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Monitoraggio di un pozzo di 96 nel tempo

Ciao,

 

Ho un test cinetico che registra l'OD nel tempo su una piastra da 96 pozzetti.

L'output è OD e ho colonne di dati con ora e posizione (A1, A2 ecc.) per ciascun valore OD.

Applicando la forma della mappa posso visualizzare la piastra a 96 pozzetti nel Graph Builder in un determinato momento (ad esempio a 0 o 1 ora).

 

Sarebbe possibile per Graph Builder o un'altra funzionalità SAS JMP mostrare lo sviluppo di OD nel tempo sulla stessa piastra (simile alla funzione Bubble Plot)?

Re: Monitoraggio di un pozzo da 96 nel tempo

Nel frattempo ho creato i file di forma e di test per 100 pozzetti. Non ho avuto il tempo di rimuovere i 4 pozzetti centrali dagli shape file o dal file di test. Per me funziona.

 

 

Assicurarsi di salvare i file insieme o spostare i due file di definizione della forma nella cartella della forma comune documentata per la propria versione di JMP.

 

C'è sicuramente qualcosa che non va nei file di forma che hai creato, ma non riesco a vedere di cosa si tratta.

Re: Monitoraggio di un pozzo da 96 nel tempo

Non so cosa c'è che non va.

 

Ho verificato che il mio esempio da 96 pozzetti funziona. Poi ho esaminato i tuoi file e ho scoperto che erano definiti correttamente ma ho avuto il tuo stesso problema. Ho creato una nuova tabella dati per le informazioni Nome e XY, ho copiato i valori dei dati nelle mie tabelle, ho aggiunto le proprietà della colonna. L'ho provato con tutti i file insieme nella stessa cartella di test ma niente aiuta. Il problema non sono i dati, è uno dei tuoi file di forma.

 

Ti consiglio di contattare il supporto tecnico JMP per ulteriore assistenza. (support@jmp.com)

Re: Monitoraggio di un pozzo da 96 nel tempo

Sì, ho provato a trascinare la mia variabile di risposta al centro, ma viene ancora mostrato un grafico vuoto con il messaggio di errore "Nessun file di forma trovato per Posizione".

 

 

 

 

Re: Monitoraggio di un pozzo da 96 nel tempo

Quindi, hai creato i tuoi file di forma per il layout della piastra 10x10? Hai seguito i passaggi descritti in questo post sul blog ?

 

Quindi puoi aggiungere le nuove forme al Costruttore di grafici ma i dati di risposta (Y) non vengono visualizzati? Hai trascinato la colonna di dati con i dati di risposta al centro del Costruttore di grafici? Hai seguito i passaggi descritti nel post del blog menzionato sopra?

Re: Monitoraggio di un pozzo da 96 nel tempo

Ciao Mark,

Ho provato a modificare il design della piastra da 96 pozzetti in base al design della mia piastra, che è 10*10 e 4 pozzetti lasciati vuoti al centro. Ma il mio risultato mostra un grafico vuoto.È possibile utilizzare questo grafico per produrre mappe di calore per più variabili.

 

 

Re: Monitoraggio di un pozzo da 96 nel tempo

I file di forma per i pozzetti della piastra per microtitolazione sono reperibili in Qui nell'area Scambio file JMP della comunità JMP.

Re: Monitoraggio di un pozzo da 96 nel tempo

Così fanno, grazie!

Re: Monitoraggio di un pozzo da 96 nel tempo

Non li ho disegnati. JMP ha sviluppato file JMP nei formati da 96 e 384 pozzetti. Puoi quindi aggiungerli in Ruolo mappa nelle proprietà della colonna.

Re: Monitoraggio di un pozzo da 96 nel tempoSono felice che abbia funzionato. Come hai disegnato i cerchi nelle tue forme? Sembrano carini!Re: Monitoraggio di un pozzo da 96 nel tempo

Grazie per la risposta.

 

È stato facile riscrivere la sceneggiatura per il mio caso e aggiungere i miei pozzetti in Shape.

Ho aggiunto l'output di seguito

 

 

Re: Monitoraggio di un pozzo da 96 nel tempo

JMP può fare cose davvero sorprendenti con questo tipo di dati. (Non sono sicuro di cosa tu già sappia, quindi alcune di queste potrebbero essere un po' basilari, chissà chi altro potrebbe leggerle.)

 

Il primo passo è ottenerlo nel formato giusto. Da una mentalità di Excel questo è assolutamente scoraggiante, ma gli strumenti per tabelle di JMP lo rendono semplice. Ciò di cui abbiamo bisogno è una colonna per l'ora, una colonna per OD e una colonna per la posizione. (potresti anche avere repliche di un trattamento sulla piastra, ma diventa un po' più complesso, quindi seguirò il caso semplice. Se l'avessimo, potremmo voler ottenere i mezzi delle repliche del trattamento e, in tal caso, non avremmo una colonna di posizione, avremmo una colonna di trattamento.)

-Per ottenere tutte le posizioni in un unico posto, vai su Tabelle>Stack e impila tutte le colonne che contengono dati OD e non selezionare nessun'altra colonna.

-Ciò dovrebbe risultare in una colonna temporale, una colonna con valori OD e una colonna con ID posizione. (Rinominare la colonna con valori OD "OD600" o qualcosa di appropriato.

 

Primo grafico: utilizza il generatore di grafici, metti il tempo sull'asse X e l'OD sull'asse Y. A seconda di cosa stai coltivando, vedi una nuvola di punti dati a forma approssimativamente sigmoidale. Infine, aggiungi la variabile Posizione al ruolo di overlay. Negli elementi del grafico, attiva Punti dati e la linea più liscia o connessa.

 

Grafico a bolle: X è l'ora, l'ora è l'ora, Y è l'OD e l'ID è la posizione. Esegui questo grafico, fai clic sul pulsante di riproduzione e guarda il grafico della serie temporale più doloroso apparire davanti ai tuoi occhi, quindi non farlo mai più e non farlo guardare a nessuno di voi rispettati colleghi. IMHO, la variabile temporale non dovrebbe mai essere utilizzata contemporaneamente sia per la variabile dell'asse X che per il ruolo Tempo. Questo è un peccato grafico e un abominio (di nuovo, a mio modesto parere, che potrebbe essere forte). Se avessi misurato pH, O2, CO2, NH4, la tua fonte di carbonio preferita, Gln, Glu o qualsiasi altro metabolita, allora guardando i rapporti di questi sugli assi X e Y e l'utilizzo della variabile tempo nel ruolo tempo sarà probabilmente un grafico interessante da guardare. I grafici a bolle sono ottimi per osservare le relazioni tra le variabili nel tempo in gruppi e come individui.

 

Il grafico reale: Analizza>Modellazione specializzata>Adatta curva. Inserisci Tempo in X, inserisci DO in Y e inserisci Posizione nel ruolo ID/Gruppo. Vai all'hotspot e prova a scegliere i modelli adatti ai tuoi dati. (Sigmoidale>Logistica> prova le opzioni 4p e 5p) JMP si adatta a tutte le curve di crescita e ti fornirà una tabella di stime dei parametri.  

 

Spero che questo aiuti un po'. Di solito si tratta di dati piuttosto divertenti con cui lavorare, quindi se finisci per creare delle figure killer, pubblica un'immagine se puoi.

 

Saluti,

-B

 

Nota: in JMP 14 è disponibile un nuovo strumento che farà ancora di più per questo caso, ma sono sicuro che verrà trattato quando sarà disponibile.

Re: Monitoraggio di un pozzo da 96 nel tempo

Per espandere la risposta di Ian, puoi aggiungere un filtro dati locale al tuo grafico, modificare l'asse temporale in ordinale se desideri visualizzare tempi di campionamento discreti e quindi utilizzare l'animazione sotto il filtro dati. Se esegui lo script seguente dovrai semplicemente premere play in alto a sinistra:

 

Names default to here( 1 );

dt = Open( "$SAMPLE_DATA/Time Series/Air.jmp" );

Column( dt, "date" ) << Set Modeling Type( "Ordinal" );

graph = dt << Graph Builder(
 Size( 516, 680 ),
 Show Control Panel( 0 ),
 Variables( Y( :Ozone Concentration ) ),
 Elements( Bar( Y, Legend( 3 ) ) ),
 Local Data Filter(
  Add Filter(
   columns( :date ),
   Where( :date == 1953936000 ),
   Display( :date, Size( 256, 360 ), List Display )
  ),
  Animation( Animate Column( :date ), Animate Rate( 90 ) )
 ),
 SendToReport(
  Dispatch(
   {},
   "Ozone Concentration",
   ScaleBox,
   {Format( "Best", 9 ), Min( 0 ), Max( 10 ), Inc( 2 ), Minor Ticks( 1 )}
  )
 )
);

 

Re: Monitoraggio di un pozzo da 96 nel tempo

Ottieni la visualizzazione del Costruttore di grafici nel modo desiderato, quindi prova ad aggiungere la variabile "tempo" al file filtro dati locale.