Design personalizzato per CFU / mLCiao,
Sto cercando di impostare il mio DOE ma non riesco a generare il giusto design. Ecco il mio esperimento: tre percorsi (eseguiti in tre giorni separati), 9 trattamenti (GH, GM, GL, SH, SM, SL, MH, MM, ML) che saranno testati con 4 soluzioni di reidratazione (NaCl, Peptone, PBS , Maltose). Ci saranno due fattori di diluizione (1: 1, 1:10), 3 piastre per fattore di diluizione (1, 2, 3) e 0,1 ml di volume placcato. Registrerò le colonie e useremo la formula: Colonie x Fattore di diluizione / volume. In questo momento, ho la progettazione personalizzata basata sul file allegato. Come puoi vedere, devo aggiungere il fattore di diluizione, il volume totale e le colonne delle colonie nel design generato. Non solo, ma quando ho riorganizzato / raggruppato la reidratazione / trattamento, ho notato che non ci sono abbastanza righe generate dal mio progetto per due fattori di diluizione (esempio Maltose GH). Qualsiasi aiuto sarebbe fantastico, grazie!
Re: Custom Design for CFU / mLIl primo problema è la definizione "Numero di repliche replicate" significa nello strumento di progettazione personalizzata.
Quando si imposta tale opzione su 3, si ottiene un totale di tre esecuzioni replicate. Se il numero minimo di esecuzioni dell'esperimento era 12 e si inserisce un "3" nella casella "Numero di repliche replicate", si otterrebbero 15 esecuzioni come minimo nuovo, non 36. (che è quello che succederebbe in alcuni dei progetti classici.) Chiaramente un luogo in cui può verificarsi confusione
Un secondo problema riguarda le piastre di replica e l'unità sperimentale. Ogni combinazione di trattamento e soluzione è un'unità sperimentale. L'unità sperimentale è diluita o meno (1:10 o 1: 1), quindi l'unità viene placcata (misurata) tre volte. Le tre lastre non sono replicate nel design; tuttavia, la media delle tre piastre rappresenta l'unità sperimentale. Immagino anche che nell'analisi si possa usare solo conteggi a bassa diluizione a meno che non si tratti di TNTC, altrimenti si impiegherebbe la diluizione più alta.
Perché vuoi eseguire tutte le combinazioni di fattori, il custome designer ti crea un design fattoriale completo di 36 run. Le interazioni possono essere stimate, in questo progetto, quindi aggiungere interazioni nel designer personalizzato aggiunge solo altre 36 esecuzioni.
Ogni giorno puoi impostare le 36 soluzioni di trattamento. Quindi fai le tue due diluizioni e la piastra ogni diluizione 3 volte. Fare 216 piatti in un giorno non è irragionevole, sembra divertente. Mi unirò a te ma ... Penso di avere qualcosa da fare quel giorno.
Re: Custom Design for CFU / mLIn base alla descrizione, sembra che sia necessario includere fattori aggiuntivi nella progettazione. Se la tua intenzione è di 3 piastre per ogni fattore di diluizione, soluzione di reidratazione, combinazione di trattamento per ogni giorno, forse un fattore di blocco del giorno e il fattore di diluizione deve essere incluso nel modello. Si prega di vedere la schermata allegata. Quando ho impostato il fattore di blocco, ho specificato 216 corse per blocco. Notare le 72 repliche che devono essere eseguite per ciascuna combinazione tre volte al giorno.
