Verfolgung eines 96-Well im Laufe der ZeitHallo,
Ich habe einen kinetischen Assay, der die OD über die Zeit auf einer 96-Well-Platte aufzeichnet.
Die Ausgabe ist OD und ich habe Datenspalten mit Zeit und Ort (A1, A2 usw.) für jeden OD-Wert.
Durch Anwenden der Kartenform kann ich die 96-Well-Platte in Graph Builder zu einem bestimmten Zeitpunkt (z. B. um 0 oder 1 Stunde) visualisieren.
Wäre es für Graph Builder oder eine andere SAS JMP-Funktion möglich, die Entwicklung von OD über die Zeit auf derselben Platte anzuzeigen (ähnlich der Bubble-Plot-Funktion)?
Betreff: Verfolgung eines 96-Well im Laufe der ZeitIn der Zwischenzeit habe ich die Form- und Testdateien für 100 Wells erstellt. Ich habe mir nicht die Zeit genommen, die 4 mittleren Vertiefungen aus den Formdateien oder der Testdatei zu entfernen. Für mich geht das.
Speichern Sie die Dateien unbedingt zusammen oder verschieben Sie die beiden Formdefinitionsdateien in den gemeinsamen Formordner, der für Ihre JMP-Version dokumentiert ist.
Mit den von Ihnen erstellten Formdateien stimmt definitiv etwas nicht, aber ich kann nicht erkennen, was es ist.
Betreff: Verfolgung eines 96-Well im Laufe der ZeitIch weiß nicht, was los ist.
Ich habe überprüft, dass mein 96-Well-Beispiel funktioniert. Dann habe ich Ihre Dateien untersucht und festgestellt, dass sie korrekt definiert sind, aber ich hatte das gleiche Problem wie Sie. Ich habe eine neue Datentabelle für die Namens- und XY-Informationen erstellt, Ihre Datenwerte in meine Tabellen kopiert und die Spalteneigenschaften hinzugefügt. Ich habe es mit allen Dateien zusammen im selben Testordner getestet, aber nichts hat geholfen. Das Problem sind nicht die Daten, sondern eine Ihrer Formdateien.
Ich empfehle Ihnen, sich für weitere Hilfe an den technischen Support von JMP zu wenden. (support@jmp.com)
Betreff: Verfolgung eines 96-Well im Laufe der ZeitJa, ich habe versucht, meine Antwortvariable in die Mitte zu ziehen. Es wird immer noch ein leeres Diagramm mit der Fehlermeldung „Für den Standort wurde keine Formdatei gefunden“ angezeigt.
Betreff: Verfolgung eines 96-Well im Laufe der ZeitSie haben also Ihre eigenen Formdateien für Ihr 10x10-Plattenlayout erstellt? Haben Sie die hier beschriebenen Schritte befolgt? Blogeintrag ?
Sie können also die neuen Formen zu Graph Builder hinzufügen, aber Ihre Antwortdaten (Y) werden nicht angezeigt? Haben Sie die Datenspalte mit den Antwortdaten in die Mitte von Graph Builder gezogen? Haben Sie die im oben genannten Blogbeitrag beschriebenen Schritte befolgt?
Betreff: Verfolgung eines 96-Well im Laufe der ZeitHallo Mark,
Ich habe versucht, das 96-Well-Plattendesign entsprechend meinem Plattendesign zu ändern, das 10*10 ist und in der Mitte 4 Wells leer gelassen hat. Aber meine Ausgabe zeigt ein leeres Diagramm.Ist es möglich, dieses Diagramm zur Erstellung von Heatmaps für mehrere Variablen zu verwenden?
Betreff: Verfolgung eines 96-Well im Laufe der ZeitDie Formdateien für die Mikrotiterplattenvertiefungen finden Sie in Hier im JMP File Exchange-Bereich der JMP-Community.
Betreff: Verfolgung eines 96-Well im Laufe der ZeitDas tun sie, danke!
Betreff: Verfolgung eines 96-Well im Laufe der ZeitIch habe sie nicht gezeichnet. JMP hat JMP-Dateien im 96-Well- und 384-Well-Format entwickelt. Sie können sie dann unter „Rolle zuordnen“ in den Spalteneigenschaften hinzufügen.
Betreff: Verfolgung eines 96-Well im Laufe der ZeitIch bin froh, dass es geklappt hat. Wie haben Sie die Kreise in Ihre Formen gezeichnet? Sie sehen gut aus!Betreff: Verfolgung eines 96-Well im Laufe der ZeitDanke für Ihre Antwort.
Es war einfach, das Skript für meinen Fall umzuschreiben und meine Brunnen unter „Form“ hinzuzufügen.
Ich habe die Ausgabe unten hinzugefügt
Betreff: Verfolgung eines 96-Well im Laufe der ZeitJMP kann mit dieser Art von Daten einige ziemlich erstaunliche Dinge tun. (Ich bin mir nicht sicher, was Sie bereits wissen, daher ist einiges davon möglicherweise etwas grundlegend, wer weiß, wer es sonst noch lesen könnte.)
Der erste Schritt besteht darin, es in das richtige Format zu bringen. Aus Excel-Perspektive ist das absolut entmutigend, aber die Tabellentools in JMP machen es einfach. Was wir brauchen, ist eine Spalte für die Zeit, eine Spalte für OD und eine Spalte für den Ort. (Vielleicht haben Sie auch Replikate einer Behandlung auf dem Teller, aber das wird etwas komplexer, deshalb beschränke ich mich auf den einfachen Fall. Wenn wir das hätten, möchten wir vielleicht die Mittelwerte der Behandlungsreplikationen erhalten, und in diesem Fall hätten wir keine Standortspalte, sondern eine Behandlungsspalte.)
– Um alle Speicherorte an einem Ort zu erhalten, gehen Sie zu „Tabellen“ > „Stapel“ und stapeln Sie alle Spalten, die OD-Daten enthalten. Wählen Sie keine andere Spalte aus.
– Dies sollte zu einer Zeitspalte, einer Spalte mit OD-Werten und einer Spalte mit Standort-IDs führen. (Benennen Sie die Spalte mit den OD-Werten in „OD600“ oder etwas Passendes um.
Erstes Diagramm: Verwenden Sie den Diagrammersteller, tragen Sie die Zeit auf die X-Achse und den Außendurchmesser auf die Y-Achse ein. Je nachdem, was Sie anbauen, sehen Sie eine etwa sigmoidal geformte Datenpunktwolke. Fügen Sie zuletzt die Variable „Standort“ zur Overlay-Rolle hinzu. Aktivieren Sie in den Diagrammelementen Datenpunkte und entweder die glattere oder die verbundene Linie.
Blasendiagramm: X ist die Zeit, Zeit ist die Zeit, Y ist OD und ID ist der Ort. Führen Sie dieses Diagramm aus, klicken Sie auf die Schaltfläche „Abspielen“ und beobachten Sie, wie das schmerzhafteste Zeitreihendiagramm vor Ihren Augen erscheint. Tun Sie dies dann nie wieder und lassen Sie keinen Ihrer angesehenen Kollegen es ansehen. Meiner Meinung nach sollte die Zeitvariable niemals gleichzeitig für die X-Achsenvariable und die Zeitrolle verwendet werden. Dies ist eine grafische Sünde und eine Abscheulichkeit (wieder meiner bescheidenen Meinung nach, die stark sein könnte). Wenn Sie pH, O2, CO2, NH4, Ihre bevorzugte Kohlenstoffquelle, Gln, Glu oder einen anderen Metaboliten gemessen haben, dann schauen Sie sich das an Die Verhältnisse dieser Werte auf der X- und Y-Achse und die Verwendung der Zeitvariablen in der Zeitrolle sind wahrscheinlich ein interessantes Diagramm. Blasendiagramme eignen sich hervorragend, um Beziehungen zwischen Variablen im Zeitverlauf in Gruppen und als Einzelpersonen zu betrachten.
Das eigentliche Diagramm: Analysieren > Spezialisierte Modellierung > Kurve anpassen. Geben Sie Zeit in X ein, geben Sie DO in Y ein und geben Sie Standort in die Rolle ID/Gruppe ein. Gehen Sie zum Hotspot und versuchen Sie, Modelle auszuwählen, die zu Ihren Daten passen. (Sigmoidal > Logistik > Probieren Sie die Optionen 4p und 5p aus) Der JMP passt alle Ihre Wachstumskurven an und liefert Ihnen eine Tabelle mit Parameterschätzungen.
Hoffe das hilft ein wenig. Normalerweise handelt es sich dabei um sehr unterhaltsame Daten, mit denen man arbeiten kann. Wenn Sie also am Ende ein paar Killerfiguren bauen, posten Sie nach Möglichkeit ein Bild.
Prost,
-B
Hinweis: In JMP 14 gibt es ein neues Tool, das für diesen Fall noch mehr leisten kann, aber ich bin sicher, dass es behandelt wird, sobald es verfügbar ist.
Betreff: Verfolgung eines 96-Well im Laufe der ZeitUm Ians Antwort zu erweitern, können Sie Ihrem Diagramm einen lokalen Datenfilter hinzufügen, Ihre Zeitachse in eine Ordinalachse ändern, wenn Sie diskrete Abtastzeiten sehen möchten, und dann eine Animation unter dem Datenfilter verwenden. Wenn Sie das folgende Skript ausführen, müssen Sie nur oben links auf „Play“ drücken:
Names default to here( 1 );
dt = Open( "$SAMPLE_DATA/Time Series/Air.jmp" );
Column( dt, "date" ) << Set Modeling Type( "Ordinal" );
graph = dt << Graph Builder(
Size( 516, 680 ),
Show Control Panel( 0 ),
Variables( Y( :Ozone Concentration ) ),
Elements( Bar( Y, Legend( 3 ) ) ),
Local Data Filter(
Add Filter(
columns( :date ),
Where( :date == 1953936000 ),
Display( :date, Size( 256, 360 ), List Display )
),
Animation( Animate Column( :date ), Animate Rate( 90 ) )
),
SendToReport(
Dispatch(
{},
"Ozone Concentration",
ScaleBox,
{Format( "Best", 9 ), Min( 0 ), Max( 10 ), Inc( 2 ), Minor Ticks( 1 )}
)
)
);
Betreff: Verfolgung eines 96-Well im Laufe der ZeitStellen Sie sicher, dass die Graph Builder-Anzeige Ihren Vorstellungen entspricht, und versuchen Sie dann, die Variable „Zeit“ hinzuzufügen lokaler Datenfilter.
