96 ウェルの経時的な追跡こんにちは、
96 ウェル プレート上で経時的に OD を記録する動態アッセイを使用しています。
出力は OD で、各 OD 値の時間と場所 (A1、A2 など) を含むデータ列があります。
マップ形状を適用することで、グラフ ビルダーで特定の時間 (0 時間または 1 時間など) の 96 ウェル プレートを視覚化できます。
グラフビルダーまたは別のSAS JMP機能で、同じプレート上で時間の経過に伴うODの変化を表示することは可能でしょうか(バブルプロット機能と同様)?
Re: 96 ウェルの経時的追跡その間に、100 個のウェルの形状ファイルとテスト ファイルを作成しました。 形状ファイルまたはテスト ファイルから中央の 4 つのウェルを削除する時間はかかりませんでした。 わたしにはできる。
必ずファイルを一緒に保存するか、2 つの形状定義ファイルを、JMP のバージョンに記載されている共通の形状フォルダーに移動してください。
作成したシェープ ファイルには間違いなく何か問題がありますが、それが何なのかわかりません。
Re: 96 ウェルの経時的追跡何が間違っているのか分かりません。
96 ウェルの例が機能することを確認しました。 次に、あなたのファイルを調べたところ、正しく定義されていることがわかりましたが、私もあなたと同じ問題を抱えていました。 名前と XY 情報用に新しいデータ テーブルを作成し、データ値をテーブルにコピーし、列のプロパティを追加しました。 すべてのファイルを同じテストフォルダーにまとめてテストしましたが、何も役に立ちませんでした。 問題はデータではなく、シェープ ファイルの 1 つです。
さらにサポートが必要な場合は、JMP テクニカル サポートにお問い合わせいただくことをお勧めします。 ( support@jmp.com )
Re: 96 ウェルの経時的追跡はい、応答変数を中央にドラッグしようとしましたが、依然として空のグラフが表示され、「場所のシェープ ファイルが見つかりません」というエラー メッセージが表示されます。
Re: 96 ウェルの経時的追跡では、10x10 プレート レイアウト用に独自のシェイプ ファイルを作成したのですか? この記事で説明されている手順に従いましたかブログ投稿?
新しい図形をグラフ ビルダーに追加できても、応答データ (Y) が表示されないということですか? 応答データを含むデータ列をグラフ ビルダーの中央にドラッグしましたか? 上記のブログ投稿に記載されている手順に従いましたか?
Re: 96 ウェルの経時的追跡ハイマーク、
私のプレートデザインに従って96ウェルプレートデザインを変更しようとしました。これは10*10で、中央の4ウェルは空のままです。 しかし、私の出力には空のグラフが表示されます。このグラフを使用して複数の変数のヒートマップを作成することはできますか。
Re: 96 ウェルの経時的追跡マイクロタイター プレートのウェルの形状ファイルは次の場所にあります。ここJMP コミュニティの JMP ファイル交換エリア。
Re: 96 ウェルの経時的追跡彼らはそうなのです、ありがとう！
Re: 96 ウェルの経時的追跡私が描いたわけではありません。 JMP は、96 ウェルおよび 384 ウェル形式の JMP ファイルを開発しました。 その後、列プロパティのマップ ロールの下にそれらを追加できます。
Re: 96 ウェルの経時的追跡うまくいってよかったです。 図形内の円はどうやって描いたのですか? 素敵ですね！Re: 96 ウェルの経時的追跡お返事ありがとうございます。
私の場合に合わせてスクリプトを書き直し、Shape の下にウェルを追加するのは簡単でした。
以下に出力を追加しました
Re: 96 ウェルの経時的追跡JMP は、この種のデータを使用して、かなり驚くべきことを実行できます。 (あなたがすでに何を知っているかわからないので、この内容の一部は少し基本的なものになるかもしれません。他の誰が読むかは誰にもわかりません。)
最初のステップは、正しい形式で取得することです。 Excel の考え方からすると、これは非常に困難な作業ですが、JMP のテーブル ツールを使用すると簡単になります。 必要なのは、時間に関する 1 つの列、OD に関する 1 つの列、および場所に関する 1 つの列です。 (プレート上に治療の複製がある場合もありますが、それはもう少し複雑になるため、単純なケースで実行します。 それがあれば、治療の反復手段を取得したいと思うかもしれません。その場合、場所の列はなく、治療の列が存在することになります)。
-すべての場所を 1 か所で取得するには、[テーブル] > [スタック] に移動し、OD データを持つすべての列をスタックし、他の列は選択しません。
-これにより、時間列が 1 つ、OD 値が含まれる列が 1 つ、場所 ID が含まれる列が 1 つになるはずです。 (OD 値を含む列の名前を「OD600」または適切な名前に変更します。
最初のグラフ: グラフ ビルダーを使用し、X 軸に時間を、Y 軸に OD を配置します。 成長内容に応じて、ほぼ S 字状のデータ点群が表示されます。 最後に、Location 変数をオーバーレイ ロールに追加します。 グラフ要素で、データ ポイントと、滑らかな線または接続された線のいずれかをオンにします。
バブル プロット: X は時間、Time は時間、Y は OD、ID は場所です。 このグラフを実行し、再生ボタンをクリックすると、最も痛ましい時系列グラフが目の前に表示されます。その後、このようなことを二度と行わないでください。また、尊敬する同僚にそれを見てもらうこともありません。 私見ですが、時間変数は X 軸変数と時間の役割の両方に同時に使用するべきではありません。 これはグラフィカルな罪であり、忌まわしい行為です (これも私の謙虚な意見ですが、これは強いかもしれません)。pH、O2、CO2、NH4、お気に入りの炭素源、Gln、Glu、またはその他の代謝物を測定したことがある場合は、これらの比率を X 軸と Y 軸に表示し、時間の役割に時間変数を使用すると、興味深いグラフになる可能性があります。 バブル プロットは、グループ内および個人としての変数間の関係を経時的に調べるのに最適です。
実際のグラフ: [分析] > [特殊なモデリング] > [カーブのフィット]。 X に Time、Y に DO、ID/Group ロールに Location を入力します。 ホット スポットに移動し、データに適合するモデルを選択してみてください。 (S 字状 > ロジスティック > 4p および 5p オプションを試してください) JMP はすべての成長曲線に適合し、パラメーター推定値の表を提供します。
これが少しでも役立つことを願っています。 これは通常、扱うのに非常に楽しいデータなので、キラーフィギュアを作成することになった場合は、可能であれば画像を投稿してください。
乾杯、
-B
注: JMP 14 には、このケースに対してさらに多くのことを実行する新しいツールがありますが、それが利用可能になったら取り上げられると思います。
Re: 96 ウェルの経時的追跡Ian の答えを拡張するには、グラフにローカル データ フィルターを追加し、離散サンプル時間を表示したい場合は時間軸を順序に変更し、データ フィルターでアニメーションを使用します。 以下のスクリプトを実行する場合は、左上の再生を押すだけです。
Names default to here( 1 );
dt = Open( "$SAMPLE_DATA/Time Series/Air.jmp" );
Column( dt, "date" ) << Set Modeling Type( "Ordinal" );
graph = dt << Graph Builder(
Size( 516, 680 ),
Show Control Panel( 0 ),
Variables( Y( :Ozone Concentration ) ),
Elements( Bar( Y, Legend( 3 ) ) ),
Local Data Filter(
Add Filter(
columns( :date ),
Where( :date == 1953936000 ),
Display( :date, Size( 256, 360 ), List Display )
),
Animation( Animate Column( :date ), Animate Rate( 90 ) )
),
SendToReport(
Dispatch(
{},
"Ozone Concentration",
ScaleBox,
{Format( "Best", 9 ), Min( 0 ), Max( 10 ), Inc( 2 ), Minor Ticks( 1 )}
)
)
);
Re: 96 ウェルの経時的追跡グラフ ビルダーを希望通りに表示してから、「time」変数をローカルデータフィルター。
