¿Cuánto tiempo dura la estimación de haplotipos?<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />Hola,
Detuve una estimación de haplotipos de más de 200k snps después de 24 horas. ¿Está tardando tanto o me estoy perdiendo el sonething?
Re: ¿cuánto tiempo es la estimación de haplotipos?Gracias. Utilicé el tamaño de ventana predeterminado de 5 SNP sin superposición.
Re: ¿cuánto tiempo es la estimación de haplotipos?¿Qué tan grande es el tamaño de la ventana deslizante que está utilizando para estimar haplotipos? Este proceso utiliza el algoritmo EM para estimar los haplotipos en un tamaño de ventana de marcadores. Puede llegar a ser extremadamente computacionalmente intensivo con una gran cantidad de marcadores, especialmente si está intentando crear ventanas grandes de haplotipos. No es raro que esto tenga tiempos de ejecución largos.
