그룹 비교를위한 배율 변경 표 P 값 및 FDR많은 응답 변수 (~ 15K) 및 많은 샘플 (~ 7K)이있는 데이터 세트가 있습니다. 필자는 사전 지식을 기반으로 샘플을 10 개의 클러스터로 클러스터링했으며 각 클러스터의 특징 인 변수를 정의해야합니다. 모든 변수와 클러스터를 나열하는 표 / 행렬을 생성하고 P 값 (수정 여부) 및 가능한 경우 FDR을 사용하여 평균 응답 값 (각 클러스터 대 다른 모든 샘플 모두 함께)의 배율 변경 (비율) .
이것을 생성하는 간단한 방법이 있습니다. ANOVA 또는 음 이항 옵션이 도움이 될 것입니다.
다시 : 그룹의 비교에 대한 배율 테이블 P 값과 FDR그러한 사례에서의 나의 경험은 유용한 정보가 두 배가되었지만 반응이 역가 였을 때 바이러스학에 있었다. 따라서 변환은 응답을 Ln (titer) / Ln (2)로 변환하는 의미있는 변환으로 만들 수 있습니다. (이것은 효과적으로 로그베이스 2입니다.) 별도의 스크립트가 필요없는 열 수식으로이 변환을 수행 할 수 있습니다.
다시 : 그룹의 비교에 대한 배율 테이블 P 값과 FDR반응 검사는 의미의 차이를 나타냅니다. 그러나 우리의 목적을 위해 평균값의 차이는 전체에 대한 각 집단 평균의 비율의 차이만큼 중요하지 않습니다.
그러므로 P 값과 FDR을 가진 fold change 테이블이 필요합니다. 나는 그들이 이것을 할 availble 스크립트 있는지 궁금해.
감사
다시 : 그룹의 비교에 대한 배율 테이블 P 값과 FDR스크리닝 도구 : 분석> 스크리닝> 반응 스크리닝을 살펴 보시기 바랍니다. 나는 당신이하고 싶은 생각에 대해 응답 심사 플랫폼을 자주 사용합니다. 문서는 다음 위치에 있습니다.
https://www.jmp.com/support/help/14/response-screening.shtml
