Suivi d'un puits 96 au fil du tempsBonjour,
J'ai un test cinétique qui enregistre la DO au fil du temps sur une plaque à 96 puits.
La sortie est OD et j'ai des colonnes de données avec l'heure et le lieu (A1, A2, etc.) pour chaque valeur OD.
En appliquant la forme de la carte, je peux visualiser la plaque 96 puits dans Graph Builder à un certain moment (par exemple à 0 ou 1 heure).
Serait-il possible que Graph Builder ou une autre fonctionnalité SAS JMP montre l'évolution de l'OD au fil du temps sur la même plaque (similaire à la fonction Bubble Plot) ?
Re : Suivi d'un 96 puits au fil du tempsEntre-temps, j'ai créé les fichiers de forme et de test pour 100 puits. Je n'ai pas pris le temps de retirer les 4 puits centraux des fichiers formes ou du fichier test. Ça marche pour moi.
Assurez-vous d'enregistrer les fichiers ensemble ou de déplacer les deux fichiers de définition de forme vers le dossier de forme commun documenté pour votre version de JMP.
Il y a certainement un problème avec les fichiers de formes que vous avez créés, mais je ne vois pas de quoi il s'agit.
Re : Suivi d'un 96 puits au fil du tempsJe ne sais pas ce qui ne va pas.
J'ai vérifié que mon exemple à 96 puits fonctionne. Ensuite, j'ai examiné vos fichiers et j'ai trouvé qu'ils étaient correctement définis mais j'ai eu le même problème que vous. J'ai créé une nouvelle table de données pour les informations Nom et XY, copié vos valeurs de données dans mes tables, ajouté les propriétés de la colonne. Je l'ai testé avec tous les fichiers réunis dans le même dossier de test mais rien n'y fait. Le problème ne vient pas des données, c'est l'un de vos fichiers de forme.
Je vous recommande de contacter le support technique JMP pour obtenir de l'aide supplémentaire. ( support@jmp.com )
Re : Suivi d'un 96 puits au fil du tempsOui, j'ai essayé de faire glisser ma variable de réponse vers le milieu, mais elle affiche toujours un graphique vide avec le message d'erreur "Aucun fichier de forme trouvé pour l'emplacement".
Re : Suivi d'un 96 puits au fil du tempsAlors, vous avez créé vos propres fichiers de formes pour votre disposition de plaque 10x10 ? Avez-vous suivi les étapes décrites dans ce article de blog ?
Ainsi, vous pouvez ajouter les nouvelles formes à Graph Builder mais vos données de réponse (Y) n'apparaissent pas ? Avez-vous fait glisser la colonne de données contenant les données de réponse au milieu de Graph Builder ? Avez-vous suivi les étapes décrites dans l'article de blog mentionné ci-dessus ?
Re : Suivi d'un 96 puits au fil du tempsSalut Mark,
J'ai essayé de modifier la conception de la plaque à 96 puits en fonction de la conception de ma plaque, qui est de 10*10 et 4 puits laissés vides au milieu. Mais ma sortie affiche un graphique vide.Est-il possible d'utiliser ce graphique pour produire des cartes thermiques pour plusieurs variables.
Re : Suivi d'un 96 puits au fil du tempsLes fichiers de forme pour les puits des plaques de microtitrage se trouvent dans ici dans la zone JMP File Exchange de la communauté JMP.
Re : Suivi d'un 96 puits au fil du tempsC'est ce qu'ils font, merci !
Re : Suivi d'un 96 puits au fil du tempsJe ne les ai pas dessinés. JMP a développé des fichiers JMP au format 96 puits et 384 puits. Vous pouvez ensuite les ajouter sous Rôle de carte dans les propriétés de la colonne.
Re : Suivi d'un 96 puits au fil du tempsJe suis content que cela ait fonctionné. Comment avez-vous dessiné les cercles de vos formes ? Ils semblent beaux!Re : Suivi d'un 96 puits au fil du tempsMerci pour votre réponse.
Il a été facile de réécrire le script dans mon cas et d'ajouter mes puits sous Shape.
J'ai ajouté la sortie ci-dessous
Re : Suivi d'un 96 puits au fil du tempsJMP peut faire des choses assez étonnantes avec ce type de données. (Je ne suis pas sûr de ce que vous savez déjà, donc une partie de cela pourrait être un peu basique, qui sait qui d'autre pourrait le lire.)
La première étape consiste à l’obtenir dans le bon format. Du point de vue d'Excel, c'est absolument intimidant, mais les outils de tableau de JMP facilitent la tâche. Ce dont nous avons besoin, c'est d'une colonne pour le temps, d'une colonne pour l'OD et d'une colonne pour le lieu. (vous pourriez aussi avoir des répliques d'un traitement sur la plaque, mais cela devient un peu plus complexe, donc je vais m'en tenir au cas simple. Si nous avions cela, nous souhaiterions peut-être obtenir les moyens des répétitions de traitement, et dans ce cas, nous n'aurions pas de colonne de localisation, nous aurions une colonne de traitement.)
-Pour obtenir tous les emplacements au même endroit, accédez à Tables> Pile et empilez toutes les colonnes contenant des données OD, et ne sélectionnez aucune autre colonne.
-Cela devrait donner une colonne Heure, une colonne avec les valeurs OD et une colonne avec les ID d'emplacement. (Renommer la colonne avec les valeurs OD "OD600" ou quelque chose d'approprié.
Premier graphique : utilisez le générateur de graphiques, placez le temps sur l'axe X et OD sur l'axe Y. En fonction de ce que vous cultivez, vous voyez un nuage de points de données de forme à peu près sigmoïdale. Enfin, ajoutez la variable Location au rôle de superposition. Dans les éléments du graphique, activez Points de données et soit la ligne plus lisse, soit la ligne connectée.
Graphique à bulles : X est l'heure, l'heure est l'heure, Y est l'OD et l'ID est l'emplacement. Exécutez ce graphique, cliquez sur le bouton de lecture et regardez le graphique de série chronologique le plus douloureux apparaître sous vos yeux, puis ne recommencez plus et ne faites plus jamais cela à vos collègues respectés. À mon humble avis, la variable temps ne doit jamais être utilisée simultanément pour la variable de l'axe X et le rôle Temps. C'est un péché graphique et une abomination (encore une fois, à mon humble avis, qui pourrait être fort.) Si vous aviez mesuré le pH, l'O2, le CO2, le NH4, votre source de carbone préférée, le Gln, le Glu ou tout autre métabolite, alors regardez Les ratios de ceux-ci sur les axes X et Y et l'utilisation de la variable temps dans le rôle temps seront probablement un graphique intéressant à regarder. Les graphiques à bulles sont parfaits pour examiner les relations entre les variables au fil du temps, en groupe et en tant qu'individus.
Le vrai graphique : Analyse>Modélisation spécialisée>Ajuster la courbe. Mettez Time dans X, mettez DO dans Y et placez Location dans le rôle ID/Groupe. Accédez au point chaud et essayez de choisir des modèles qui correspondent à vos données. (Sigmoïde>Logistique> essayez les options 4p et 5p) Le JMP s'adapte à toutes vos courbes de croissance et vous donnera un tableau d'estimations de paramètres.
Espérons que cela aide un peu. Il s'agit généralement de données assez amusantes avec lesquelles travailler, donc si vous finissez par réaliser des chiffres impressionnants, publiez une image si vous le pouvez.
Acclamations,
-B
Remarque : Dans JMP 14, il existe un nouvel outil qui fera encore plus dans ce cas, mais je suis sûr que cela sera couvert lorsqu'il sera disponible.
Re : Suivi d'un 96 puits au fil du tempsPour développer la réponse d'Ian, vous pouvez ajouter un filtre de données local à votre graphique, changer votre axe du temps en ordinal si vous souhaitez voir des temps d'échantillonnage discrets, puis utiliser une animation sous le filtre de données. Si vous exécutez le script ci-dessous, il vous suffira d'appuyer sur play en haut à gauche :
Names default to here( 1 );
dt = Open( "$SAMPLE_DATA/Time Series/Air.jmp" );
Column( dt, "date" ) << Set Modeling Type( "Ordinal" );
graph = dt << Graph Builder(
Size( 516, 680 ),
Show Control Panel( 0 ),
Variables( Y( :Ozone Concentration ) ),
Elements( Bar( Y, Legend( 3 ) ) ),
Local Data Filter(
Add Filter(
columns( :date ),
Where( :date == 1953936000 ),
Display( :date, Size( 256, 360 ), List Display )
),
Animation( Animate Column( :date ), Animate Rate( 90 ) )
),
SendToReport(
Dispatch(
{},
"Ozone Concentration",
ScaleBox,
{Format( "Best", 9 ), Min( 0 ), Max( 10 ), Inc( 2 ), Minor Ticks( 1 )}
)
)
);
Re : Suivi d'un 96 puits au fil du tempsObtenez l'affichage de votre Graph Builder comme vous le souhaitez, puis essayez d'ajouter votre variable « temps » au filtre de données local.
