SAS, JMP e il team JMP Genomics hanno ospitato la settima riunione faccia a faccia del consorzio MicroArray Quality Control (MAQC) il 24 e 25 maggio sul campus SAS. Negli ultimi anni, il MAQC ha attirato l'attenzione dei leader del pensiero in biotecnologie e pharma, produttori di chip e fornitori di analisi, inclusi sviluppatori e tester SAS e in particolare membri del team JMP Genomics guidato da Russ Wolfinger.
Il vicepresidente esecutivo di SAS e lo sviluppatore JMP John Sall hanno gentilmente fornito osservazioni di apertura per la riunione del MAQC giovedì mattina, commentando la lunga storia di SAS nelle scienze della vita. Ha anche condiviso alcune curiosità sulla storia di SAS e, in particolare, di Building V, dove si è tenuto l'incontro, che in passato ospitava sia lo sviluppo di videogiochi che la produzione di infomercials di esercizi! Forse sono ancora un nuovo arrivato in SAS, essendo qui da solo un anno, ma quei capitoli nella storia di Building V erano notizie per me ...
Ai partecipanti a questa riunione del MAQC è stato chiesto di mantenere riservato il contenuto delle presentazioni scientifiche poiché saranno la base per future pubblicazioni. Tuttavia, gli obiettivi del MAQC non sono certamente segreti in alcun modo. Sono chiaramente indicati sul Pagina iniziale della FDA per il MAQC : "Lo scopo del progetto MAQC è fornire strumenti di controllo di qualità alla comunità di microarray al fine di evitare errori procedurali e sviluppare linee guida per l'analisi dei dati di microarray fornendo al pubblico ampi dataset di riferimento insieme a campioni di RNA di riferimento facilmente accessibili."
Il team di JMP Genomics e altri di SAS hanno partecipato a diversi articoli della Fase I del MAQC pubblicati su Nature Biotechnology lo scorso settembre e sono anche coinvolti negli sforzi di analisi per i set di dati di Fase II. Uno degli obiettivi generali della Fase II è offrire una guida sui metodi per costruire modelli predittivi solidi con dati di genomica. In linea con la richiesta da parte degli utenti di una modellazione predittiva ampliata in JMP Genomics, questo obiettivo di MAQC ha aiutato lo sviluppo di funzionalità di modellazione predittiva notevolmente ampliate per JMP Genomics 3.0. Il team di sviluppo ha aggiunto un processo Radial Basis Machine e la piattaforma di confronto del modello Cross-Validation per confrontare facilmente le prestazioni di grandi gruppi di modelli predittivi (entrambi i modelli dello stesso tipo e tra diversi tipi). Negli ultimi mesi è diventato piuttosto chiaro che queste capacità hanno contraddistinto JMP Genomics nella nostra concorrenza nello spazio di analisi genomica.
Dal mio punto di vista, i partecipanti al MAQC hanno grandi interessi scientifici nelle tecniche e nei metodi statistici che possono essere utilizzati per analizzare i dati genomici, ma anche un genuino desiderio di vedere dati genomici di buona qualità da utilizzare a beneficio della salute umana e sostenere il processo di sviluppo dei farmaci. Con l'introduzione della trasmissione volontaria dei dati sulla genomica (VGDS) nel processo di approvazione dei farmaci, la FDA desidera chiaramente un'esplorazione e una standardizzazione più rigorose dei processi analitici per l'analisi dei dati sulla genomica. I coordinatori FDA di MAQC sono intervenuti per facilitare la ricerca in quell'area, e scienziati e sviluppatori di software hanno molto da imparare dalle loro scoperte e pubblicazioni finora.
Uno sviluppo pubblico particolarmente entusiasmante alla riunione MAQC qui a SAS è stato l'annuncio di un gruppo di studio MAQC Whole Genome Association (WGA). Con JMP Genomics 3.0 , stiamo supportando l'analisi di alcuni set di dati WGA molto grandi. Di recente abbiamo effettuato un benchmark su alcuni dei nostri processi genetici con genotipi SNP da 500k per 4000 campioni e alcuni con un massimo di un milione di SNP per ciascuno dei 4000 campioni. Non ho dubbi che gli sviluppatori SAS e JMP Genomics saranno pesantemente coinvolti nella direzione futura del gruppo di studio WGA e incorporeranno ciò che apprenderanno nei futuri miglioramenti delle incredibili capacità di analisi genetica in JMP Genomics.
Ringraziamenti personali a John Sall, JMP Marketing e tutti gli altri di SAS che hanno contribuito a pianificare e supportare questo importante evento di due giorni!
