Wie bereite ich Daten für die Berechnung von ungeraden Verhältnissen vor?Hallo,
Ich habe eine große Genomdatenbank mit zwei Patientengruppen (kontinuierliche Variablen). Eine Gruppe entwickelte an irgendeinem Beobachtungspunkt Komplikationen, diese Gruppe hat 4 wiederholte Messungen der Genexpression gesammelt. Die Kontrollgruppe hat nur 3 Zeitpunkte gesammelt. Ich würde gerne wissen, ob die Expression einiger Gene zu Studienbeginn (Woche 0) die Ergebnisse vorhersagt: Komplikationen (kodiert ja nein) oder Tod (kodiert 1 oder 2). Wie bereite ich die Daten für die Analyse auf und welches Modell wähle ich? Muss ich LSmeans pro Untergruppe vergleichen? In diesen Daten habe ich Gene in Spalten, Patienten-IDs in Zeilen.
Betreff: Wie bereite ich Daten für die Berechnung von ungeraden Verhältnissen vor?In JMP können Sie eine mehrstufige logistische Regression durchführen
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Logistic-regression-with-multiple-outcome-variables/td-p/4901
aber ich würde mit aggregierten Daten auf zwei Ebenen beginnen (und schauen, was passieren wird):
1. Komplikationen Ja ( Komplikationen früh und spät)
2. Komplikationen Nr
Betreff: Wie bereite ich Daten für die Berechnung von ungeraden Verhältnissen vor?Ich habe 3 Arten von Rollenvariablen oder Behandlungskomplikationen: 1. Frühkomplikationen, 2. Spätkomplikationen und 3. Keine Komplikationen. Die logistische Regression würde also wahrscheinlich nicht funktionieren: Ich erhalte den Fehler „Fehler beim Konvergieren (Schritthalbierungsgrenze)“. Die Behandlungsart ist in beiden Gruppen gleich. Hat jemand eine partielle Methode der kleinsten Quadrate für die Biomarkervorhersage für den Krankheitsverlauf verwendet?Betreff: Wie bereite ich Daten für die Berechnung von ungeraden Verhältnissen vor?Unsere Universität hat kein Abonnement für JMP Genomics, aber danke für den Artikel.Betreff: Wie bereite ich Daten für die Berechnung von ungeraden Verhältnissen vor?Hallo,
Wenn Sie eine große Genomdatenbank haben, gehe ich davon aus, dass Sie möglicherweise 10.000 Gene und damit 10.000 Spalten haben.Wenn ja, sollten Sie einen Blick auf JMP Genomics werfen:
https://www.jmp.com/en_us/software/jmp-genomics.html
Außerdem können Sie sich einen ähnlichen Anwendungsfall ansehen Matthäus J Wongchenko , et al. wo sie sich verschiedene Behandlungsgruppen und das progressionsfreie Überleben ansahen. Link zum Papier unten.
http://clincancerres.aacrjournals.org/content/early/2017/05/23/1078-0432.CCR-17-0172
Wenn Sie JMP Genomics noch nie verwendet haben, sehen Sie sich dieses kurze Video an:
https://www.youtube.com/watch?v=DmaKz4NOURk
Lassen Sie mich wissen, wenn Sie mehr wissen möchten.
Am besten,
Christian Kirchberg
Betreff: Wie bereite ich Daten für die Berechnung von ungeraden Verhältnissen vor?Sie können mit der logistischen Regression beginnen. Die Daten sollten aus einem Querschnitt von Patienten mit Komplikations- und Todesspalten (entweder als 1/0 oder J/N kodiert und als nominaler Modellierungstyp festgelegt), einem Behandlungs-/Kontrollgruppenindikator (als 1/0 kodiert) und bestehen Spalten für die Genexpression zu Studienbeginn und zu anderen Zeitpunkten sowie alle anderen Variablen, die Ihnen zur Verfügung stehen, wie z. B. demografische Patientendaten.
Sie können dann eine nominelle logistische Regression auf Komplikation (und Tod) als nominelles Ergebnis mit diesen Spalten als Modelleffekte anpassen: Behandlung/Kontrolle, Genexpression zu verschiedenen Zeitpunkten und andere Variablen. Möglicherweise möchten Sie Wechselwirkungen wie Behandlung/Kontrolle*Genexpression zu Studienbeginn usw. in Betracht ziehen.
JMP-Dokumentation zu Odds Ratios aus logistischer Regression
http://www.jmp.com/support/help/13/Odds_Ratios_Nominal_Responses_Only.shtml#65579
