Seguimiento de 96 pozos a lo largo del tiempoHola,
Tengo un ensayo cinético que registra la DO a lo largo del tiempo en una placa de 96 pocillos.
La salida es OD y tengo columnas de datos con hora y ubicación (A1, A2, etc.) para cada valor de OD.
Al aplicar la forma del mapa, puedo visualizar la placa de 96 pocillos en Graph Builder en un momento determinado (por ejemplo, a las 0 o 1 hora).
¿Sería posible que Graph Builder u otra característica de SAS JMP mostrara el desarrollo de OD a lo largo del tiempo en la misma placa (similar a la función Bubble Plot)?
Re: Seguimiento de 96 pozos a lo largo del tiempoMientras tanto, creé los archivos de forma y prueba para 100 pocillos. No me tomé el tiempo para quitar los 4 pocillos centrales de los archivos de formas o del archivo de prueba. Esto funciona para mi.
Asegúrese de guardar los archivos juntos o mover los dos archivos de definición de formas a la carpeta de formas común documentada para su versión de JMP.
Definitivamente hay algún problema con los archivos de formas que creaste, pero no puedo ver qué es.
Re: Seguimiento de 96 pozos a lo largo del tiempoNo sé qué pasa.
Verifiqué que mi ejemplo de 96 pocillos está funcionando. Luego examiné sus archivos y descubrí que estaban definidos correctamente, pero tuve el mismo problema que usted. Creé una nueva tabla de datos para el nombre y la información XY, copié los valores de sus datos en mis tablas y agregué las propiedades de la columna. Lo probé con todos los archivos juntos en la misma carpeta de prueba pero nada ayudó. El problema no son los datos, es uno de tus archivos de formas.
Le recomiendo que se comunique con el soporte técnico de JMP para obtener más ayuda. (soporte@jmp.com)
Re: Seguimiento de 96 pozos a lo largo del tiempoSí, intenté arrastrar mi variable de respuesta al medio, todavía se muestra un gráfico vacío con el mensaje de error "No se encontró ningún archivo de forma para la Ubicación".
Re: Seguimiento de 96 pozos a lo largo del tiempoEntonces, ¿hiciste tus propios archivos de formas para el diseño de tu placa de 10x10? ¿Seguiste los pasos descritos en este entrada en el blog ?
Entonces, ¿puede agregar las nuevas formas a Graph Builder pero los datos de su respuesta (Y) no aparecen? ¿Arrastraste la columna de datos con los datos de respuesta al centro de Graph Builder? ¿Seguiste los pasos descritos en la publicación del blog mencionada anteriormente?
Re: Seguimiento de 96 pozos a lo largo del tiempoHola, Mark,
Intenté cambiar el diseño de la placa de 96 pocillos de acuerdo con el diseño de mi placa, que es de 10*10 y quedan 4 pocillos vacíos en el medio. Pero mi salida muestra un gráfico vacío.¿Es posible utilizar este gráfico para producir mapas de calor para múltiples variables?
Re: Seguimiento de 96 pozos a lo largo del tiempoLos archivos de forma para los pocillos de la placa de microtitulación se pueden encontrar en aquí en el área de intercambio de archivos JMP de la comunidad JMP.
Re: Seguimiento de 96 pozos a lo largo del tiempoAsí es, ¡gracias!
Re: Seguimiento de 96 pozos a lo largo del tiempoYo no los dibujé. JMP ha desarrollado archivos JMP con formato de 96 y 384 pocillos. Luego puede agregarlos en Función de mapa en las propiedades de la columna.
Re: Seguimiento de 96 pozos a lo largo del tiempoMe alegro que haya funcionado. ¿Cómo dibujaste los círculos en tus formas? ¡Ellos se ven bien!Re: Seguimiento de 96 pozos a lo largo del tiempoGracias por su respuesta.
Fue fácil reescribir el guión de mi caso y agregar mis pozos en Forma.
He agregado el resultado a continuación
Re: Seguimiento de 96 pozos a lo largo del tiempoJMP puede hacer cosas bastante sorprendentes con este tipo de datos. (No estoy seguro de lo que ya sabes, por lo que algo de esto puede ser un poco básico, quién sabe quién más podría leerlo).
El primer paso es conseguirlo en el formato correcto. Desde la mentalidad de Excel, esto es absolutamente desalentador, pero las herramientas de tabla de JMP lo hacen fácil. Lo que necesitamos es una columna para el tiempo, una columna para OD y una columna para la ubicación. (También es posible que tenga réplicas de un tratamiento en la placa, pero eso se vuelve un poco más complejo, así que voy a seguir con el caso simple. Si tuviéramos eso, podríamos querer obtener los medios de las réplicas del tratamiento y, en ese caso, no tendríamos una columna de ubicación, tendríamos una columna de tratamiento).
-Para obtener todas las ubicaciones en un solo lugar, vaya a Tablas>Apilar, apile todas las columnas que tengan datos OD y no seleccione ninguna otra columna.
-Esto debería dar como resultado una columna de Hora, una columna con valores de OD y una columna con ID de ubicación. (Cambie el nombre de la columna con valores OD a "OD600" o algo apropiado.
Primer gráfico: use el generador de gráficos, coloque el tiempo en el eje X y el OD en el Y. Dependiendo de lo que esté creciendo, verá una nube de puntos de datos con forma aproximadamente sigmoidea. Por último, agregue la variable Ubicación a la función de superposición. En los elementos del gráfico, active Puntos de datos y la línea más suave o conectada.
Gráfico de burbujas: X es el tiempo, el tiempo es el tiempo, Y es OD e ID es la ubicación. Ejecute este gráfico, haga clic en el botón de reproducción y observe cómo aparece ante sus ojos el gráfico de serie temporal más doloroso, luego nunca vuelva a hacer esto ni haga que ninguno de sus respetados compañeros de trabajo lo vea. En mi humilde opinión, la variable de tiempo nunca debe usarse simultáneamente para la variable del eje X y la función de Tiempo. Esto es un pecado gráfico y una abominación (nuevamente, en mi humilde opinión, que podría ser fuerte). Si hubiera medido el pH, O2, CO2, NH4, su fuente de carbono favorita, Gln, Glu o cualquier otro metabolito, entonces mire Es probable que las proporciones de estos en los ejes X e Y y el uso de la variable de tiempo en el rol de tiempo sean un gráfico interesante de observar. Los diagramas de burbujas son excelentes para observar las relaciones entre variables a lo largo del tiempo en grupos y como individuos.
El gráfico real: Analizar>Modelado especializado>Ajustar curva. Coloque Hora en X, coloque DO en Y y coloque Ubicación en la función ID/Grupo. Vaya al punto de acceso e intente elegir modelos que se ajusten a sus datos. (Sigmoidal>Logístico> pruebe las opciones 4p y 5p) El JMP se adapta a todas sus curvas de crecimiento y le proporcionará una tabla de estimaciones de parámetros.
Espero que esto ayude un poco. Por lo general, se trata de datos bastante divertidos con los que trabajar, así que si terminas haciendo algunas figuras espectaculares, publica una imagen si puedes.
Salud,
-B
Nota: En JMP 14 hay una nueva herramienta que hará aún más para este caso, pero estoy seguro de que se cubrirá cuando esté disponible.
Re: Seguimiento de 96 pozos a lo largo del tiempoPara ampliar la respuesta de Ian, puede agregar un filtro de datos local a su gráfico, cambiar su eje de tiempo a ordinal si desea ver tiempos de muestra discretos y luego usar animación debajo del filtro de datos. Si ejecuta el siguiente script, solo necesitará presionar reproducir en la esquina superior izquierda:
Names default to here( 1 );
dt = Open( "$SAMPLE_DATA/Time Series/Air.jmp" );
Column( dt, "date" ) << Set Modeling Type( "Ordinal" );
graph = dt << Graph Builder(
Size( 516, 680 ),
Show Control Panel( 0 ),
Variables( Y( :Ozone Concentration ) ),
Elements( Bar( Y, Legend( 3 ) ) ),
Local Data Filter(
Add Filter(
columns( :date ),
Where( :date == 1953936000 ),
Display( :date, Size( 256, 360 ), List Display )
),
Animation( Animate Column( :date ), Animate Rate( 90 ) )
),
SendToReport(
Dispatch(
{},
"Ozone Concentration",
ScaleBox,
{Format( "Best", 9 ), Min( 0 ), Max( 10 ), Inc( 2 ), Minor Ticks( 1 )}
)
)
);
Re: Seguimiento de 96 pozos a lo largo del tiempoHaga que su Graph Builder se muestre de la manera que desee, luego intente agregar su variable 'tiempo' al filtro de datos locales.
