打ち切りデータのメソッド比較こんにちは、グループです。
区間打ち切り（定量限界～定量上限）を行った分析法を比較したいと思います。 したがって、値が 3 未満の観測値があります(LOQ) および >120 (上限 LOQ)。 通常は Bland-Altman が適切ですが、この場合はわかりません。
最低値として、BQL 観測値を LOQ/2 に置き換えることを提案する人もいます。 しかし、LOQ の上部はどうでしょうか?
2014 年の JMP Discovery Summit では、検閲されたデータについて議論がありました ( https://community.jmp.com/kvoqx44227/attachments/kvoqx44227/discovery-2014-content/53/1/Discovery%20Summit%202014%20(Your%20Data%20Is%20Censored).pdf ) しかし、この文書ではほとんど説明されていません。
これらのデータの扱い方について何か提案はありますか?
ご意見をいただきありがとうございます
デイブ
Re: 打ち切りデータの手法比較残念ながら、一般化回帰では X と Y の両方のエラーを処理できません。 現時点では、Fit Orthogonal コマンドを使用してこのようなケースを処理できるのは Bivariate だけです。 メソッドの比較には、標準アッセイに対する新しいアッセイの回帰分析が含まれます。 どちらのアッセイにもエラーがあります。
Re: 打ち切りデータの手法比較そうですね、私にとってこれは新しい研究分野であり、学んでいます。 しかし、最初に私の頭に浮かんだのは、これらの特別な観察についてでした。 次の表をご覧ください。2 つの異なる方法による同じ単位での濃度測定値が示されています。それぞれ異なる LOQ があります。
| 方法A | 方法B |
| 6.8 | 9.8 |
| <0.1 | <0.035 |
| 1.5 | <0.035 |
| 5.4 | 7.2 |
| 9.9 | 9.1 |
| 5 | 6 |
| 2 | 2.9 |
| 6.9 | 13.9 |
| <0.1 | <0.035 |
| <0.1 | <0.035 |
| <0.1 | 0.34 |
| <0.1 | <0.035 |
| <0.1 | <0.035 |
| <0.1 | 0.49 |
| <0.1 | <0.035 |
| <0.1 | <0.035 |
| 4 | 1.9 |
| 6.7 | 3 |
| 6.8 | 5.2 |
| 0.3 | <0.035 |
| 6.3 | 3.5 |
| 3.2 | 3 |
| >10 | >15 |
| 6.7 | 1.2 |
| 7.8 | 1.5 |
| 6.5 | 4.1 |
| 4 | 2.5 |
| 5.1 | 1.9 |
| 3.6 | 3.9 |
| 1.2 | 0.8 |
これらの観察を破棄する必要がある場合、比較分析のためにペアごとにする必要があるため、それはデータセットの最大 30% になります。 しかし、よく見ると、ほとんどの
最初の考えは、観測値がそれぞれ 10 単位と 15 単位を超えているということです。つまり、この観測値には、一方のメソッドには少なくとも 10 単位があり、もう一方には少なくとも 15 単位があることになります。 これは有益な情報ですね。 一方、<0.035 は 0.035 に置き換えることはできませんし、置き換えるべきではありません。 前に述べたように、一部の作成者はこれらの値に LOQ/2 を使用し、他の作成者は 0 を使用し、他の作成者は情報を破棄します。
最高、
デビッド
Re: 打ち切りデータの手法比較こんにちは、デイビッドさん
いいえ、JMP ではこれは不可能です。 実際、JMP Pro の Gen Reg で左打ち切りと右打ち切りの両方のデータを分析できるかどうかはわかりません。 どちらか一方を行うことは間違いなく可能です。 しかし、両方ではありません。 Gen Regでインターバル打ち切りを行うことができます。しかし、マークが言うように、それはあなたが持っているものではありません。
別の解決策を考える必要があるかもしれないと思います。
メソッドの比較に LoQ の外部にあるサンプルを使用することに意味はありますか? これは、「私の方法は同等ですか?」という質問に答えるのにどのように役立ちますか?
Re: 打ち切りデータの手法比較ありがとうフィル！
JMP Pro ではなく JMP 13 を使用していますが、これはモデルのフィットと一般化線形モデルの選択を使用して実現できますか?これらの値をデータベースに入力し、列情報を定義するにはどうすればよいでしょうか?
Re: 打ち切りデータの手法比較こんにちは、デイビッドさん
JMP Pro の一般化回帰プラットフォームが打ち切りデータを処理できることを知っておくと役立つかもしれません。 これを使用して、LoQ データを含む 2 つのタンパク質測定手法の平均値を比較してみることができます。
よろしくお願いします。
フィル
Re: 打ち切りデータの手法比較こんにちは、マーク、
有益なコメントをありがとうございます。 私は生存分析に生命分布を使用することを理解していますが、私のデータはそれらの場合とは実際に異なります。 LOQ を下回る値と上回る値を単に破棄するのではなく、それらの値を利用できる方法があるかどうかを調べるだけです。 生存分析は打ち切りデータに対応しており、手法比較分析にも同様のものが存在するかどうかを知りたかったのです。 私の理解では、13 ページのホセの問題は、0.05 の検出限界でいくつかの観測値がある場合に、両方の分析装置が同じパフォーマンスを発揮するかどうかが関心のある問題であると述べています。 これは生存データではありませんね。
文献によると、人々はそれらに対処するためにいくつかの異なるアプローチを使用しています。 これらの値を直接破棄する場合もあります。 他の人は（以前にコメントしたように）それらを近似値として何かを持つように変換しますが、あなたが完全に言及したように、バイアスが生じる可能性があります。 ただし、観察を破棄するのではなく、エッジにバイアスを導入することとの間にはトレードオフがあります。 20 人の患者がいて、そのうち 6 人または 7 人の分析装置の 1 つの測定濃度が LOQ を下回っているが、もう 1 つの分析装置では 100% の測定値が範囲内にあるという臨床研究の状況が考えられます。 ただ捨てるのも大変です。
デビッド
Re: 打ち切りデータの手法比較はい、あなたの質問に答える前にホセの論文を読みました。 彼のデータ分析とあなたのデータ分析の唯一の類似点は、あなたたちが両方とも検閲されたデータを持っているということです。 の寿命分布プラットフォームの目的は分布プラットフォームですが、さまざまな分散モデルと、一般に分析から期待される結果を提供するように拡張されています。イベントまでの時間データ。(生存分析または信頼性分析を考えてください。) どちらを使用しますか?分布または寿命分布アッセイの分布をモデル化するには? 2 つのアッセイからの値の分布を比較しますか?
Re: 打ち切りデータの手法比較親愛なるマーク、非常に有益なご意見をありがとうございました。 元の投稿で参照した JMP Discovery Summit の文書に目を通す時間はあったでしょうか。 13 ページと 14 ページでは、ホセ G ラミレスが私が直面しているのとまったく同じ問題について議論しているようです。 そして彼は、私が思うに生命分布分析を実行します。
デビッド
Re: 打ち切りデータの手法比較私の質問は、単にあなたがどのような方法を使用しようとしているのか知りたいということでした。
残念ながら、ほとんどの統計手法は打ち切りを認識しません。したがって、私が知っているほとんどの比較 (CLSI など) では、アッセイの定量的範囲を超えるデータは省略されています。 2 つのアッセイの検出能力と直線性を個別に比較できます。
Re: 打ち切りデータの手法比較親愛なるマーク様
ご回答いただき、データの性質を明確にしていただきありがとうございます。心に留めておきます。
あなたの質問に関しては、正しく理解できるかわかりません。 タンパク質を検出するための 2 つの定量的方法があり、それらを比較したいと考えています。 私が間違っていなければ、そのような測定値を比較するための最も適切な方法 (または少なくとも文献で見つけたいくつかの方法) は、Bland-Altman プロットと Passing-Bablok 回帰です。 これは正しいです？ 他に提案できる方法はありますか?
データを置き換えるとバイアスが生じることは理解しましたが、では、「より小さい」または「より大きい」結果のデータを分析するにはどうすればよいでしょうか? 貴重な情報を提供するため、無視することはできません（ほとんどの場合タンパク質が存在しないが、一方では大量のタンパク質も含まれています）。
最高、
デビッド
Re: 打ち切りデータの手法比較あなたのデータはない間隔は打ち切られました。 LOQ 未満の観測結果は次のとおりです。検閲済みのままLOQ を超えるあなたの観察結果は次のとおりです。右検閲済み。 これらの制限の間での観察は正確です。
このため、左側の打ち切り観測値には LOQ/2 を使用しないでください。このために置き換えると回答に偏りが生じます。
「2 つの分析手法を比較」するにはどうすればよいですか?
