如何準備計算奇數比的數據？你好，
我有兩組患者的大型基因組學數據庫（連續變量）。 一組在觀察的某個點出現並發症，該組收集了 4 個重複的基因表達測量值。 對照組僅收集了 3 個時間點。 我想知道基線（第 0 週）時某些基因的表達是否可以預測結果：並發症（編碼為“否”）或死亡（編碼為 1 或 2）。 如何準備分析數據以及選擇什麼模型？ 我需要比較每個子組的 LSmeans 嗎？ 在這個數據中，我在列上有基因，在行上有患者 ID。
回复：如何準備數據以計算奇數比？在 JMP 中，您可以進行多級邏輯回歸
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Logistic-regression-with-multiple-outcome-variables/td-p/4901
但我會從兩層聚合數據開始（看看會發生什麼）：
1.並發症是（早期和晚期並發症）
2. 並發症 無
回复：如何準備數據以計算奇數比？我有 3 種類型的角色變量，或治療並發症：1。 早期並發症，2。 晚期並發症和 3. 沒有並發症。 因此，邏輯回歸可能行不通：我收到“收斂失敗（步長減半限制）”錯誤。 兩組的治療類型相同。 有沒有人使用偏最小二乘法來預測疾病結果的生物標誌物？回复：如何準備數據以計算奇數比？我們的大學沒有訂閱 JMP Genomics，但感謝您的文章。回复：如何準備數據以計算奇數比？你好，
如果您有一個大型基因組學數據庫，我假設您可能有 10,000 個基因，因此有 10,000 個列。如果是這樣，您可能想看看 JMP Genomics：
https://www.jmp.com/en_us/software/jmp-genomics.html
此外，您可以通過以下方式查看類似的用例馬修·J翁琴科，等。他們在那裡觀察了不同的治療組和無進展生存期。 鏈接到下面的論文。
http://clincancerres.aacrjournals.org/content/early/2017/05/23/1078-0432.CCR-17-0172
如果您之前沒有使用過 JMP Genomics，請觀看這段簡短的視頻：
https://www.youtube.com/watch?v=DmaKz4NOURk
如果您想了解更多，請告訴我。
最好的，
克里斯·基希伯格
回复：如何準備數據以計算奇數比？您可以從邏輯回歸開始。 數據應包括具有並發症和死亡列的患者橫截面（編碼為 1/0 或 Y/N，建模類型設置為標稱），治療/對照組指標（編碼為 1/0），以及基線和其他時間點的基因表達列，以及您可用的任何其他變量，例如患者人口統計數據。
然後，您可以將並發症（和死亡）的名義邏輯回歸擬合為名義結果，這些列作為模型效應：治療/控制、不同時間點的基因表達和其他變量。 您可能需要考慮諸如治療/控制*基線基因表達等相互作用。
JMP 關於邏輯回歸比值比的文檔
http://www.jmp.com/support/help/13/Odds_Ratios_Nominal_Responses_Only.shtml#65579
