SAS, JMP y el equipo de JMP Genomics organizaron la séptima reunión presencial del consorcio MicroArray Quality Control (MAQC) del 24 al 25 de mayo en el campus de SAS. En los últimos años, el MAQC ha atraído una atención significativa de líderes de pensamiento en biotecnología y farmacéutica, fabricantes de chips y proveedores de análisis, incluidos desarrolladores y evaluadores de SAS y, en particular, miembros del equipo de JMP Genomics liderado por Russ Wolfinger.
John Sall, vicepresidente ejecutivo y desarrollador de JMP de SAS, ofreció amablemente un discurso de apertura para la reunión de MAQC el jueves por la mañana, comentando la larga historia de SAS en las ciencias de la vida. También compartió algunos datos interesantes sobre la historia de SAS y, en particular, del Edificio V, donde se realizó la reunión, que anteriormente albergaba el desarrollo de videojuegos y la producción de infomerciales de ejercicios. Tal vez todavía sea un recién llegado a SAS, después de haber estado aquí solo un año, pero esos capítulos en la historia del Edificio V fueron una noticia para mí ...
Se les ha pedido a los asistentes a esta reunión de MAQC que mantengan el contenido de las presentaciones científicas en forma confidencial, ya que serán la base para futuras publicaciones. Sin embargo, los objetivos del MAQC ciertamente no son secretos de ninguna manera. Están claramente indicados en el Página de inicio de la FDA para el MAQC : "El propósito del proyecto MAQC es proporcionar herramientas de control de calidad a la comunidad de microarrays para evitar fallos en los procedimientos y desarrollar pautas para el análisis de datos de microarrays al proporcionar al público grandes conjuntos de datos de referencia junto con muestras de ARN de referencia de fácil acceso".
El equipo de JMP Genomics y otros de SAS participaron en varios artículos de la Fase I de MAQC publicados en Nature Biotechnology en septiembre pasado, y también participan en los esfuerzos de análisis para los conjuntos de datos de la Fase II. Uno de los objetivos generales de la Fase II es ofrecer orientación sobre métodos para construir modelos predictivos sólidos con datos genómicos. Junto con la demanda de los usuarios para un modelo predictivo expandido en JMP Genomics, este objetivo de MAQC ayudó a impulsar el desarrollo de capacidades de modelado predictivo muy expandidas para JMP Genomics 3.0. El equipo de desarrollo agregó un proceso de Radial Basis Machine y la plataforma de comparación de modelos de validación cruzada para comparar fácilmente el rendimiento de grandes grupos de modelos predictivos (ambos modelos del mismo tipo y en diferentes tipos). Se ha vuelto bastante claro en los últimos meses que estas capacidades distinguen a JMP Genomics entre nuestra competencia en el espacio de análisis genómico.
Desde mi punto de vista, los participantes de MAQC tienen grandes intereses científicos en las técnicas y métodos estadísticos que se pueden usar para analizar datos genómicos, pero también un deseo genuino de ver datos genómicos de buena calidad para beneficiar a la salud humana y apoyar el proceso de desarrollo de medicamentos. Con la introducción de la presentación voluntaria de datos genómicos (VGDS) en el proceso de aprobación de medicamentos, la FDA claramente desea una exploración y estandarización más rigurosas de los procesos analíticos para el análisis de datos genómicos. Los coordinadores de la FDA de MAQC han intervenido para facilitar la investigación en esa área, y los científicos y desarrolladores de software tienen mucho que aprender de sus hallazgos y publicaciones hasta el momento.
Un desarrollo público particularmente interesante en la reunión de MAQC aquí en SAS fue el anuncio de un grupo de estudio de la Asociación de Genoma Total (WGA) de MAQC. Con JMP Genomics 3.0 , apoyamos el análisis de algunos conjuntos de datos WGA muy grandes. Recientemente, hemos evaluado algunos de nuestros procesos genéticos con genotipos de 500k SNP para 4000 muestras, y algunos con hasta un millón de SNP para cada una de las 4000 muestras. No tengo dudas de que los desarrolladores de SAS y JMP Genomics estarán muy involucrados en la dirección futura del grupo de estudio WGA, e incorporarán lo que aprendan en futuras mejoras a las increíbles capacidades de análisis genético en JMP Genomics.
¡Mi agradecimiento personal a John Sall, JMP Marketing y a todos los demás de SAS que ayudaron a planificar y apoyar este importante evento de dos días!
