Solicitud de Datos Funcionales de Espectroscopía Infrarroja y CromatografíaTengo una consulta sobre el uso de Functional Data Explorer en espectroscopia infrarroja y cromatografía.Las formas de onda de ejemplo se pegan a continuación y estoy tratando de que el cliente me envíe una tabla de datos.La aplicación es para usarlas como respuestas del DOE.Para la espectrografía infrarroja, la presencia de picos en números de onda específicos es interesante.Para la cromatografía, el área bajo la curva en puntos en el tiempo (el eje x es el tiempo) es interesante.También hubo una discusión sobre la alineación del eje x y la resta de una respuesta base.
https://www2.chemistry.msu.edu/faculty/reusch/virttxtjml/spectrpy/infrared/infrared.htm
https://www.researchgate.net/figure/High-performance-liquid-chromatography-HPLC-chromatograms-of-the-flavonoids-in-CN30_fig1_281614653
Re: Solicitud de datos funcionales sobre espectroscopia infrarroja y cromatografíaHola Martín,
Su sugerencia P-Splines es algo con lo que he estado jugando usando FDE.No he probado FT hasta el momento, pero también soy escéptico de que funcione mejor que un ajuste spline... al menos para datos espectrales.Una cosa que he encontrado que parece funcionar bien es usar las filas como funciones en lugar de apilar los datos.He tenido buenos resultados con datos NIR y Mass Spec, las filas como funciones y P-Splines.Tuve algunas dificultades con los datos de RMN, pero necesito revisar esos datos para probar algunas cosas nuevas.
Sin embargo, en última instancia, uso PLS o Gen Reg para ajustar los modelos predictivos y estoy usando el escaneo Elastic Net en Gen Reg para encontrar algunos modelos predictivos realmente buenos que están a la par o son mejores que los modelos PLS para datos de respuesta continuos y binomiales.
Re: Solicitud de datos funcionales sobre espectroscopia infrarroja y cromatografíaCreo que JMP Development ha tenido recientemente algunas buenas conversaciones con clientes con datos como este. Por lo tanto, tienen una buena comprensión de por qué los datos espectrales y cromatográficos (y similares, como XRD) son difíciles para FDE como lo son ahora. ¡Esperemos que puedan encontrar soluciones que puedan abrir esto a nuevas aplicaciones y nuevos usuarios de JMP Pro!
Re: Solicitud de datos funcionales sobre espectroscopia infrarroja y cromatografíaAunque ya hace mucho tiempo:
Solo para agregar los comentarios de Phil/Mike/Bill: este tipo de datos será difícil de ajustar con los nudos estándar FDE. o bien quieres probar fourier (aunque esto podría girar demasiado en un lado) o P-Splines donde ajustas los nudos más cerca de las variaciones máximas. Esto ayudará a eliminar el efecto de alisado. A menudo, esto no es importante, pero si está interesado en las diferentes posiciones de los picos (hight, auc, ...) esto puede ser importante.
De mi trabajo anterior con clientes de procesamiento de señales y sismografía, filtrar el ruido era importante, FDE todavía carece de buenas técnicas de filtrado. Creo que esto ayudaría mucho en el procesamiento de datos.
Sin embargo, le daría una oportunidad y vería lo bueno que puede ser (actualmente). Aunque me gustan las plataformas no lineales y de ajuste curvo, tampoco estoy tan convencido de que vayan a hacer un buen trabajo.
Re: Solicitud de datos funcionales sobre espectroscopia infrarroja y cromatografíaSegún mi experiencia con los clientes, los espectros IR y la cromatografía son aplicaciones útiles de FDE. GSK ha presentado un par de veces cómo usaron FDE para optimizar un método de cromatografía (aunque no pudieron compartir la presentación). Tengo otro cliente mirando espectros FTIR.
En ambos casos, no estaban mirando todo el espectro/cromatograma. Se enfocan en regiones/picos particulares de interés.
Los ejemplos anteriores me parecen un poco "ocupados" y creo que FDE podría tener problemas. Pero realmente depende de la situación: cuál es la naturaleza de la variación de función a función y qué quieren averiguar de los datos.
Restar la línea de base es una preparación de datos común en estas situaciones. No hay una manera fácil de hacer esto en FDE en este momento, pero con suerte se agregará.
Eche un vistazo a Root Integrated Function Square como una de las estadísticas de resumen de FDE que podría ser útil para el área bajo la curva.Re: Solicitud de datos funcionales sobre espectroscopia infrarroja y cromatografía¡Ey!
Tal vez una perspectiva diferente de @Bill_Worley . Los datos NIR del libro PLS son un gran ejemplo de un espectro IR que funcionará muy bien con FDE. Cuando los picos de los espectros se vuelven más nítidos, la capacidad de hacer un seguimiento realmente bueno disminuye. La función intenta redondear el bit puntiagudo superior/inferior. He tenido este problema con algunos espectros XRD, Mass Spec y NMR. Dicho esto, aún puede obtener mucha información útil del rastro (identificación de regiones activas en los espectros, etc., consulte Charla de descubrimiento de Pete...) También encuentro que es mucho más fácil para las personas nuevas en el tema entender ese PLS. Pude obtener tracción con FDE donde PLS simplemente pasa por encima de sus cabezas.
Para la cromatografía, particularmente los cálculos de AUC, querrá optar por Nonlinear o Fit Curve (IMO). Sin embargo, es posible que pueda usar FDE para abordar el ruido que menciona Bill... como un paso de limpieza de datos.
Mejor,
METRORe: Solicitud de datos funcionales sobre espectroscopia infrarroja y cromatografíahyde,
El espectro IR que muestra es para un compuesto puro.Si están buscando compuestos puros, podrían desarrollar una curva de calibración.PLS se ha utilizado de manera muy efectiva con datos espectrales en el pasado.Si tiene el libro PLS, hay una excelente descripción sobre cómo determinar el octanaje en el gas.Dicho todo esto, Pete Hersh mostró un ejemplo de trabajo con datos NIR en FDE en Discovery y podría contactarlo en ese caso.
Para la cromatografía, los puntos de tiempo son los tiempos de elución para compuestos específicos.A menos que desee comparar curvas de diferentes lotes, no estoy seguro de que FDE sea la respuesta correcta aquí, pero me he equivocado antes.Por lo general, también hay mucho ruido de línea de base con la cromatografía que usted menciona.Feliz de trabajar con usted en esto si obtiene algunos datos de su cliente.
Mejor,
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