17240_fr-FR

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Régression d'haplotype<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />

J'exécute la fonction de régression des haplotypes et je ne sais pas exactement comment interpréter les fichiers de sortie. Ce qui m'intéresse le plus, c'est de déterminer la moyenne des traits pour chaque haplotype. Dans la fenêtre de sortie SAS, on me donne des valeurs d'estimation pour chaque haplotype. Ces valeurs sont toutes négatives pour tous les haplotypes du test global, tandis que certaines sont négatives pour certains haplotypes et positives pour d'autres dans les tests individuels. Toute aide serait appréciée. J'ai joint la sortie ci-dessous:

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                            Test général 16:33 lundi 29 février 2016 20

-------------------------------------------------- ----------- Fenêtre = 1 ---------------------------------------- -------------------------

                                                         La procédure GLM

                                              Nombre d'observations lues 132

                                              Nombre d'observations utilisées 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                            Test général 16:33 lundi 29 février 2016 21

-------------------------------------------------- ----------- Fenêtre = 1 ---------------------------------------- -------------------------

                                                         La procédure GLM

                                                  Variable dépendante: PSS_2013  

                                                                Somme de

                        Source DF Carrés Moyenne Carrée F Valeur Pr> F

                        Modèle 7 0.57061574 0.08151653 5.13 <.0001

                        Erreur 124 1.97091759 0.01589450                    

                        Total corrigé 131 2.54153333                                    

                                       Racine de var de coeff R-Square MSE PSS_2013 Moyenne

                                       0,224516 59,09690 0,126073 0,213333

                        Source DF Type I SS Moyenne Carré F Valeur Pr> F

                        H1 1 0,04265381 0,04265381 2,68 0,1039

                        H2 1 0.01099720 0.01099720 0.69 0.4071

                        H3 1 0,15427488 0,15427488 9,71 0,0023

                        H4 1 0,15181720 0,15181720 9,55 0,0025

                        H5 1 0.13429041 0.13429041 8.45 0.0043

                        H6 1 0,07494326 0,07494326 4,72 0,0318

                        H7 1 0,00163899 0,00163899 0,10 0,7487

                        Source DF Type III SS Moyenne Carré F Valeur Pr> F

                        H1 1 0,00756075 0,00756075 0,48 0,4917

                        H2 1 0.03763456 0.03763456 2.37 0.1264

                        H3 1 0,29761793 0,29761793 18,72 <0,0001

                        H4 1 0.24398325 0.24398325 15.35 0.0001

                        H5 1 0,17124082 0,17124082 10,77 0,0013

                        H6 1 0,07487811 0,07487811 4,71 0,0319

                        H7 1 0,00163899 0,00163899 0,10 0,7487

                        Contraste DF Contraste SS Moyenne Carrée F Valeur Pr> F

                        Total 7 0,57061574 0,08151653 5,13 <0,0001

                                                                   la norme

                                 Paramètre Estimation Erreur t Valeur Pr> | t |

                                 Interception 0.2890451760 0.02424577 11.92 <.0001

                                 H1 -.0302601288 0.04387445 -0.69 0.4917

                                 H2 -,0674181711 0,04381340 -1,54 0,1264

                                 H3 -.1993103565 0,04605998 -4,33 <0,0001

                                 H4 -.2019650826 0.05154893 -3.92 0.0001

                                 H5 -.1608493234 0.04900484 -3.28 0.0013

                                 H6 -.1115559265 0.05139710 -2.17 0.0319

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                            Test général 16:33 lundi 29 février 2016 22

-------------------------------------------------- ----------- Fenêtre = 1 ---------------------------------------- -------------------------

                                                         La procédure GLM

                                                  Variable dépendante: PSS_2013  

                                                                   la norme

                                 Paramètre Estimation Erreur t Valeur Pr> | t |

                                 H7 -.0151106871 0,04705650 -0,32 0,7487

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test pour l'haplotype 1 16:33 Le lundi 29 février 2016 23

-------------------------------------------------- ----------- Fenêtre = 1 ---------------------------------------- -------------------------

                                                         La procédure GLM

                                              Nombre d'observations lues 132

                                              Nombre d'observations utilisées 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test de l'haplotype 1 16:33 Le lundi 29 février 2016 24

-------------------------------------------------- ----------- Fenêtre = 1 ---------------------------------------- -------------------------

                                                         La procédure GLM

                                                  Variable dépendante: PSS_2013  

                                                                Somme de

                        Source DF Carrés Moyenne Carrée F Valeur Pr> F

                        Modèle 1 0,04265381 0,04265381 2,22 0,1387

                        Erreur 130 2.49887952 0.01922215                    

                        Total corrigé 131 2.54153333                                    

                                       Racine de var de coeff R-Square MSE PSS_2013 Moyenne

                                       0.016783 64.98936 0.138644 0.213333

                        Source DF Type I SS Moyenne Carré F Valeur Pr> F

                        H1 1 0,04265381 0,04265381 2,22 0,1387

                        Source DF Type III SS Moyenne Carré F Valeur Pr> F

                        H1 1 0,04265381 0,04265381 2,22 0,1387

                        Contraste DF Contraste SS Moyenne Carrée F Valeur Pr> F

                        H1 1 0,04265381 0,04265381 2,22 0,1387

                                                                   la norme

                                 Paramètre Estimation Erreur t Valeur Pr> | t |

                                 Interception 0.2058495133 0.01307144 15.75 <.0001

                                 H1 0,0604036959 0,04054951 1,49 0,1387

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test pour l'haplotype 2 16:33 Lundi 29 février 2016 25

-------------------------------------------------- ----------- Fenêtre = 1 ---------------------------------------- -------------------------

                                                         La procédure GLM

                                              Nombre d'observations lues 132

                                              Nombre d'observations utilisées 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test pour l'haplotype 2 16:33 Lundi 29 février 2016 26

-------------------------------------------------- ----------- Fenêtre = 1 ---------------------------------------- -------------------------

                                                         La procédure GLM

                                                  Variable dépendante: PSS_2013  

                                                                Somme de

                        Source DF Carrés Moyenne Carrée F Valeur Pr> F

                        Modèle 1 0.00464098 0.00464098 0.24 0.6266

                        Erreur 130 2.53689236 0.01951456                    

                        Total corrigé 131 2.54153333                                    

                                       Racine de var de coeff R-Square MSE PSS_2013 Moyenne

                                       0.001826 65.48180 0.139695 0.213333

                        Source DF Type I SS Moyenne Carré F Valeur Pr> F

                        H2 1 0.00464098 0.00464098 0.24 0.6266

                        Source DF Type III SS Moyenne Carré F Valeur Pr> F

                        H2 1 0.00464098 0.00464098 0.24 0.6266

                        Contraste DF Contraste SS Moyenne Carrée F Valeur Pr> F

                        H2 1 0.00464098 0.00464098 0.24 0.6266

                                                                   la norme

                                 Paramètre Estimation Erreur t Valeur Pr> | t |

                                 Interception 0.2108940059 0.01314754 16.04 <.0001

                                 H2 0,0199012940 0,04080901 0,49 0,6266

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test pour l'haplotype 3 16:33 Le lundi 29 février 2016 27

-------------------------------------------------- ----------- Fenêtre = 1 ---------------------------------------- -------------------------

                                                         La procédure GLM

                                              Nombre d'observations lues 132

                                              Nombre d'observations utilisées 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test pour l'haplotype 3 16:33 Lundi 29 février 2016 28

-------------------------------------------------- ----------- Fenêtre = 1 ---------------------------------------- -------------------------

                                                         La procédure GLM

                                                  Variable dépendante: PSS_2013  

                                                                Somme de

                        Source DF Carrés Moyenne Carrée F Valeur Pr> F

                        Modèle 1 0.18816586 0.18816586 10.39 0.0016

                        Erreur 130 2.35336747 0.01810283                    

                        Total corrigé 131 2.54153333                                    

                                       Racine de var de coeff R-Square MSE PSS_2013 Moyenne

                                       0,074036 63,06879 0,134547 0,213333

                        Source DF Type I SS Moyenne Carré F Valeur Pr> F

                        H3 1 0.18816586 0.18816586 10.39 0.0016

                        Source DF Type III SS Moyenne Carré F Valeur Pr> F

                        H3 1 0.18816586 0.18816586 10.39 0.0016

                        Contraste DF Contraste SS Moyenne Carrée F Valeur Pr> F

                        H3 1 0.18816586 0.18816586 10.39 0.0016

                                                                   la norme

                                 Paramètre Estimation Erreur t Valeur Pr> | t |

                                 Interception 0.2281706052 0.01258261 18.13 <.0001

                                 H3 -.1357147781 0.04209494 -3.22 0.0016

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test pour l'haplotype 4 16:33 Lundi 29 février 2016 29

-------------------------------------------------- ----------- Fenêtre = 1 ---------------------------------------- -------------------------

                                                         La procédure GLM

                                              Nombre d'observations lues 132

                                              Nombre d'observations utilisées 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test pour l'haplotype 4 16:33 Lundi 29 février 2016 30

-------------------------------------------------- ----------- Fenêtre = 1 ---------------------------------------- -------------------------

                                                         La procédure GLM

                                                  Variable dépendante: PSS_2013  

                                                                Somme de

                        Source DF Carrés Moyenne Carrée F Valeur Pr> F

                        Modèle 1 0.12443421 0.12443421 6.69 0.0108

                        Erreur 130 2.41709913 0.01859307                    

                        Total corrigé 131 2.54153333                                    

                                       Racine de var de coeff R-Square MSE PSS_2013 Moyenne

                                       0,048960 63,91707 0,136356 0,213333

                        Source DF Type I SS Moyenne Carré F Valeur Pr> F

                        H4 1 0.12443421 0.12443421 6.69 0.0108

                        Source DF Type III SS Moyenne Carré F Valeur Pr> F

                        H4 1 0.12443421 0.12443421 6.69 0.0108

                        Contraste DF Contraste SS Moyenne Carrée F Valeur Pr> F

                        H4 1 0.12443421 0.12443421 6.69 0.0108

                                                                   la norme

                                 Paramètre Estimation Erreur t Valeur Pr> | t |

                                 Interception 0.2242132838 0.01259143 17.81 <.0001

                                 H4 -.1263698272 0.04884826 -2.59 0.0108

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test pour l'haplotype 5 16:33 Lundi 29 février 2016 31

-------------------------------------------------- ----------- Fenêtre = 1 ---------------------------------------- -------------------------

                                                         La procédure GLM

                                              Nombre d'observations lues 132

                                              Nombre d'observations utilisées 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test pour l'haplotype 5 16:33 Lundi 29 février 2016 32

-------------------------------------------------- ----------- Fenêtre = 1 ---------------------------------------- -------------------------

                                                         La procédure GLM

                                                  Variable dépendante: PSS_2013  

                                                                Somme de

                        Source DF Carrés Moyenne Carrée F Valeur Pr> F

                        Modèle 1 0,06560886 0,06560886 3,44 0,0657

                        Erreur 130 2.47592448 0.01904557                    

                        Total corrigé 131 2.54153333                                    

                                       Racine de var de coeff R-Square MSE PSS_2013 Moyenne

                                       0,025815 64,69017 0,38006 0,213333

                        Source DF Type I SS Moyenne Carré F Valeur Pr> F

                        H5 1 0,06560886 0,06560886 3,44 0,0657

                        Source DF Type III SS Moyenne Carré F Valeur Pr> F

                        H5 1 0,06560886 0,06560886 3,44 0,0657

                        Contraste DF Contraste SS Moyenne Carrée F Valeur Pr> F

                        H5 1 0,06560886 0,06560886 3,44 0,0657

                                                                   la norme

                                 Paramètre Estimation Erreur t Valeur Pr> | t |

                                 Interception 0.2208798843 0.01268136 17.42 <.0001

                                 H5 -0873881772 0,04708347 -1,86 0,0657

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test pour l'haplotype 6 16:33 Lundi 29 février 2016 33

-------------------------------------------------- ----------- Fenêtre = 1 ---------------------------------------- -------------------------

                                                         La procédure GLM

                                              Nombre d'observations lues 132

                                              Nombre d'observations utilisées 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test pour l'haplotype 6 16:33 Le lundi 29 février 2016 34

-------------------------------------------------- ----------- Fenêtre = 1 ---------------------------------------- -------------------------

                                                         La procédure GLM

                                                  Variable dépendante: PSS_2013  

                                                                Somme de

                        Source DF Carrés Moyenne Carrée F Valeur Pr> F

                        Modèle 1 0,00496349 0,00496349 0,25 0,6149

                        Erreur 130 2.53656985 0.01951208                    

                        Total corrigé 131 2.54153333                                    

                                       Racine de var de coeff R-Square MSE PSS_2013 Moyenne

                                       0.001953 65.47764 0.139686 0.213333

                        Source DF Type I SS Moyenne Carré F Valeur Pr> F

                        H6 1 0,00496349 0,00496349 0,25 0,6149

                        Source DF Type III SS Moyenne Carré F Valeur Pr> F

                        H6 1 0,00496349 0,00496349 0,25 0,6149

                        Contraste DF Contraste SS Moyenne Carrée F Valeur Pr> F

                        H6 1 0,00496349 0,00496349 0,25 0,6149

                                                                   la norme

                                 Paramètre Estimation Erreur t Valeur Pr> | t |

                                 Interception 0.2154476441 0.01286049 16.75 <.0001

                                 H6 -0,0252461592 0,05005571 -0,50 0,6149

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test pour l'haplotype 7 16:33 Lundi 29 février 2016 35

-------------------------------------------------- ----------- Fenêtre = 1 ---------------------------------------- -------------------------

                                                         La procédure GLM

                                              Nombre d'observations lues 132

                                              Nombre d'observations utilisées 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test pour l'haplotype 7 16:33 Lundi 29 février 2016 36

-------------------------------------------------- ----------- Fenêtre = 1 ---------------------------------------- -------------------------

                                                         La procédure GLM

                                                  Variable dépendante: PSS_2013  

                                                                Somme de

                        Source DF Carrés Moyenne Carrée F Valeur Pr> F

                        Modèle 1 0.04871084 0.04871084 2.54 0.1134

                        Erreur 130 2.49282249 0.01917556                    

                        Total corrigé 131 2.54153333                                    

                                       Racine de var de coeff R-Square MSE PSS_2013 Moyenne

                                       0,019166 64,91055 0,138476 0,213333

                        Source DF Type I SS Moyenne Carré F Valeur Pr> F

                        H7 1 0,04871084 0,04871084 2,54 0,114

                        Source DF Type III SS Moyenne Carré F Valeur Pr> F

                        H7 1 0,04871084 0,04871084 2,54 0,114

                        Contraste DF Contraste SS Moyenne Carrée F Valeur Pr> F

                        H7 1 0,04871084 0,04871084 2,54 0,114

                                                                   la norme

                                 Paramètre Estimation Erreur t Valeur Pr> | t |

                                 Interception 0.2071830763 0.01265543 16.37 <.0001

                                 H7 0,0721643793 0,04527767 1,59 0,1134

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test pour l'haplotype 8 16:33 Lundi 29 février 2016 37

-------------------------------------------------- ----------- Fenêtre = 1 ---------------------------------------- -------------------------

                                                         La procédure GLM

                                              Nombre d'observations lues 132

                                              Nombre d'observations utilisées 132

-------------------------------------------------- --------------------------------------------------

                                                        Test pour l'haplotype 8 16:33 Lundi 29 février 2016 38

-------------------------------------------------- ----------- Fenêtre = 1 ---------------------------------------- -------------------------

                                                         La procédure GLM

                                                  Variable dépendante: PSS_2013  

                                                                Somme de

                        Source DF Carrés Moyenne Carrée F Valeur Pr> F

                        Modèle 1 0.52691021 0.52691021 34,00 <.0001

                        Erreur 130 2.01462312 0.01549710                    

                        Total corrigé 131 2.54153333                                    

                                       Racine de var de coeff R-Square MSE PSS_2013 Moyenne

                                       0,207320 58,35345 0,12487 0,213333

                        Source DF Type I SS Moyenne Carré F Valeur Pr> F

                        H8 1 0.52691021 0.52691021 34,00 <.0001

                        Source DF Type III SS Moyenne Carré F Valeur Pr> F

                        H8 1 0.52691021 0.52691021 34,00 <.0001

                        Contraste DF Contraste SS Moyenne Carrée F Valeur Pr> F

                        H8 1 0.52691021 0.52691021 34,00 <.0001

                                                                   la norme

                                 Paramètre Estimation Erreur t Valeur Pr> | t |

                                 Interception 0.1932524844 0.01136935 17.00 <.0001

                                 H8 0.2484527632 0.04260894 5.83 <.0001

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Re: Régression d'haplotype

Salut,

Je dois me corriger quand j'ai dit LS Means dans la réponse précédente; au lieu de cela, les valeurs que j'ai définies en tant que moyennes LS sont bien les moyennes prédites pour chaque haplotype.

Mes excuses.

Luciano Silva

Re: Régression d'haplotype

Salut,

Si j'ai bien compris votre question, vous voulez connaître les moyens de moindre carré (moyens LS) de chaque haplotype. Étant donné que vous disposez des résultats du test global et du test individuel, vous pouvez obtenir deux estimations de moyennes LS pour chaque haplotype. Dans les deux cas, la moyenne LS pour l'haplotype est la somme de l'estimation de l'interception et de l'haplotype. La moyenne LS du test global dépend des autres haplotypes intégrés dans le modèle et peut changer si vous modifiez le modèle (par exemple, supprimez les haplotypes du modèle), tandis que la moyenne LS du test individuel est inconditionnelle par rapport aux autres haplotypes car le modèle n'a qu'un seul haplotype.

 

LS signifie H1 (test global) = 0,2890451760 + (-.0302601288) = 0.2587850472

LS signifie H1 (test individuel) = 0,2058495133 + 0,0604036959 = 0,2662532092

Cordialement,

Luciano Silva 

Re: Régression d'haplotype

Salut,

Merci d'avoir posté cette question.

Tout d'abord, si vous recherchez la moyenne de votre trait (PSS_2013) pour chaque haplotype, examinez ensuite chaque section intitulée Test de l'haplotype Hx, où x est le numéro de l'haplotype. Dans chaque section, il y a un élément appelé PSS_2013 Mean. Ce serait la moyenne pour le trait de cet haplotype. Est-ce ce que vous cherchez? Ces sections individuelles pour chaque haplotype sont les tests individuels pour chaque haplotype, par opposition à l'ajustement complet du modèle où tous les haplotypes sont ajustés ensemble (au début) et la moyenne PSS_2013 est la moyenne de l'ajustement complet au lieu de l'ajustement individuel.

Les estimations de paramètres sont la pente de l'ajustement pour chaque haplotype sous la forme de tests individuels ou de l'ajustement du modèle entier et représentent l'effet (+ est un effet positif et - est un effet négatif) sur ce caractère pour chaque haplotype ou, une fois ajustés, leur effet en considérant les autres haplotypes.

Est-ce que cela aide à expliquer le résultat?

Meilleur,

Chris Kirchberg