Korrigierter Gesamtwert 131 2.54153333                                    

                                       R-Quadrat Coeff Var Root MSE PSS_2013 Mittelwert

                                       0,001953 65,47764 0,139686 0,213333

                        Quelle DF Typ I SS Mittleres Quadrat F Wert Pr> F

                        H6 1 0,00496349 0,00496349 0,25 0,6149

                        Quelle DF Typ III SS Mittleres Quadrat F Wert Pr> F

                        H6 1 0,00496349 0,00496349 0,25 0,6149

                        Kontrast DF Kontrast SS Mittleres Quadrat F Wert Pr> F

                        H6 1 0,00496349 0,00496349 0,25 0,6149

                                                                   Standard

                                 Parameterschätzungsfehler t Wert Pr> | t |

                                 Intercept 0.2154476441 0.01286049 16.75 <.0001

                                 H6 -.0252461592 0,05005571 -0,50 0,6149

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test für Haplotype 7 16:33 Montag, 29. Februar 2016 35

-------------------------------------------------- ----------- Fenster = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         Das GLM-Verfahren

                                              Anzahl der Beobachtungen lesen 132

                                              Anzahl der verwendeten Beobachtungen 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test für Haplotype 7 16:33 Montag, 29. Februar 2016 36

-------------------------------------------------- ----------- Fenster = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         Das GLM-Verfahren

                                                  Abhängige Variable: PSS_2013  

                                                                Die Summe von

                        Quelle DF-Quadrate Mittelquadrat F-Wert Pr> F

                        Modell 1 0,04871084 0,04871084 2,54 0,1134

                        Fehler 130 2.49282249 0.01917556                    

                        Korrigierter Gesamtwert 131 2.54153333                                    

                                       R-Quadrat Coeff Var Root MSE PSS_2013 Mittelwert

                                       0,019166 64,91055 0,138476 0,213333

                        Quelle DF Typ I SS Mittleres Quadrat F Wert Pr> F

                        H7 1 0,04871084 0,04871084 2,54 0,1134

                        Quelle DF Typ III SS Mittleres Quadrat F Wert Pr> F

                        H7 1 0,04871084 0,04871084 2,54 0,1134

                        Kontrast DF Kontrast SS Mittleres Quadrat F Wert Pr> F

                        H7 1 0,04871084 0,04871084 2,54 0,1134

                                                                   Standard

                                 Parameterschätzungsfehler t Wert Pr> | t |

                                 Intercept 0.2071830763 0.01265543 16.37 <.0001

                                 H7 0,0721643793 0,04527767 1,59 0,1134

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test für Haplotype 8 16:33 Montag, 29. Februar 2016 37

-------------------------------------------------- ----------- Fenster = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         Das GLM-Verfahren

                                              Anzahl der Beobachtungen lesen 132

                                              Anzahl der verwendeten Beobachtungen 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test für Haplotype 8 16:33 Montag, 29. Februar 2016 38

-------------------------------------------------- ----------- Fenster = 1 ------------------------------------ -------------------------

                                                         Das GLM-Verfahren

                                                  Abhängige Variable: PSS_2013  

                                                                Die Summe von

                        Quelle DF-Quadrate Mittelquadrat F-Wert Pr> F

                        Modell 1 0.52691021 0.52691021 34.00 <.0001

                        Fehler 130 2.01462312 0.01549710                    

                        Korrigierter Gesamtwert 131 2.54153333                                    

                                       R-Quadrat Coeff Var Root MSE PSS_2013 Mittelwert

                                       0,207320 58,35345 0,124487 0,213333

                        Quelle DF Typ I SS Mittleres Quadrat F Wert Pr> F

                        H8 1 0,52691021 0,52691021 34,00 <.0001

                        Quelle DF Typ III SS Mittleres Quadrat F Wert Pr> F

                        H8 1 0,52691021 0,52691021 34,00 <.0001

                        Kontrast DF Kontrast SS Mittleres Quadrat F Wert Pr> F

                        H8 1 0,52691021 0,52691021 34,00 <.0001

                                                                   Standard

                                 Parameterschätzungsfehler t Wert Pr> | t |

                                 Intercept 0.1932524844 0.01136935 17.00 <.0001

                                 H8 0,2484527632 0,04260894 5,83 <.0001

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Re: Haplotyp-Regression

Hallo,

Ich muss mich korrigieren, wenn ich in der vorherigen Antwort LS Means gesagt habe; stattdessen sind die Werte, die ich als LS-Mittel definiere, tatsächlich die vorhergesagten Mittel für jeden Haplotyp.

Entschuldigen Sie.

Luciano Silva

Re: Haplotyp-Regression

Hallo,

Wenn ich Ihre Frage richtig verstanden habe, möchten Sie die Least Square Means (LS-Mittel) jedes Haplotyps. Da Sie Ergebnisse aus dem Gesamttest und dem Einzeltest haben, können Sie für jeden Haplotyp zwei LS-Mittelschätzungen erhalten. In beiden Fällen ist das LS-Mittel für den Haplotyp die Summe aus Intercept und der Haplotypschätzung. Die LS-Mittel aus dem Gesamttest hängen von anderen Haplotypen ab, die im Modell zusammengefügt sind, und können sich ändern, wenn Sie das Modell ändern (z. B. Haplotypen aus dem Modell entfernen), während die LS-Mittel aus dem Einzeltest für andere Haplotypen uneingeschränkt sind Das Modell hat nur einen Haplotyp.

 

LS bedeutet H1 (Gesamttest) = 0,2890451760 + (-.0302601288) = 0,2587850472

LS bedeutet H1 (Einzeltest) = 0,2058495133 + 0,0604036959 = 0,2662532092

Mit freundlichen Grüßen,

Luciano Silva 

Re: Haplotyp-Regression

Hallo,

Vielen Dank, dass Sie diese Frage gestellt haben.

Wenn Sie nach dem Mittelwert für Ihr Merkmal (PSS_2013) für jeden Haplotyp suchen, werfen Sie einen Blick auf jeden Abschnitt mit der Bezeichnung Test for Haplotype Hx, wobei x die Haplotypzahl ist. In jedem Abschnitt befindet sich ein Element mit dem Namen PSS_2013 Mean. Das wäre das Mittel für das Merkmal dieses Haplotyps. Suchen Sie das? Diese einzelnen Abschnitte für jeden Haplotyp sind die einzelnen Tests für jeden Haplotyp, im Gegensatz zu dem gesamten Modell, bei dem alle Haplotypen zusammenpassen (am Anfang) und der Mittelwert für PSS_2013 der Mittelwert für die gesamte Anpassung ist, anstatt der einzelnen Passungen.

Die Parameterschätzungen sind die Steigung der Anpassung für jeden Haplotyp als Einzeltests oder das gesamte Modell passen und repräsentieren den Effekt (+ ist ein positiver Effekt und - ist ein negativer Effekt) auf dieses Merkmal für jeden Haplotyp oder, wenn zusammengefügt, dessen Effekt wenn man die anderen Haplotypen betrachtet.

Hilft das, die Ausgabe zu erklären?

Beste,

Chris Kirchberg