Quelle est la durée de l'estimation d'un haplotype?<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />salut,
J'ai arrêté une estimation d'haplotype supérieure à 200k snps après 24 heures. Est-ce que ça prend si longtemps ou est-ce qu'il me manque quelque chose?
Re: combien de temps dure l’estimation de l’haplotype?Merci. J'ai utilisé la taille de fenêtre par défaut de 5 SNP sans chevauchement.
Re: combien de temps dure l’estimation de l’haplotype?Quelle est la taille de la fenêtre glissante que vous utilisez pour estimer les haplotypes? Ce processus utilise l'algorithme EM pour estimer les haplotypes sur une taille de fenêtre de marqueurs. Elle peut devenir extrêmement intensive en calcul avec un grand nombre de marqueurs, en particulier si vous essayez de créer de grandes fenêtres de haplotypes Il n’est pas rare que cela dure longtemps.
